应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 水中溶菌酶例题，能量最小化时出现fatal error
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
31/1返回列表
查看: 902  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fhj1027

木虫 (正式写手)

I love wei

[求助] 水中溶菌酶例题，能量最小化时出现fatal error

在做水中的溶菌酶例题(Lysozyme in Water)时，在溶剂中加入CL离子平衡电荷后进行能量最小化(EM)。

指令：grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

运行时出现错误：
Program grompp, VERSION 4.5.1
Source code file: string2.c, line: 105

Fatal error:
An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '20s'
完全按照例题做的，前面都没有出现错误。唯独到这一步出错。
一直没能找到解决办法，向坛子里的大侠们求助。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2013-07-13 14:10:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fhj1027: 金币+10, ★有帮助, 谢谢您的回复 2013-07-18 15:03:28
你给的输入文件有问题，单行文字长度超过4k了，检查一下’20s‘开头的那一行，是不是文件格式问题，
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-14 15:04:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhj1027

木虫 (正式写手)

I love wei
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励自己解决问题后，贴出原因供后人参考 2013-07-18 15:10:55
我已找到问题的原因。
我的输入文件不知为什么变成了Dos/Windows格式，而我这儿的集群对文件格式非常敏感。
当我把文件格式改为Unix时，则可以运行。
究其原因是Dos和unix格式文件在回车和换行时机制不一样。
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-18 15:05:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fhj1027 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 332求调剂 +8 蕉蕉123 2026-03-28 8/400 2026-03-29 10:46 by 周梓丹
[考研] 070300化学354求调剂 +5 101次希望 2026-03-28 5/250 2026-03-29 10:36 by 唐沐儿
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +8 谷雨上岸 2026-03-23 9/450 2026-03-29 01:00 by 我是小康
[考研] 数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 295求调剂 +4 wei-5 2026-03-26 4/200 2026-03-28 23:20 by 小木虫tim
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +7 麻辣鱿鱼 2026-03-27 8/400 2026-03-28 12:17 by zllcz
[考研] 339求调剂，想调回江苏 +6 烤麦芽 2026-03-27 8/400 2026-03-28 10:40 by 烤麦芽
[考研] 张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298 +4 手机用户 2026-03-26 4/200 2026-03-28 07:17 by mmm just
[考研] 086000调剂 +3 7901117076 2026-03-26 3/150 2026-03-27 21:34 by Jianing_Mi
[考研] 复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程 +5 XQTJZ 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:49 by 狂炫麦当当
[考研] 085600，材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 一志愿郑大085600，310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[考研] 359求调剂 +4 王了个楠 2026-03-25 4/200 2026-03-27 08:43 by 不吃魚的貓
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-26 4/200 2026-03-26 16:00 by 不吃魚的貓
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭