| 查看: 1788 | 回复: 5 | |||
[交流]
mdrun时出错
|
|
mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro & 出现了如下的提示错误： step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax < 1000 Double precision normally gives you higher accuracy. You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file) writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps, but did not reach the requested Fmax < 1000. Potential Energy = -3.1653622e+06 Maximum force = 9.5183238e+05 on atom 180665 Norm of force = 2.3416899e+03 下面是我的em.mdp文件 em.mdp er spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /lib/cpp constraints = none define = -DFLEX_SPC ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep dt = 0.002 emtol = 1000.0 emstep = 0.01 nsteps = 3000 ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = pme rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 fourierspacing =0.12 pme_order =4 optimize_fft =yes freezegrps =Protein UNK POP freezedim =Y Y Y Y Y Y Y Y Y 我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)： 1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps Potential Energy = -4.2245720e+06 Maximum force = 9.5952905e+02 on atom 9032 Norm of force = 1.1612597e+01 2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 3.integrator改为md, 结果为： Writing final coordinates. Average load imbalance: 0.2 % Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 % Parallel run - timing based on wallclock. NODE (s) Real (s) (%) Time: 7515.940 7515.940 100.0 2h05:15 (Mnbf/s) (GFlops) (ns/day) (hour/ns) Performance: 63.678 3.946 0.115 208.755 gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem) 请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
291求调剂
已经有7人回复
-
材料与化工272求调剂
已经有13人回复
-
283求调剂（080500）
已经有5人回复
-
材料科学与工程求调剂
已经有5人回复
-
一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂
已经有17人回复
-
考研调剂
已经有7人回复
-
343求调剂085601
已经有3人回复
-
08工科求调剂286
已经有3人回复
-
337求调剂
已经有3人回复
-
329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601）
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs中，mdrun出错
已经有5人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- vsap 5.2 环境和编译问题
已经有14人回复
- Gromacs做steep之后做cg出错
已经有5人回复
- 编译vasp出错
已经有11人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】安装vasp出错 make: *** [fftmpi_map.o] 错误 1【已解决】
已经有6人回复
- 【求助】vasp安装编译错误，请大家帮忙看下那里出错了。
已经有6人回复
- 【求助成功】Vasp 5.2.11编译出错
已经有10人回复
- 【求助】在编译时出错
已经有6人回复
- 【求助】PBE0 计算Si、Ge能带结构
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
中国散裂中子源诚聘“AI材料计算”方向博士后/职工
+1/391
-
2026年赣南师范大学 电子科学与技术专业（学硕）+ 电子信息工程（专硕）接收调剂学生
+1/185
-
双一流南京医科大学招计算机、生物信息等方向调剂
+1/86
-
一志愿 中国科学技术大学生物学 365分 求调剂
+1/84
-
中国石油大学（华东）化学化工学院学硕、专硕接收缺额调剂
+1/45
-
国家工程物理交叉科学研究中心招收凝聚态物理及相关专业硕士研究生一名
+1/40
-
上海大学 “生物有机电子材料及器件”团队硕士、博士研究生招聘
+1/35
-
环境化学、地学、环境毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、分析检测、计算模拟者优先
+1/32
-
中科院和北京工商大学招收2026博士（化学背景）
+1/11
-
北京某研究院结构生物学相关专业接收调剂研究生
+1/9
-
港科大（广州）招收光学传感器，集成电路设计，医学影像设备以及可穿戴设备方向的博士
+1/9
-
同济大学环境学院 肖倩特聘研究员课题组 招聘硕士/博士（长期有效）
+1/6
-
北京石油化工学院VOCs净化技术课题组 招收2026级硕士调剂
+1/6
-
双一流天津工业大学电信学院李鸿强教授招收2026年申请审核制博士
+1/6
-
271跪求调剂
+1/5
-
招收从事大气复合污染成因领域研究生
+1/3
-
0854工学-电子信息考研-302分求调剂，接受跨专业，只求有学上！！！ ! ! ! ！
+1/2
-
博士招生 | 青岛科技大学（高分子、化学、材料、力学、航天、机电工程、计算机仿真）
+1/1
-
武汉纺织大学2026年招收硕士研究生-全国重点实验室-【高性能、功能纺织复合材料方向】
+1/1
-
北京石油化工学院康举、张慧杰老师团招2026年研究生复试调剂考生，欢迎联系
+1/1
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
|
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define. |
2楼2011-04-18 18:42:24
3楼2011-04-18 19:10:46
4楼2011-04-19 09:07:48
5楼2011-04-19 10:53:16
6楼2011-04-19 13:30:13
