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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta 3.1 画电荷密度图
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c_chi

木虫 (正式写手)

[求助] siesta 3.1 画电荷密度图

急啊！！！我遇到的困难如下：
我使用相同的输入文件分别用siesta2.02和siesta3.1计算，然后用denchar.x-s32计算电荷密度；但是用siesta2.02可以计算并得到结果，而siesta3.1的结果就无法计算，一运行就报错。而且两者的输出文件数很不一样，siesta2.02输出文件有90个左右，siesta3.1输出文件只有40个左右。
我怀疑过可能是两个版本的默认参数设置不一样，但我对比了计算电荷密度需要的参数，两者的默认值是一样的。不知道是参数问题还是软件安装问题，希望各位高手指点一下，或者给出你们用siesta3.1计算电荷密度成功的脚本例子，先谢谢个问了。

我的脚本如下：
#!/bin/sh

SystemName          graphene_Li_CO2
SystemLabel         graphene_Li_CO2

NumberOfAtoms       4
NumberOfSpecies     3
%block ChemicalSpeciesLabel
1  6   C
2  8   O
3  3  Li
%endblock ChemicalSpeciesLabel
XC.functional  GGA
XC.authors     PBE
SpinPolarized  true

# =====================================================================================
# Cell & K-MP-grid
LatticeConstant   20 Ang   # Lattice constant alat
%block LatticeVectors               # in units of alat
1   0   0
0   1   0
0   0   1
%endblock LatticeVectors
%block kgrid_Monkhorst_Pack
1 0 0   0.0
0 1 0   0.0
0 0 1   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
# =====================================================================================
# SCF options
MaxSCFIterations      100       # Maximum number of SCF iter
DM.NumberPulay         5            # One Pulay every 5 iter
DM.MixingWeight       0.25          # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          true            # to use continuae..ion files
SolutionMethod        diagon        # OrderN or Diagon

# DM.UseSaveDM         true          # Restart
DM.AllowReuse          T
DM.AllowExtrapolation  F

MeshCutoff           150. Ry         # OK for carbon (see Emilio)
OccupationFunction   FD
ElectronicTemperature  250 meV       # Temp. for Fermi smearing
# MD
MD.TypeOfRun         broyden
MD.NumCGsteps        100
MD.MaxForceTol       0.05 eV/Ang
#==========================================================================
# Denchar Options
SaveRho       true
SaveDeltaRho  true
WriteDenchar  true

Denchar.TypeOfRun  3D
Denchar.PlotCharge T
Denchar.CoorUnits  Ang
Denchar.DensityUnits Ele/Ang**3
Denchar.NumberPointsX  100
Denchar.NumberPointsY  100
Denchar.NumberPointsZ  100
Denchar.MinX   5 Ang
Denchar.MaxX   15 Ang
Denchar.MinY  5 Ang
Denchar.MaxY  15 Ang
Denchar.MinZ   5 Ang
Denchar.MaxZ   15 Ang
# =====================================================================================
# Output Options
LongOutput   true
BandLinesScale    ReciprocalLatticeVectors

# =====================================================================================

AtomicCoordinatesFormat    Ang  # Format for inates
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < xyz.dat

# =====================================================================================
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1楼 2011-12-18 19:40:18
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c_chi

木虫 (正式写手)
如果大家不好回答的话，能不能贴出一个成功话好电荷密度图的siesta 3.1 脚本
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2楼2011-12-20 15:21:22
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流~~~有帮助~~ 2011-12-23 08:44:40
c_chi(金币+10): ★★★很有帮助 2011-12-28 14:30:41
你的这个问题，不清楚你为什么用dengchar.你其实可以用grid2cube文件的。denchar也是得到cube文件。grid2cube文件在Util中的Grid里面。使用方法源代码打开就能看见自我解释。另外还有一个就是rho2cube,是在rho2xfs基础上修改得到的。两个虽然都是读取grid数据文件，例如.RHO，DRHO,.VH,VT,TOC,等等。但是他们的使用还是有一个较大的区别的，就是输出的格子能不能自己定义的问题。
第二个使用参考下面的帖子。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2482325&fpage=1
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弘德明志博学笃行
3楼2011-12-22 23:11:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

c_chi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-12-22 23:11:05:
你的这个问题，不清楚你为什么用dengchar.你其实可以用grid2cube文件的。denchar也是得到cube文件。grid2cube文件在Util中的Grid里面。使用方法源代码打开就能看见自我解释。另外还有一个就是rho2cube,是在rho2xf ...

学习了，但我还想知道siesta2.02和siesta3.1具体有什么区别，因为我用相同的输入文件，siesta2.02是可以得到cube文件的，但用siesta3.1不能计算得到？这会是dentchar对它们输出文件的处理方式的问题吗？还是siesta高版本输出的差异？
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4楼2011-12-28 14:33:36
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
fzx2008(金币+1): 谢谢指教 2012-01-08 14:18:04
c_chi(金币+5): ★★★很有帮助 谢谢 2012-01-10 02:32:20
引用回帖:
4楼: Originally posted by c_chi at 2011-12-28 14:33:36:
学习了，但我还想知道siesta2.02和siesta3.1具体有什么区别，因为我用相同的输入文件，siesta2.02是可以得到cube文件的，但用siesta3.1不能计算得到？这会是dentchar对它们输出文件的处理方式的问题吗？还是sies ...

如果你想知道两个版本的RHO文件有什么不同的话，你可以相应的找到这两个版本相应的代码比较一下就是了，那样非常明了了。
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
5楼2012-01-08 14:15:18
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