| 查看: 2238 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
dalongmao木虫 (正式写手)
|
[求助]
siesta提交任务出现错误
|
||
|
在服务器上面提交任务，提交后出现错误，提交命令里面的内容是 #PBS -r n NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo ------------------------------------------------------ echo 'This job is allocated on '${NPROCS}' cpu(s)' echo 'Job is running on node(s): ' cat $PBS_NODEFILE echo ------------------------------------------------------ echo PBS: qsub is running on $PBS_O_HOST echo PBS: originating queue is $PBS_O_QUEUE echo PBS: executing queue is $PBS_QUEUE echo PBS: working directory is $PBS_O_WORKDIR echo PBS: execution mode is $PBS_ENVIRONMENT echo PBS: this script pid is $$ echo PBS: job identifier is $PBS_JOBID echo PBS: job name is $PBS_JOBNAME echo PBS: node file is $PBS_NODEFILE echo PBS: current home directory is $PBS_O_HOME echo PBS: PATH = $PBS_O_PATH echo ------------------------------------------------------ cd $PBS_O_WORKDIR # Run the parallel MPI executable mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /Applications/siesta/siesta3b-ompi-em64t "siestajobintel.sh" 30L, 1044C ， 出现的错误是e文件里面是No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- mpirun has exited due to process rank 0 with PID 14245 on node node157 exiting without calling "finalize". This may have caused other processes in the application to be terminated by signals sent by mpirun (as reported here). --------------------------------------------------------------------------， o文件里面是 Red Hat Enterprise Linux Server release 5.5 (Tikanga) MemTotal: 49449440 kB 12 Intel(R) Xeon(R) CPU X5650 @ 2.67GHz ------------------------------------------------------ This job is allocated on 12 cpu(s) Job is running on node(s): ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ibnode157 ------------------------------------------------------ PBS: qsub is running on node200 PBS: originating queue is intel PBS: executing queue is intel PBS: working directory is /public/Intel-IO/home/SongY/shi/INi4 PBS: execution mode is PBS_BATCH PBS: this script pid is 14240 PBS: job identifier is 49749.node200 PBS: job name is intel PBS: node file is /opt/gridview/pbs/dispatcher/aux//49749.node200 PBS: current home directory is /home/SongY PBS: PATH = /Applications/ompi142-intel/bin:/Applications/intel/Compiler/11.1/064/bin/intel64:/Applications/intel/Compiler/11.1/064/bin/intel64:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/opt/gridview/pbs/dispatcher-sched/sbin:/opt/gridview/pbs/dispatcher/sbin:/opt/gridview/pbs/dispatcher-sched/bin:/opt/gridview/pbs/dispatcher/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/home/SongY/bin ------------------------------------------------------ Siesta Version: siesta-3.0-b Architecture : Ifort-MKL-OpenMPI Compiler flags: mpif90 -O3 -xW -w -unroll0 PARALLEL version (Dawning) Compiled for SSC Magic Cube by Z.J. 2010-04-08 * Running on 12 nodes in parallel >> Start of run: 14-JUL-2012 15:31:05 *********************** * WELCOME TO SIESTA * *********************** reinit: Reading from standard input ************************** Dump of input data file **************************** ************************** End of input data file ***************************** reinit: ----------------------------------------------------------------------- reinit: System Name: reinit: ----------------------------------------------------------------------- reinit: System Label: siesta reinit: ----------------------------------------------------------------------- initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ---------- No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 ，我用输入文件是in.fdf,改名为intel.fdf，siesta.fdf等等都不行，输入文件内容是 SystemName Water molecule SystemLabel h2o NumberOfAtoms 3 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 8 O # Species index, atomic number, species label 2 1 H %endblock ChemicalSpeciesLabel AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.000 0.000 0.000 1 0.757 0.586 0.000 2 -0.757 0.586 0.000 2 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 SIESTA |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
基金不中，共勉
已经有5人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有3人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有5人回复
-
我不理解！
已经有23人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有10人回复
-
系统查不到
已经有10人回复
-
怎么查啊
已经有5人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- castep脚本提交任务时，没计算就完成了，也没有反馈文件
已经有3人回复
- linux下提交ansys任务
已经有12人回复
- 如何写提交任务的脚本
已经有7人回复
- 提交VASP任务，总是排队，不让计算！！
已经有30人回复
- 深圳超算中心vasp编译及任务提交问题
已经有25人回复
- 一百个FORTRAN任务怎么能一次提交SSH计算
已经有3人回复
- 提交siesta任务计算失败
已经有11人回复
- 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
已经有19人回复
- 求：用PBS脚本提交MS任务具体步骤
已经有4人回复
- 关于Troque提交任务需要用qrun才能运行的讨论
已经有16人回复
- 怎么样禁止绕开队列提交任务？
已经有21人回复
- PBS中资源的选择#PBS -l nodes=...
已经有5人回复
- 提交任务后CPU不运行问题求解
已经有9人回复
- pbs脚本可否提交新的pbs脚本任务？
已经有5人回复
- CASTEP改变积分路径，无法提交任务
已经有7人回复
- 程序没报错中断，但停止运行
已经有3人回复
- 【求助】MS在提交任务立刻显示Job failed during launch process
已经有11人回复
- 【求助已解决！】用客户端服务器运行程序！提交任务后没有计算！
已经有9人回复
- 【求助】MS提交任务后出错
已经有14人回复
dalongmao
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 4358.4
- 散金: 6
- 红花: 2
- 帖子: 613
- 在线: 448.6小时
- 虫号: 596465
- 注册: 2008-09-09
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-08-09 20:00:14
zhangfan2192
金虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1007.3
- 散金: 62
- 红花: 3
- 帖子: 1170
- 在线: 171.3小时
- 虫号: 648132
- 注册: 2008-11-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-08-09 09:37:09
redskywei
木虫 (著名写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2935.1
- 散金: 57
- 红花: 4
- 帖子: 1413
- 在线: 300小时
- 虫号: 222757
- 注册: 2006-03-21
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2012-08-14 21:14:07
dalongmao
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 4358.4
- 散金: 6
- 红花: 2
- 帖子: 613
- 在线: 448.6小时
- 虫号: 596465
- 注册: 2008-09-09
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-08-15 08:08:00
投票:
