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膜蛋白模拟genbox出错：cannot allocate memory
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我在做膜蛋白模拟，按照Justin Lemkul的教程做的，用的是他的蛋白质。前面一切顺利，但是到Solvate with water的时候他没有给出具体的做法，我的做法是：把 “vdwradii.dat and change the value of C from 0.15 to 0.375.“这一步做完后这样写： genbox -cp em3.gro -cs spc216.gro -o 1-solv.gro -p 1.top ；；em3.gro是： perl inflategro.pl confout.gro 0.95 DPPC 0 system_shrink1.gro 5 area_shrink1.dat Follow this up by another round of EM；；；； 中EM的产物。 这样之后出现下面错误： Fatal error: Not enough memory. Failed to realloc 1008588696 bytes for nlist->jjnr, nlist->jjnr=0x50555008 (called from file ns.c, line 541) 而我的ubuntu系统剩余空间为11.1GB>1008588696 B=0.94GB， 请问这是什么原因呢？ 感觉在genbox之前再加上 editconf -f em3.gro -o em3.gro -c -d 1.0 -bt cubic 更加不对呀，这样box会把蛋白质和膜一起包起来，我这样做出现类似上面的错误，并且后边的那个空间值会更加大…… 请教高手帮忙  [ Last edited by 奋斗1s on 2011-6-1 at 11:51 ] |
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2楼2011-06-01 23:06:51
