| 查看: 1787 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
mdrun时出错
|
|||
|
mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro & 出现了如下的提示错误： step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax < 1000 Double precision normally gives you higher accuracy. You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file) writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps, but did not reach the requested Fmax < 1000. Potential Energy = -3.1653622e+06 Maximum force = 9.5183238e+05 on atom 180665 Norm of force = 2.3416899e+03 下面是我的em.mdp文件 em.mdp er spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /lib/cpp constraints = none define = -DFLEX_SPC ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep dt = 0.002 emtol = 1000.0 emstep = 0.01 nsteps = 3000 ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = pme rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 fourierspacing =0.12 pme_order =4 optimize_fft =yes freezegrps =Protein UNK POP freezedim =Y Y Y Y Y Y Y Y Y 我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)： 1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps Potential Energy = -4.2245720e+06 Maximum force = 9.5952905e+02 on atom 9032 Norm of force = 1.1612597e+01 2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 3.integrator改为md, 结果为： Writing final coordinates. Average load imbalance: 0.2 % Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 % Parallel run - timing based on wallclock. NODE (s) Real (s) (%) Time: 7515.940 7515.940 100.0 2h05:15 (Mnbf/s) (GFlops) (ns/day) (hour/ns) Performance: 63.678 3.946 0.115 208.755 gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem) 请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
291求调剂
已经有7人回复
-
材料与化工272求调剂
已经有13人回复
-
283求调剂（080500）
已经有5人回复
-
材料科学与工程求调剂
已经有5人回复
-
一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂
已经有17人回复
-
考研调剂
已经有7人回复
-
343求调剂085601
已经有3人回复
-
08工科求调剂286
已经有3人回复
-
337求调剂
已经有3人回复
-
329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601）
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs中，mdrun出错
已经有5人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- vsap 5.2 环境和编译问题
已经有14人回复
- Gromacs做steep之后做cg出错
已经有5人回复
- 编译vasp出错
已经有11人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】安装vasp出错 make: *** [fftmpi_map.o] 错误 1【已解决】
已经有6人回复
- 【求助】vasp安装编译错误，请大家帮忙看下那里出错了。
已经有6人回复
- 【求助成功】Vasp 5.2.11编译出错
已经有10人回复
- 【求助】在编译时出错
已经有6人回复
- 【求助】PBE0 计算Si、Ge能带结构
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
广东医科大学 陈胜昔教授团队（国家级人才；AI医药创新研发平台）高薪聘请博士后
+1/91
-
五邑大学药学与食品工程学院 | 刘宇茸课题组 调剂招生
+5/90
-
上海电力大学先进储能电池技术课题组招生
+1/80
-
南通大学国家级人才团队招收卫生检验、医学检验相关方向调剂研究生
+2/38
-
欢迎化学、化工、材料、环境、药学、纳米、能源等专业综合表现优秀的同学加入！-上海
+1/36
-
中国计量科学研究院长度量子基准实验室2026年调剂招生
+1/34
-
浙江省人民医院博士后岗位招聘
+1/33
-
上海中医药大学创新中药研究院 招收审核制博士生一名
+1/17
-
【实战型】【生物医药】2026青岛大学招博士生 含少数民族骨干计划2名！
+1/14
-
阶段性压力
+2/12
-
天津科技大学-生物质资源利用与制浆技术团队2026年硕士招生
+1/12
-
机械求调剂 读研还想学机械
+1/10
-
齐齐哈尔大学化学与化学工程学院招收专硕调剂
+1/10
-
课题组招收专业代码08开头的学硕！
+1/9
-
南京林业大学化工院有机合成方向硕士招调剂
+1/9
-
化学、化工、化妆品、材料背景考生调剂
+1/7
-
武汉工程大学化学与环境工程学院招收调剂生
+1/7
-
上海工程技术大学纺织服装学院辛斌杰院长、郑元生教授团队招收学硕/专硕研究生
+1/5
-
CD40L抗体如何调控免疫应答？
+1/3
-
武汉纺织大学国家杰青课题组诚招调剂硕士研究生
+1/3
5楼2011-04-19 10:53:16
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
|
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define. |
2楼2011-04-18 18:42:24
3楼2011-04-18 19:10:46
4楼2011-04-19 09:07:48
