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【求助】Siesta安装报错
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朋友要我在server上安装Siesta，要求是2.0版本的，可是我安装好多次，运算时还是会出错的。 我的机器是HP： CPU X5650 2个 内存 24G 编译器是MPICH2,ifort,icc 安装后，我运行自带的例子，第一个错误如下： Kgrid cutoff input: 28.34590 forrtl: severe (71): integer divide by zero Image PC Routine Line Source siesta 0000000000A18C38 Unknown Unknown Unknown siesta 0000000000A494CA Unknown Unknown Unknown 不知道为什么，网上查了也不知道为什么，后在在编译时加了Siesta的关于ifort11的提示，好像没拉。 第二个错误是： forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred ERROR - number of fine mesh points per Node must be greater than finite difference order 这个好像我减少并行的cpu数量，会解决，但我不知道这是不是我编译的问题，还是软件本身的问题 第三个错误一直没法解决，在跑MgO,或者有时在运行Fe时，会出现 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred 。。。。。。。。。。。。。。。。 然后所有cpu都退出拉。 那位高手可以帮忙解答下吗？万分感谢。。。。 |
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2楼2011-02-18 22:29:08
Siesta安装报错
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恩，谢谢阿。但是程序有时不会报错，比如我运行H2O的例子，它是好的，但是要是去运行Fe就会出错。要是程序没有报错，是可以计算的，计算的结果似乎也是正确的，由于我安装的是2.0.2,我尝试3.0时，不会有问题，但我朋友一定要2.0。我的编译文件如下阿：由于当时MKL弄不清怎么安装，我也没有Intel的MPI，所以选了BLAS，LAPACK和BLACS。版主要是不建议，可以把你的编译文件给我参考下麻？我主要在做了下面的修改： a. edit the optimization level FFLAGS=-g -O2 ****************************************************************** b.give the right path of all the necessary libs BLAS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLAS/blas_LINUX.a LAPACK_LIBS=/home/enola/Siesta/lapack-3.2.1/lapack_LINUX.a BLACS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a\ /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a\ /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a SCALAPACK_LIBS=/home/enola/lib/scalapack/libscalapack.a ****************************************************************** c.especially for this MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a# do not need to change or else error happen MPI_INCLUDE=/home/enola/lib/mpi/include# change to the right path ****************************************************************** 以下是我的整个arch.make,谢谢。。 # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996-2006. # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g -O2 FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLAS/blas_LINUX.a LAPACK_LIBS=/home/enola/Siesta/lapack-3.2.1/lapack_LINUX.a BLACS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a\ /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a\ /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a SCALAPACK_LIBS=/home/enola/lib/scalapack/libscalapack.a COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a # #MPI_INTERFACE=/home/enola/lib/mpi/lib/libmpichf90.a MPI_INCLUDE=/home/enola/lib/mpi/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< |
3楼2011-02-19 10:16:35
4楼2011-02-19 10:29:09
