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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 水中溶菌酶例题，能量最小化时出现fatal error
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fhj1027

木虫 (正式写手)

I love wei

[求助] 水中溶菌酶例题，能量最小化时出现fatal error

在做水中的溶菌酶例题(Lysozyme in Water)时，在溶剂中加入CL离子平衡电荷后进行能量最小化(EM)。

指令：grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

运行时出现错误：
Program grompp, VERSION 4.5.1
Source code file: string2.c, line: 105

Fatal error:
An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '20s'
完全按照例题做的，前面都没有出现错误。唯独到这一步出错。
一直没能找到解决办法，向坛子里的大侠们求助。
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1楼 2013-07-13 14:10:58
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fhj1027: 金币+10, ★有帮助, 谢谢您的回复 2013-07-18 15:03:28
你给的输入文件有问题，单行文字长度超过4k了，检查一下’20s‘开头的那一行，是不是文件格式问题，
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-14 15:04:21
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fhj1027

木虫 (正式写手)

I love wei
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励自己解决问题后，贴出原因供后人参考 2013-07-18 15:10:55
我已找到问题的原因。
我的输入文件不知为什么变成了Dos/Windows格式，而我这儿的集群对文件格式非常敏感。
当我把文件格式改为Unix时，则可以运行。
究其原因是Dos和unix格式文件在回车和换行时机制不一样。
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-18 15:05:34
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