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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】siesta输入文件错误,昨晚到现在没有弄好,请求帮助 已有2人参与

SystemName m_fe_h2o
SystemLabel m_fe_h2o

NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms   51

xc.functional GGA
xc.authors   LYP

PAO.basisSize DZP

WriteCoorXmol

%block ChemicalSpeciesLabel
1    26 Fe
2    7 N
3    6 C
4    1 H
%endblock ChemicalSpeciesLabel

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
....

.....


%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps 20

MeshCutoff 120 Ry
PAO.EnergyShift 0.01 Ry
DM.NumberPulay 5
DM.MixingWeight 0.3
                                                                                                                                     坐标太多,省略...我想用lan12dz但是不知道怎么用
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

错误是
Wrong specnum in Chemical_species_label
Wrong specnum in Chemical_species_label
ERROR STOP from Node:    0
ERROR STOP from Node:    0
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
2楼2009-12-01 14:02:43
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journalemu


minmin_0082003(金币+1,VIP+0):多谢您的吉言.......... 12-1 16:00
segmentation fault  可能性太多了,呵呵,自己慢慢找吧。估计你找再找一个周都找不出来,哈哈
3楼2009-12-01 14:45:11
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journalemu


minmin_0082003(金币+1,VIP+0):谢谢提醒 12-1 16:00
想得到人家的帮助,又扭扭捏捏,最讨厌这类人
4楼2009-12-01 14:46:08
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journalemu


minmin_0082003(金币+1,VIP+0):我正在仔细看那个guide book,因为助教英语发音含糊,我又听不太懂专业词汇,所以学的也是有点慢 12-1 16:44
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2009-12-1 14:02:
错误是
Wrong specnum in Chemical_species_label
Wrong specnum in Chemical_species_label
ERROR STOP from Node:    0
ERROR STOP from Node:    0
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault o ...

哈哈,以德抱怨,弄的我都不好意思了,小牛,哈哈

据我的经验,很可能是里面的一些子程序出了问题,如 call date_time()之类。
你设置一些,找到具体是哪个子程序,就是输出系统时间的,你直接把它注释掉就可以了。 不影响计算。然后再重新编译一下,就应该没有问题了。
如果你懒的弄,那你有换个编译器尝试一下了。
好运。哈哈。,说话不注意分寸,不要见怪哈。哈哈。
5楼2009-12-01 16:15:55
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dtlfnwu

铜虫 (小有名气)

notice


minmin_0082003(金币+1,VIP+0):嗯,好的,我在仔细检查,谢谢 12-1 16:52
你的原子坐标须与原子标号一致,我感觉你可能是这出错了.再仔细检查一下.
6楼2009-12-01 16:48:16
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zhangguangping

木虫 (著名写手)


ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-04-04 09:33
不知道是不是因为你的文件是在windows下编辑的,那样的话格式就是DOS,和Linux下面是由差别的,可以传到机器上之后用命令dos2unix file转换一下!试试这个是不是见效!
弘德明志博学笃行
7楼2010-04-03 23:22:13
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fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)

根据给出的错误提示,应该是原子标号出错了
8楼2010-04-24 16:07:24
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