应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » mdrun时出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1793  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Jfreda

铁虫 (小有名气)

[交流] mdrun时出错

mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro &
出现了如下的提示错误：
step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Stepsize too small, or no change in energy.
Converged to machine precision,
but not to the requested precision Fmax < 1000

Double precision normally gives you higher accuracy.
You might need to increase your constraint accuracy, or turn
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -3.1653622e+06
Maximum force     =  9.5183238e+05 on atom 180665
Norm of force     =  2.3416899e+03



下面是我的em.mdp文件
em.mdp

er spoel (236)
;       Wed Nov  3 17:12:44 1993
;       Input file
;
cpp                 =  /lib/cpp
constraints         =  none
define              =  -DFLEX_SPC



; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator          = steep
dt                     = 0.002
emtol               = 1000.0
emstep              = 0.01
nsteps              = 3000

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist             = 10
ns_type             = grid
rlist               = 1.0
coulombtype         = pme
rcoulomb            = 1.0
rvdw                = 1.0
fourierspacing      =0.12
pme_order           =4
optimize_fft        =yes

freezegrps       =Protein UNK POP
freezedim        =Y Y Y Y Y Y Y Y Y
我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)：
1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =         3000

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps
Potential Energy  = -4.2245720e+06
Maximum force     =  9.5952905e+02 on atom 9032
Norm of force     =  1.1612597e+01

2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =         3000

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。

3.integrator改为md, 结果为：
Writing final coordinates.

Average load imbalance: 0.2 %
Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 %


        Parallel run - timing based on wallclock.

               NODE (s)   Real (s)      (%)
       Time:   7515.940   7515.940    100.0
                       2h05:15
               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)
Performance:     63.678      3.946      0.115    208.755

gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem)



请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-18 18:28:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。

虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define.
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-18 18:42:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jawang at 2011-04-18 18:42:24:
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是 ...

好的，谢谢，但是我想问一下freegroup和define有什么区别吗？我的目的是在优化的过程中逐步放开限制。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-18 19:10:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-19 10:02:25
Jfreda(金币+5): 2011-04-19 13:29:55
定义了freegrp就是让这个原子彻底不动了（当然它可以定义不同方向），而使用define是使这个原子多了一个额外的力，使其保持在原来的位置。看你想要达到的效果吧，如果使用freegrp本人觉得会需要你定义的这些原子位置已经平衡了，要不然的话，你还是让人家动动，调整下距离比较好点，手册上说对压力耦合还有影响
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-04-19 09:07:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
怎么又没人回答了？
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-19 10:53:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jawang at 2011-04-19 09:07:48:
定义了freegrp就是让这个原子彻底不动了（当然它可以定义不同方向），而使用define是使这个原子多了一个额外的力，使其保持在原来的位置。看你想要达到的效果吧，如果使用freegrp本人觉得会需要你定义的这些原子位 ...

好的，非常感谢！
回复此楼
6楼2011-04-19 13:30:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jfreda 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +4 QiMing7 2026-03-25 5/250 2026-03-29 21:10 by 唐沐儿
[考博] 26申博自荐 +6 whh869393 2026-03-24 6/300 2026-03-29 21:05 by nxgogo
[考研] 322求调剂：一志愿湖南大学 材料与化工（085600），已过六级。 +4 XX小邓 2026-03-29 4/200 2026-03-29 17:34 by 无际的草原
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程（085601） +7 WW.' 2026-03-23 9/450 2026-03-29 12:42 by fmesaito
[考研] 318一志愿吉林大学生物与医药 求调剂 +4 笃行致远. 2026-03-28 4/200 2026-03-29 11:55 by longlotian
[考研] 283求调剂 +7 A child 2026-03-28 7/350 2026-03-28 12:05 by zllcz
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 339求调剂，想调回江苏 +6 烤麦芽 2026-03-27 8/400 2026-03-28 10:40 by 烤麦芽
[考研] 352分 化工与材料 +5 海纳百川Ly 2026-03-27 5/250 2026-03-28 03:39 by fmesaito
[考研] 085600，材料与化工321分，求调剂 +9 大馋小子 2026-03-27 9/450 2026-03-27 14:30 by mmm just
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 324求调剂 +8 hanamiko 2026-03-26 10/500 2026-03-27 08:06 by hypershenger
[考研] 机械学硕310分，数一英一，一志愿211本科双非找调剂信息 +3 @357 2026-03-25 3/150 2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 材料科学与工程 317求调剂 +4 JKSOIID 2026-03-26 4/200 2026-03-26 15:58 by 不吃魚的貓
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭