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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta输入文件错误，昨晚到现在没有弄好，请求帮助
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】siesta输入文件错误，昨晚到现在没有弄好，请求帮助 已有2人参与

SystemName m_fe_h2o
SystemLabel m_fe_h2o

NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms   51

xc.functional GGA
xc.authors   LYP

PAO.basisSize DZP

WriteCoorXmol

%block ChemicalSpeciesLabel
1    26 Fe
2    7 N
3    6 C
4    1 H
%endblock ChemicalSpeciesLabel

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
....

.....


%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps 20

MeshCutoff 120 Ry
PAO.EnergyShift 0.01 Ry
DM.NumberPulay 5
DM.MixingWeight 0.3
                                                                                                                                     坐标太多，省略...我想用lan12dz但是不知道怎么用
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1楼 2009-12-01 13:23:53
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
错误是
Wrong specnum in Chemical_species_label
Wrong specnum in Chemical_species_label
ERROR STOP from Node:    0
ERROR STOP from Node:    0
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
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2楼2009-12-01 14:02:43
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journalemu

★
minmin_0082003(金币+1,VIP+0):多谢您的吉言.......... 12-1 16:00
segmentation fault  可能性太多了，呵呵，自己慢慢找吧。估计你找再找一个周都找不出来，哈哈
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3楼2009-12-01 14:45:11
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journalemu

★
minmin_0082003(金币+1,VIP+0):谢谢提醒 12-1 16:00
想得到人家的帮助，又扭扭捏捏，最讨厌这类人
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4楼2009-12-01 14:46:08
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journalemu

★
minmin_0082003(金币+1,VIP+0):我正在仔细看那个guide book，因为助教英语发音含糊，我又听不太懂专业词汇，所以学的也是有点慢 12-1 16:44
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2009-12-1 14:02:
错误是
Wrong specnum in Chemical_species_label
Wrong specnum in Chemical_species_label
ERROR STOP from Node:    0
ERROR STOP from Node:    0
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault o ...

哈哈，以德抱怨，弄的我都不好意思了，小牛，哈哈

据我的经验，很可能是里面的一些子程序出了问题，如 call date_time()之类。
你设置一些，找到具体是哪个子程序，就是输出系统时间的，你直接把它注释掉就可以了。 不影响计算。然后再重新编译一下，就应该没有问题了。
如果你懒的弄，那你有换个编译器尝试一下了。
好运。哈哈。，说话不注意分寸，不要见怪哈。哈哈。
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5楼2009-12-01 16:15:55
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dtlfnwu

铜虫 (小有名气)

notice

★
minmin_0082003(金币+1,VIP+0):嗯，好的，我在仔细检查，谢谢 12-1 16:52
你的原子坐标须与原子标号一致,我感觉你可能是这出错了.再仔细检查一下.
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6楼2009-12-01 16:48:16
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-04-04 09:33
不知道是不是因为你的文件是在windows下编辑的，那样的话格式就是DOS，和Linux下面是由差别的，可以传到机器上之后用命令dos2unix file转换一下！试试这个是不是见效！
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弘德明志博学笃行
7楼2010-04-03 23:22:13
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fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)
根据给出的错误提示，应该是原子标号出错了
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8楼2010-04-24 16:07:24
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