| 查看: 1063 | 回复: 1 | ||
[求助]
膜蛋白模拟genbox出错：cannot allocate memory
|
|
我在做膜蛋白模拟，按照Justin Lemkul的教程做的，用的是他的蛋白质。前面一切顺利，但是到Solvate with water的时候他没有给出具体的做法，我的做法是：把 “vdwradii.dat and change the value of C from 0.15 to 0.375.“这一步做完后这样写： genbox -cp em3.gro -cs spc216.gro -o 1-solv.gro -p 1.top ；；em3.gro是： perl inflategro.pl confout.gro 0.95 DPPC 0 system_shrink1.gro 5 area_shrink1.dat Follow this up by another round of EM；；；； 中EM的产物。 这样之后出现下面错误： Fatal error: Not enough memory. Failed to realloc 1008588696 bytes for nlist->jjnr, nlist->jjnr=0x50555008 (called from file ns.c, line 541) 而我的ubuntu系统剩余空间为11.1GB>1008588696 B=0.94GB， 请问这是什么原因呢？ 感觉在genbox之前再加上 editconf -f em3.gro -o em3.gro -c -d 1.0 -bt cubic 更加不对呀，这样box会把蛋白质和膜一起包起来，我这样做出现类似上面的错误，并且后边的那个空间值会更加大…… 请教高手帮忙  [ Last edited by 奋斗1s on 2011-6-1 at 11:51 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
国自然评审意见
已经有8人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 利用matlab中的S-函数实现积分分离PID控制器的仿真
已经有4人回复
- 如何用matlab软件或者用C及C++自己手工编程寻找转折点
已经有12人回复
- 求教TD-DFT模拟电子吸收光谱的问题
已经有3人回复
- 招收荷兰瓦赫宁根大学注册博士1名，项目资助，洪水模拟方向。非诚勿扰！
已经有10人回复
- design expert的失拟度很大
已经有10人回复
- 【试卷资源】研究生英语学位考试模拟试题集（中南大学）
已经有101人回复
- 【求助】Dmol3 单分子红外光谱计算出错
已经有3人回复
- 【求助】三维网格重划分问题
已经有4人回复
- 【求助】哪些软件划分的网格可以用于matlab中
已经有3人回复
- 【讨论】大家说说都在使用什么电磁仿真软件？
已经有6人回复
- 【求助】Gaussian03运算出错
已经有3人回复
- 【求助】Ansys 12 server问题请教
已经有5人回复
- 【求助】为什么ASPEN灵敏度分析结果不行?
已经有4人回复
- 【求助】求助MATLAB编程问题
已经有4人回复
- 【求助】ALGaN/GaN 薛定谔泊松方程自洽求解（插AlN层）
已经有5人回复
- 【分享】一位老工程师的亲身体会（送给学习软件模拟的朋友）
已经有19人回复
2楼2011-06-01 23:06:51
30