| 查看: 1848 | 回复: 4 | ||
c_chi木虫 (正式写手)
|
[求助]
siesta 3.1 画电荷密度图
|
|
急啊！！！我遇到的困难如下： 我使用相同的输入文件分别用siesta2.02和siesta3.1计算，然后用denchar.x-s32计算电荷密度；但是用siesta2.02可以计算并得到结果，而siesta3.1的结果就无法计算，一运行就报错。而且两者的输出文件数很不一样，siesta2.02输出文件有90个左右，siesta3.1输出文件只有40个左右。 我怀疑过可能是两个版本的默认参数设置不一样，但我对比了计算电荷密度需要的参数，两者的默认值是一样的。不知道是参数问题还是软件安装问题，希望各位高手指点一下，或者给出你们用siesta3.1计算电荷密度成功的脚本例子，先谢谢个问了。 我的脚本如下： #!/bin/sh SystemName graphene_Li_CO2 SystemLabel graphene_Li_CO2 NumberOfAtoms 4 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 8 O 3 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel XC.functional GGA XC.authors PBE SpinPolarized true # ===================================================================================== # Cell & K-MP-grid LatticeConstant 20 Ang # Lattice constant alat %block LatticeVectors # in units of alat 1 0 0 0 1 0 0 0 1 %endblock LatticeVectors %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.0 0 1 0 0.0 0 0 1 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack # ===================================================================================== # SCF options MaxSCFIterations 100 # Maximum number of SCF iter DM.NumberPulay 5 # One Pulay every 5 iter DM.MixingWeight 0.25 # New DM amount for next SCF cycle DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.UseSaveDM true # to use continuae..ion files SolutionMethod diagon # OrderN or Diagon # DM.UseSaveDM true # Restart DM.AllowReuse T DM.AllowExtrapolation F MeshCutoff 150. Ry # OK for carbon (see Emilio) OccupationFunction FD ElectronicTemperature 250 meV # Temp. for Fermi smearing # MD MD.TypeOfRun broyden MD.NumCGsteps 100 MD.MaxForceTol 0.05 eV/Ang #========================================================================== # Denchar Options SaveRho true SaveDeltaRho true WriteDenchar true Denchar.TypeOfRun 3D Denchar.PlotCharge T Denchar.CoorUnits Ang Denchar.DensityUnits Ele/Ang**3 Denchar.NumberPointsX 100 Denchar.NumberPointsY 100 Denchar.NumberPointsZ 100 Denchar.MinX 5 Ang Denchar.MaxX 15 Ang Denchar.MinY 5 Ang Denchar.MaxY 15 Ang Denchar.MinZ 5 Ang Denchar.MaxZ 15 Ang # ===================================================================================== # Output Options LongOutput true BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors # ===================================================================================== AtomicCoordinatesFormat Ang # Format for inates %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < xyz.dat # ===================================================================================== |
回复此楼» 猜你喜欢
材料科学与工程320求调剂，080500
已经有4人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有17人回复
-
一志愿211，0703化学305分求调剂
已经有5人回复
-
0703化学调剂 348分
已经有6人回复
-
273求调剂
已经有11人回复
-
308求调剂
已经有5人回复
-
材料与化工363求推荐
已经有11人回复
-
材料调剂
已经有12人回复
-
生物学调剂 可调剂到生物与医药
已经有3人回复
-
304求调剂
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- origin画ms电荷密度图
已经有21人回复
- 电荷密度图 等高线不对称
已经有13人回复
- VESTA画电荷密度图问题求助
已经有13人回复
- 请问：如何l利用xcrysden画电荷密度
已经有5人回复
- 服务器上计算，图形界面及图像处理问题思考
已经有19人回复
- 【求助】电荷密度图出现负值
已经有19人回复
- 【求助】Siesta中如何画电荷密度图
已经有9人回复
- 【求助】在siesta中怎么画电势，轨道，投影态密度的空间分布【完结】
已经有5人回复
c_chi
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 2449.7
- 散金: 228
- 红花: 2
- 帖子: 551
- 在线: 493.6小时
- 虫号: 1253512
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2011-12-20 15:21:22
zhangguangping
木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 23
- 应助: 71 (初中生)
- 贵宾: 0.031
- 金币: 1973.1
- 散金: 9059
- 红花: 79
- 帖子: 2681
- 在线: 2128.8小时
- 虫号: 529624
- 注册: 2008-03-20
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流~~~有帮助~~ 2011-12-23 08:44:40
c_chi(金币+10): ★★★很有帮助 2011-12-28 14:30:41
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流~~~有帮助~~ 2011-12-23 08:44:40
c_chi(金币+10): ★★★很有帮助 2011-12-28 14:30:41
|
你的这个问题，不清楚你为什么用dengchar.你其实可以用grid2cube文件的。denchar也是得到cube文件。grid2cube文件在Util中的Grid里面。使用方法源代码打开就能看见自我解释。另外还有一个就是rho2cube,是在rho2xfs基础上修改得到的。两个虽然都是读取grid数据文件，例如.RHO，DRHO,.VH,VT,TOC,等等。但是他们的使用还是有一个较大的区别的，就是输出的格子能不能自己定义的问题。 第二个使用参考下面的帖子。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2482325&fpage=1 |
3楼2011-12-22 23:11:05
c_chi
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 2449.7
- 散金: 228
- 红花: 2
- 帖子: 551
- 在线: 493.6小时
- 虫号: 1253512
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2011-12-28 14:33:36
zhangguangping
木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 23
- 应助: 71 (初中生)
- 贵宾: 0.031
- 金币: 1973.1
- 散金: 9059
- 红花: 79
- 帖子: 2681
- 在线: 2128.8小时
- 虫号: 529624
- 注册: 2008-03-20
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
5楼2012-01-08 14:15:18
