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astringent

铜虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】在编译时出错已有5人参与

when i execute the program, the following error appear:

At line 111 of file readmd.f90 (unit = 20, file = 'TRAJ1')
Fortran runtime error: I/O past end of record on unformatted file

How can solve this, please help me, thanks.

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1楼2010-11-15 19:23:32

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zyj8119

木虫 (著名写手)

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引用回帖:

Originally posted by astringent at 2010-11-15 19:23:32:
when i execute the program, the following error appear:

At line 111 of file readmd.f90 (unit = 20, file = 'TRAJ1')
Fortran runtime error: I/O past end of record on unformatted file

How can s ...

无源代码无真相。。

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好好学习，天天向上。

2楼2010-11-15 22:02:38

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astringent

铜虫 (著名写手)

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这个是源文件
open(nin,file='TRAJ1',status='old',form &
            ='unformatted')
   open(nout,file='csbw.out')
      do istep=1, nstep
            call readmdinit (mdtype,nin)
            call readmd  &
               (mdtype,nattot,nin,atomname,xxx,yyy,zzz,cell)

! loop over all waters

      do i=1, nattot
            if (('atomname'.eq.'O').and.('resname'.eq.'WAT')) then
                  io = i
                  ih1 = io+1
                  ih2 = io+2
            call test &
            (io,ih1,ia1,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,atomname,resname,ihbnum)
               if (ihbnum.eq.1) then
                     acc(j)=ia1
                     call test  &
                  (io,ih2,ia2,xxx,yyy,zzz,nattot,cell, &
                  atomname,resname,ihbnum)
                     if (ihbnum.eq.1) then
                           if (resindex(ia1).eq.resindex(ia2)+1 &
                           .or. resindex(ia1).eq. resindex(ia2)-1) then
                        write(*,*) 'not find a cswb'
                        else
                        write(*,*) 'find a cswb'
                        nhb=nhb+1
                        endif
                     endif
               endif
               endif
            enddo
         sum=sum+nhb
      do j=1,nattot
      write (nout,"('acceptor is',i2)"

acc(j)
      enddo
         enddo
      avgnhb=sum/nstep
      write (nout,"('avergaed number is',i2)"

avgnhb
close(nout)
end

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3楼2010-11-16 03:01:44

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下面是各个子程序
subroutine findhbond &
      (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

   implicit none
   include 'constants.h'

   integer io,ih,iat,nattot,ihbnum
   double precision xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   double precision cell(3)
   double precision theta,thetamax,roamax,rhamax
   double precision dx0,dy0,dz0,r0
   double precision dx1,dy1,dz1,r1
   double precision dx2,dy2,dz2,r2

   thetamax = 30.d0
   roamax = 3.5d0
   rhamax = 2.45d0
   ihbnum = 0

   call bondcalculation(io,ih,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx0,dy0,dz0,r0)
   call bondcalculation(io,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx1,dy1,dz1,r1)
         if (r1.lt.roamax) then
            theta = dacos(dx0*dx1+dy0*dy1+dz0*dz1)
               if(theta.lt.thetamax) then
                  call bondcalculation &
                     (ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx2,dy2,dz2,r2)
                     if (r2.lt.rhamax) then
                           ihbnum = 1
                     endif
               endif
         endif

   return
   end
subroutine test &
      (io,ih,ia,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,atomname,resname,ihbnum)

   implicit none
   include 'constants.h'

   integer io,ih,ia,nattot,ihbnum
   double precision xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   double precision cell(*)
   character*4 atomname(nattot),resname(nattot)

   integer iat

   ia = 0
   ihbnum = 0

   do iat=1, nattot
      if((('resname'.eq.'DC5').or.('resname'.eq.'DC')).and.&
      ('atomname'.eq.'N1'.or.'atomname'.eq.'N4'.or.'atomname'.eq.'N3'&
            &.or.'atomname'.eq.'O2')) then
               call findhbond &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

      elseif (('resname'.eq.'DG3'.or.'resname'.eq.'DG').and.&
            &('atomname'.eq.'N9'.or.'atomname'.eq.'N7'.or.'atomname'.eq.&
               &'O6'.or.'atomname'.eq.'N1'.or.'atomname'.eq.'N2'&
            &.or.'atomname'.eq.'N3')) then
            call findhbond &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

      elseif (('resname'.eq.'DA').and.('atomname'.eq.'N9'.or.&
            'atomname'.eq.'N7'.or.'atomname'.eq.  &
            'N6'.or.'atomname'.eq.'N1'&
            &.or.'atomname'.eq.'N3')) then
            call findhbond  &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

      elseif (('resname'.eq.'DT').and.('atomname'.eq.'N1'.or. &
            'atomname'.eq.'O4'.or.'atomname' &
            .eq.'N3'.or.'atomname'.eq.'O2')) then
            call findhbond &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)
      endif
      if (ihbnum.eq.1) then
         ia=iat
      endif
      enddo

   return
   end
  subroutine bondcalculation &
      (i1,i2,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx,dy,dz,roh)

   implicit none
   integer i1,i2,nattot
   double precision xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   double precision cell(3),dx,dy,dz
   double precision xo,yo,zo,xh,yh,zh,roh

   xo = xxx(i1)
   yo = yyy(i1)
   zo = zzz(i1)
   xh = xxx(i2)
   yh = yyy(i2)
   zh = zzz(i2)
   dx = xh - xo
   dy = yh - yo
   dz = zh - zo
   dx = dx - anint(dx/cell(1))*cell(1)
   dy = dy - anint(dy/cell(2))*cell(2)
   dz = dz - anint(dz/cell(3))*cell(3)
   roh = dsqrt(dx**2+dy**2+dz**2)
   dx = dx / roh
   dy = dy / roh
   dz = dz / roh
   return
   end

subroutine readmd  &
      (mdtype,nattot,nin,atomname,xxx,yyy,zzz,cell)

   implicit none
   integer mdtype,nattot,nin
   double precision :: xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   real*4 :: x_dcd(nattot),y_dcd(nattot),z_dcd(nattot)
   double precision cell(3)
   character*4 atomname(nattot)

   integer iatm,i
   double precision xtable(6)

   integer                            ::npdb=70

   if (mdtype.eq.0) then       ! original TINKER
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(i6,2x,a2,x,3f12.6)')i,atomname(iatm),xxx(iatm),&
            yyy(iatm),zzz(iatm)
      enddo
   elseif (mdtype.eq.1) then    ! modified TINKER
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(a2,9x,6f12.4)')atomname(iatm),xxx(iatm), &
               yyy(iatm), zzz(iatm)
      enddo
   elseif ((mdtype.eq.2).or.(mdtype.eq.3)) then
   !  DLPOLY
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(a2,x,6f10.5)')atomname(iatm),xxx(iatm), &
            yyy(iatm), zzz(iatm)
      enddo
   elseif (mdtype.eq.4) then
   ! Orsay - FX COUDERT
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(2x,a2,6x,3f14.5)')atomname(iatm),xxx(iatm),&
            yyy(iatm),zzz(iatm)
      enddo
   elseif (mdtype.eq.5) then
   !  xyz
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(a2,8x,3f12.4)')atomname(iatm),xxx(iatm),&
   yyy(iatm),zzz(iatm)
      enddo

   elseif (mdtype.eq.6) then
  ! dcd binary
         read(nin) (xtable(i),i=1,6)
         read(nin) (x_dcd(i),i=1,nattot)
         read(nin) (y_dcd(i),i=1,nattot)
         read(nin) (z_dcd(i),i=1,nattot)


         cell(1)=xtable(1)
         cell(2)=xtable(3)
         cell(3)=xtable(6)

         OPEN(npdb,file='system.pdb',status='old')
         call read_pdb(atomname,npdb,nattot)

         CLOSE(npdb)

! send from single precision to double

         do i=1,nattot
            xxx(i)=x_dcd(i)
            yyy(i)=y_dcd(i)
            zzz(i)=z_dcd(i)
         enddo


   endif

   return
   end

   subroutine readmdinit(mdtype,nin)

   implicit none
   integer mdtype,nin

! local variables --------------

   integer    ntitle,nset,istart,icntrl(6),jcntrl(9)
   character*80 title(10)
   character*4 hdr
   double precision    delta
   integer    i,nfr,dfr,natms

   if (mdtype.eq.3) then
      read(nin,*)
      read(nin,*)
   elseif(mdtype.eq.6) then
      read(nin) hdr,nfr,istart,dfr,(icntrl(i),i=1,6),delta,(jcntrl(i) &
         ,i=1,9)
      read(nin) ntitle,(title(i),i=1,ntitle)
      read(nin) natms
   endif

   return
   end

   subroutine read_pdb(atomname,n,nattot)

   integer                                           ::n,nattot
   character(len=4),dimension(nattot),intent(inout) ::atomname
   character(len=4),dimension(nattot)                ::resname
   character(len=4),dimension(nattot)                ::itmp
   integer,dimension(nattot)                         ::resindex,label


!--- local variables -------------------

   integer :: i

   do i=1,nattot

      read(n,1000,err=20,end=20) itmp,label(i),atomname(i),resname(i),&
   resindex(i)

   enddo


20 CONTINUE

1000 format(3x,a4,6x,i5,a4,x,a4,3x,i5)

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4楼2010-11-16 03:22:17

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gd88

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nono2009(金币+2):鼓励应助 2010-11-17 10:14:06

LZ，今天Fortran的问题小爆发哦。

从错误信息来看，TRAJ1这个文件，格式错误。

另，你读取数据的程序，用F90的吗？
那么，open(nin,file='TRAJ1',status='old'
里面的 old
Fortran的标准这么多年可以是变化的，
你先了解一下 f90 和 f77 的不同把，格式方面。

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5楼2010-11-17 02:03:42

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