应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Siesta中如何画电荷密度图
101/1返回列表
查看: 3361  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

daisyggg

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Siesta中如何画电荷密度图 已有6人参与

我想画出某一个面的电荷密度图，用denchar得到了.con.scf和.con.del两个文件，我可以用Origin从这两个输出文件里得到一个2D的电荷密度图吗？具体该怎么作图？请高手指教，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-05-16 11:31:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by daisyggg at 2010-05-16 04:31:30:
我想画出某一个面的电荷密度图，用denchar得到了.con.scf和.con.del两个文件，我可以用Origin从这两个输出文件里得到一个2D的电荷密度图吗？具体该怎么作图？请高手指教，谢谢！

关注同样的问题。
回复此楼
弘德明志博学笃行
2楼2010-05-16 19:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenjlu

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3):感谢专家指导 2010-05-16 20:07:35
如果denchar输出的是某个面的.con.scf和.con.del，则数据是3列（X-Y-Rho）。 用origin打开，分别把三列设置为XYZ，然后将data转化成matrix格式。选择3D画图（作等高线）。

如果想画的更漂亮，用Matlab读取三列数据画等高线即可。

如果你用denchar输出的是三维立体空间的密度，数据是4列（X-Y-Z-Rho）。 此时，origin是无法画图的。 只能用matlab。  或者直接用xcrysden画图。推荐后者。

[ Last edited by wenjlu on 2010-5-16 at 19:56 ]
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-05-16 19:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daisyggg

木虫 (小有名气)
非常感谢您的回答。因为我不太熟悉matlab,所以一般是用Origin来作图。你说的3D作图做等高线是利用Plot---3D color map  surface吗？如果我想得到如图所示的图形，可以利用Origin中的plot--contour plot得到吗？
另外我用Denchar输出的三维数据.cube可以用Gaussian-view直接打开吗？为什么我打开后不是密度图而是结构图呢？期待您的指导。
赞一下 回复此楼
4楼2010-05-17 10:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenjlu

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qasd(金币+2):谢谢 2010-05-17 23:38:34
(1) contour plot可以做出上面的图
(2) .cube文件，g-v只能识别原子位置，密度矩阵部分读不出。 你要用matalb读.cube自己作图。如果不会matlab， 推荐你用xcrysden直接做3D电荷密度图。方便加美观。siesta里面自带着工具rho2xsf。

[ Last edited by wenjlu on 2010-5-17 at 11:17 ]
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-05-17 11:16:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
qasd(金币+1):谢谢 2010-05-17 23:38:28
cube文件用VESTA也可以打开的，用VESTA很容易做出彩色的等高线图。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-05-17 13:35:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by daisyggg at 2010-05-17 03:01:54:
非常感谢您的回答。因为我不太熟悉matlab,所以一般是用Origin来作图。你说的3D作图做等高线是利用Plot---3D color map  surface吗？如果我想得到如图所示的图形，可以利用Origin中的plot--contour plot得到吗？[i ...

我想请教以你下，你画的电荷密度是画的某一个轨道的电荷分布，还是所有的电子都考虑进来的电子分布？
谢谢。
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
7楼2010-05-18 16:38:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daisyggg

木虫 (小有名气)
我想画的是考虑进来的所有电子的密度分布，但是用Origin画出来后不知道是哪种原子的。因为对Denchar的输入的坐标范围还不太确定，楼上能否指教一下啊？
赞一下 回复此楼
8楼2010-05-18 17:08:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangxuezhang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by wenjlu at 2010-05-17 11:16:16
(1) contour plot可以做出上面的图
(2) .cube文件，g-v只能识别原子位置，密度矩阵部分读不出。 你要用matalb读.cube自己作图。如果不会matlab， 推荐你用xcrysden直接做3D电荷密度图。方便加美观。siesta里面自带 ...

前面问一个人说把*.XV和*.RHO拷到一起，然后用rho2xsf处理，可以得到*.XSF文件，可以用xcysden得到电子密度图，用denchar得到文件我前面说的那种有什么差别啊，求指导
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-09 20:06:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangtian612

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by wenjlu at 2010-05-16 19:55:33
如果denchar输出的是某个面的.con.scf和.con.del，则数据是3列（X-Y-Rho）。 用origin打开，分别把三列设置为XYZ，然后将data转化成matrix格式。选择3D画图（作等高线）。

如果想画的更漂亮，用Matlab读取三列数 ...

想请教一下,这个等高线怎么画
赞一下 回复此楼
10楼2013-11-27 19:14:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 daisyggg 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +3 张vvvv 2026-03-15 5/250 2026-03-16 20:25 by 张vvvv
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:35 by 沐霖12138
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +12 不知道叫什么！ 2026-03-15 14/700 2026-03-16 16:45 by 我的船我的海
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭