| 查看: 1765 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
mdrun时出错
|
|||
|
mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro & 出现了如下的提示错误： step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax < 1000 Double precision normally gives you higher accuracy. You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file) writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps, but did not reach the requested Fmax < 1000. Potential Energy = -3.1653622e+06 Maximum force = 9.5183238e+05 on atom 180665 Norm of force = 2.3416899e+03 下面是我的em.mdp文件 em.mdp er spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /lib/cpp constraints = none define = -DFLEX_SPC ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep dt = 0.002 emtol = 1000.0 emstep = 0.01 nsteps = 3000 ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = pme rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 fourierspacing =0.12 pme_order =4 optimize_fft =yes freezegrps =Protein UNK POP freezedim =Y Y Y Y Y Y Y Y Y 我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)： 1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps Potential Energy = -4.2245720e+06 Maximum force = 9.5952905e+02 on atom 9032 Norm of force = 1.1612597e+01 2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 3.integrator改为md, 结果为： Writing final coordinates. Average load imbalance: 0.2 % Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 % Parallel run - timing based on wallclock. NODE (s) Real (s) (%) Time: 7515.940 7515.940 100.0 2h05:15 (Mnbf/s) (GFlops) (ns/day) (hour/ns) Performance: 63.678 3.946 0.115 208.755 gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem) 请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
298求调剂
已经有3人回复
-
博士自荐
已经有7人回复
-
博士推荐
已经有4人回复
-
求环氧树脂研发1名
已经有10人回复
-
280求调剂
已经有5人回复
-
什么是人一生最重要的？
已经有10人回复
-
面上可以超过30页吧？
已经有13人回复
-
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有13人回复
-
版面费该交吗
已经有17人回复
-
【博士招生】太原理工大学2026化工博士
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs中，mdrun出错
已经有5人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- vsap 5.2 环境和编译问题
已经有14人回复
- Gromacs做steep之后做cg出错
已经有5人回复
- 编译vasp出错
已经有11人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】安装vasp出错 make: *** [fftmpi_map.o] 错误 1【已解决】
已经有6人回复
- 【求助】vasp安装编译错误，请大家帮忙看下那里出错了。
已经有6人回复
- 【求助成功】Vasp 5.2.11编译出错
已经有10人回复
- 【求助】在编译时出错
已经有6人回复
- 【求助】PBE0 计算Si、Ge能带结构
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
求助哪里可以做光催化产氢的放大实验
+1/83
-
【全奖博士招生】美国科罗拉多大学科罗拉多斯普林斯分校----固体与结构力学
+1/83
-
澳大利亚昆士兰大学化工学院吕妙强课题组招收项目支持的全奖博士生2名
+1/81
-
【最后机会】深圳大学2026级土木工程博士急招
+5/80
-
博洛尼亚大学能源材料课题组2个博后位置招聘（PNRR & MSCA）
+1/52
-
【博士招生】北方工业大学招收机械工程方向申请考核制博士
+1/40
-
吉林师范大学宽禁带半导体材料生长与器件实验室招收2026年入学申请考核制博士生4名
+2/40
-
湖南大学材料科学与工程学院招收博士研究生
+1/37
-
算法实习生招聘（驻地郑州，可提供实习证明、转正机会）
+1/20
-
26年启明计划
+1/17
-
电子科技大学材料学院SFT创新中心招收2026年博士生及科研助理
+1/13
-
求DNAstar 破解版
+1/10
-
杨亚研究员课题组（广西大学-纳米能源研究中心）招收2026年物理学专业学术型博士
+1/5
-
蛋白结构质谱实验室202609入学博士生（1名，202603月底报名）
+1/4
-
【全奖博士招生】美国科罗拉多大学科罗拉多斯普林斯分校----固体与结构力学
+1/4
-
大连理工大学智能系统实验室优秀博士研究生招生
+1/4
-
澳科大诚招2026年秋季药物递送/生物材料方向硕士研究生（倒计时最后一周）
+1/4
-
RAFT聚合提高单体转化率
+1/2
-
新加坡南洋理工大学- 光电/ 智能传感/ 脑机接口方向 博士后
+1/1
-
济南大学压电材料与器件团队诚聘教师和师资博士后
+1/1
5楼2011-04-19 10:53:16
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
|
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define. |
2楼2011-04-18 18:42:24
3楼2011-04-18 19:10:46
4楼2011-04-19 09:07:48