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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Siesta中如何画电荷密度图
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daisyggg

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Siesta中如何画电荷密度图 已有6人参与

我想画出某一个面的电荷密度图，用denchar得到了.con.scf和.con.del两个文件，我可以用Origin从这两个输出文件里得到一个2D的电荷密度图吗？具体该怎么作图？请高手指教，谢谢！
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1楼 2010-05-16 11:31:30
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by daisyggg at 2010-05-16 04:31:30:
我想画出某一个面的电荷密度图，用denchar得到了.con.scf和.con.del两个文件，我可以用Origin从这两个输出文件里得到一个2D的电荷密度图吗？具体该怎么作图？请高手指教，谢谢！

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弘德明志博学笃行
2楼2010-05-16 19:43:22
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wenjlu

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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zzy870720z(金币+3):感谢专家指导 2010-05-16 20:07:35
如果denchar输出的是某个面的.con.scf和.con.del，则数据是3列（X-Y-Rho）。 用origin打开，分别把三列设置为XYZ，然后将data转化成matrix格式。选择3D画图（作等高线）。

如果想画的更漂亮，用Matlab读取三列数据画等高线即可。

如果你用denchar输出的是三维立体空间的密度，数据是4列（X-Y-Z-Rho）。 此时，origin是无法画图的。 只能用matlab。  或者直接用xcrysden画图。推荐后者。

[ Last edited by wenjlu on 2010-5-16 at 19:56 ]
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3楼2010-05-16 19:55:33
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daisyggg

木虫 (小有名气)
非常感谢您的回答。因为我不太熟悉matlab,所以一般是用Origin来作图。你说的3D作图做等高线是利用Plot---3D color map  surface吗？如果我想得到如图所示的图形，可以利用Origin中的plot--contour plot得到吗？
另外我用Denchar输出的三维数据.cube可以用Gaussian-view直接打开吗？为什么我打开后不是密度图而是结构图呢？期待您的指导。
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4楼2010-05-17 10:01:54
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wenjlu

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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qasd(金币+2):谢谢 2010-05-17 23:38:34
(1) contour plot可以做出上面的图
(2) .cube文件，g-v只能识别原子位置，密度矩阵部分读不出。 你要用matalb读.cube自己作图。如果不会matlab， 推荐你用xcrysden直接做3D电荷密度图。方便加美观。siesta里面自带着工具rho2xsf。

[ Last edited by wenjlu on 2010-5-17 at 11:17 ]
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5楼2010-05-17 11:16:16
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
qasd(金币+1):谢谢 2010-05-17 23:38:28
cube文件用VESTA也可以打开的，用VESTA很容易做出彩色的等高线图。
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6楼2010-05-17 13:35:22
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by daisyggg at 2010-05-17 03:01:54:
非常感谢您的回答。因为我不太熟悉matlab,所以一般是用Origin来作图。你说的3D作图做等高线是利用Plot---3D color map  surface吗？如果我想得到如图所示的图形，可以利用Origin中的plot--contour plot得到吗？[i ...

我想请教以你下，你画的电荷密度是画的某一个轨道的电荷分布，还是所有的电子都考虑进来的电子分布？
谢谢。
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弘德明志博学笃行
7楼2010-05-18 16:38:51
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daisyggg

木虫 (小有名气)
我想画的是考虑进来的所有电子的密度分布，但是用Origin画出来后不知道是哪种原子的。因为对Denchar的输入的坐标范围还不太确定，楼上能否指教一下啊？
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8楼2010-05-18 17:08:19
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
5楼: Originally posted by wenjlu at 2010-05-17 11:16:16
(1) contour plot可以做出上面的图
(2) .cube文件，g-v只能识别原子位置，密度矩阵部分读不出。 你要用matalb读.cube自己作图。如果不会matlab， 推荐你用xcrysden直接做3D电荷密度图。方便加美观。siesta里面自带 ...

前面问一个人说把*.XV和*.RHO拷到一起，然后用rho2xsf处理，可以得到*.XSF文件，可以用xcysden得到电子密度图，用denchar得到文件我前面说的那种有什么差别啊，求指导
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9楼2013-05-09 20:06:17
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zhangtian612

新虫 (初入文坛)
★
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3楼: Originally posted by wenjlu at 2010-05-16 19:55:33
如果denchar输出的是某个面的.con.scf和.con.del，则数据是3列（X-Y-Rho）。 用origin打开，分别把三列设置为XYZ，然后将data转化成matrix格式。选择3D画图（作等高线）。

如果想画的更漂亮，用Matlab读取三列数 ...

想请教一下,这个等高线怎么画
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10楼2013-11-27 19:14:00
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