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c_chi木虫 (正式写手)
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siesta 3.1 画电荷密度图
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急啊！！！我遇到的困难如下： 我使用相同的输入文件分别用siesta2.02和siesta3.1计算，然后用denchar.x-s32计算电荷密度；但是用siesta2.02可以计算并得到结果，而siesta3.1的结果就无法计算，一运行就报错。而且两者的输出文件数很不一样，siesta2.02输出文件有90个左右，siesta3.1输出文件只有40个左右。 我怀疑过可能是两个版本的默认参数设置不一样，但我对比了计算电荷密度需要的参数，两者的默认值是一样的。不知道是参数问题还是软件安装问题，希望各位高手指点一下，或者给出你们用siesta3.1计算电荷密度成功的脚本例子，先谢谢个问了。 我的脚本如下： #!/bin/sh SystemName graphene_Li_CO2 SystemLabel graphene_Li_CO2 NumberOfAtoms 4 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 8 O 3 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel XC.functional GGA XC.authors PBE SpinPolarized true # ===================================================================================== # Cell & K-MP-grid LatticeConstant 20 Ang # Lattice constant alat %block LatticeVectors # in units of alat 1 0 0 0 1 0 0 0 1 %endblock LatticeVectors %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.0 0 1 0 0.0 0 0 1 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack # ===================================================================================== # SCF options MaxSCFIterations 100 # Maximum number of SCF iter DM.NumberPulay 5 # One Pulay every 5 iter DM.MixingWeight 0.25 # New DM amount for next SCF cycle DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.UseSaveDM true # to use continuae..ion files SolutionMethod diagon # OrderN or Diagon # DM.UseSaveDM true # Restart DM.AllowReuse T DM.AllowExtrapolation F MeshCutoff 150. Ry # OK for carbon (see Emilio) OccupationFunction FD ElectronicTemperature 250 meV # Temp. for Fermi smearing # MD MD.TypeOfRun broyden MD.NumCGsteps 100 MD.MaxForceTol 0.05 eV/Ang #========================================================================== # Denchar Options SaveRho true SaveDeltaRho true WriteDenchar true Denchar.TypeOfRun 3D Denchar.PlotCharge T Denchar.CoorUnits Ang Denchar.DensityUnits Ele/Ang**3 Denchar.NumberPointsX 100 Denchar.NumberPointsY 100 Denchar.NumberPointsZ 100 Denchar.MinX 5 Ang Denchar.MaxX 15 Ang Denchar.MinY 5 Ang Denchar.MaxY 15 Ang Denchar.MinZ 5 Ang Denchar.MaxZ 15 Ang # ===================================================================================== # Output Options LongOutput true BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors # ===================================================================================== AtomicCoordinatesFormat Ang # Format for inates %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < xyz.dat # ===================================================================================== |
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你的这个问题，不清楚你为什么用dengchar.你其实可以用grid2cube文件的。denchar也是得到cube文件。grid2cube文件在Util中的Grid里面。使用方法源代码打开就能看见自我解释。另外还有一个就是rho2cube,是在rho2xfs基础上修改得到的。两个虽然都是读取grid数据文件，例如.RHO，DRHO,.VH,VT,TOC,等等。但是他们的使用还是有一个较大的区别的，就是输出的格子能不能自己定义的问题。 第二个使用参考下面的帖子。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2482325&fpage=1 |
3楼2011-12-22 23:11:05
c_chi
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