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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta提交任务出现错误
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dalongmao

木虫 (正式写手)

[求助] siesta提交任务出现错误

在服务器上面提交任务，提交后出现错误，提交命令里面的内容是
#PBS -r n
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo ------------------------------------------------------
echo 'This job is allocated on '${NPROCS}' cpu(s)'
echo 'Job is running on node(s): '
cat $PBS_NODEFILE
echo ------------------------------------------------------
echo PBS: qsub is running on $PBS_O_HOST
echo PBS: originating queue is $PBS_O_QUEUE
echo PBS: executing queue is $PBS_QUEUE
echo PBS: working directory is $PBS_O_WORKDIR
echo PBS: execution mode is $PBS_ENVIRONMENT
echo PBS: this script pid is $$
echo PBS: job identifier is $PBS_JOBID
echo PBS: job name is $PBS_JOBNAME
echo PBS: node file is $PBS_NODEFILE
echo PBS: current home directory is $PBS_O_HOME
echo PBS: PATH = $PBS_O_PATH
echo ------------------------------------------------------
cd $PBS_O_WORKDIR
# Run the parallel MPI executable
mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS  /Applications/siesta/siesta3b-ompi-em64t
"siestajobintel.sh" 30L, 1044C  ，

出现的错误是e文件里面是No species found!!!
ERROR STOP from Node:    0
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 14245 on
node node157 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------，
o文件里面是
Red Hat Enterprise Linux Server release 5.5 (Tikanga)
MemTotal:     49449440 kB
     12  Intel(R) Xeon(R) CPU           X5650  @ 2.67GHz
------------------------------------------------------
This job is allocated on 12 cpu(s)
Job is running on node(s):
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
ibnode157
------------------------------------------------------
PBS: qsub is running on node200
PBS: originating queue is intel
PBS: executing queue is intel
PBS: working directory is /public/Intel-IO/home/SongY/shi/INi4
PBS: execution mode is PBS_BATCH
PBS: this script pid is 14240
PBS: job identifier is 49749.node200
PBS: job name is intel
PBS: node file is /opt/gridview/pbs/dispatcher/aux//49749.node200
PBS: current home directory is /home/SongY
PBS: PATH = /Applications/ompi142-intel/bin:/Applications/intel/Compiler/11.1/064/bin/intel64:/Applications/intel/Compiler/11.1/064/bin/intel64:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/opt/gridview/pbs/dispatcher-sched/sbin:/opt/gridview/pbs/dispatcher/sbin:/opt/gridview/pbs/dispatcher-sched/bin:/opt/gridview/pbs/dispatcher/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/home/SongY/bin
------------------------------------------------------
Siesta Version:  siesta-3.0-b
Architecture  : Ifort-MKL-OpenMPI
Compiler flags: mpif90 -O3 -xW -w -unroll0
PARALLEL version

(Dawning) Compiled for SSC Magic Cube by Z.J. 2010-04-08

* Running on   12 nodes in parallel
>> Start of run:  14-JUL-2012  15:31:05

                           ***********************      
                           *  WELCOME TO SIESTA  *      
                           ***********************      

reinit: Reading from standard input
************************** Dump of input data file ****************************
************************** End of input data file *****************************

reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Name:
reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Label: siesta                                                      
reinit: -----------------------------------------------------------------------

initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
No species found!!!
ERROR STOP from Node:    0
，我用输入文件是in.fdf,改名为intel.fdf，siesta.fdf等等都不行，输入文件内容是
SystemName          Water molecule
SystemLabel         h2o
NumberOfAtoms       3
NumberOfSpecies     2

%block ChemicalSpeciesLabel
1  8  O      # Species index, atomic number, species label
2  1  H
%endblock ChemicalSpeciesLabel

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.000  0.000  0.000  1
0.757  0.586  0.000  2
-0.757  0.586  0.000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
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1楼 2012-08-09 09:30:15
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★
WDD880227: 金币+1, 多谢提示 2012-08-15 09:07:39
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
No species found!!!

个人觉得是你赝势的原因，建议你看看赝势是否正确
赞一下(1人) 回复此楼
相逢是缘！
2楼2012-08-09 09:37:09
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dalongmao

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfan2192 at 2012-08-09 09:37:09
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
No species found!!!

个人觉得是你赝势的原因，建议你看看赝势是否正确

赝势应该没问题，就是用siesta本身自带的例子，感觉是程序没有关联赝势，但是具体的不知道怎么做。
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-09 20:00:14
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dalongmao: 金币+10, ★有帮助, 谢谢参与 2012-08-15 08:08:15
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-08-24 16:40:45
赝势的文件放在当前运算目录，而且名字要严格是H.psf 和O.psf ，你看看你的是么？应该是没找到赝势把。
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
4楼2012-08-14 21:14:07
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dalongmao

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by redskywei at 2012-08-14 21:14:07
赝势的文件放在当前运算目录，而且名字要严格是H.psf 和O.psf ，你看看你的是么？应该是没找到赝势把。

问题解决了，改变了一下提交任务的文件，感谢回复
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-15 08:08:00
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dalongmao at 2012-08-15 08:08:00
问题解决了，改变了一下提交任务的文件，感谢回复...

请问您改了哪里？？

呵呵，我好引以为戒啊
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6楼2012-08-24 13:35:58
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dalongmao

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hnuzhoulin at 2012-08-24 13:35:58
请问您改了哪里？？

呵呵，我好引以为戒啊...

在提交文件里面的siesta后面添加了
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7楼2012-08-25 10:45:01
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joyce79928

铜虫 (小有名气)
您好
我在运算smeagol时也遇到这样的问题
我在提交文件里面smeagol后面已有添加了.fdf档
请问要如何再加上psf档?
是smeagol < silicon.long.fdf < Si.psf
还是smeagol < silicon.long.fdf | tee Si.psf
还是smeagol < silicon.long.fdf
      smeagol < Si.psf
谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2014-06-12 21:06:13
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dalongmao

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by joyce79928 at 2014-06-12 21:06:13
您好
我在运算smeagol时也遇到这样的问题
我在提交文件里面smeagol后面已有添加了.fdf档
请问要如何再加上psf档?
是smeagol < silicon.long.fdf < Si.psf
还是smeagol < silicon.long.fdf | tee Si.p ...

不用添加psf文件，系统用读取psf文件的，只要和fdf文件在同一个文件夹里面就行
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9楼2014-06-18 09:25:52
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