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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta 安装出错
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】siesta 安装出错

siesta 安装出错前面正常编译到一定程度提示
mpif90 -c -g -O2 -I-L/opt/intel/impi/3.2.2.006/include. -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT   /home/Zhanghl209/siesta/Src/MPI/mpi.F
Error: Can't open included file 'V_S.uses'
Error: Can't open included file 'VS.uses'
make[1]: *** [mpi.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/Zhanghl209/siesta/Obj/MPI'
make: *** [libmpi_f90.a] Error 2

我的编译器和mpi全是intel的，网上没有用intelmpi的列子，自己改就出这样的错误了
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1楼 2011-03-04 15:51:02
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郑国Great

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
后来我改动如下
MPI_INCLUDE=.
这时没有任何错误提示，但我不知道这算不算并行安装？
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14楼2012-04-14 22:09:06
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普通回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
贺仪(金币+3): 谢谢 2011-03-04 17:08:31
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-03-04 18:30:51
贺仪(金币+7): 网上的说法有点问题，不知带怎么弄就好了 2011-04-13 22:16:20
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-03-04 15:51:02:
siesta 安装出错前面正常编译到一定程度提示
mpif90 -c -g -O2 -I-L/opt/intel/impi/3.2.2.006/include. -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT   /home/Zhanghl209/siesta/Src/MPI/mpi.F
Error: Can't open  ...

对于siesta2.0我也一直没装成功，不过我不知道你在并行编译前。有没有进入那个MPI文件夹，make mpi啊？
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2楼2011-03-04 16:34:34
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-03-04 16:34:34:
对于siesta2.0我也一直没装成功，不过我不知道你在并行编译前。有没有进入那个MPI文件夹，make mpi啊？

不需要进入MPI文件夹，make mpi吧？我自己已经安装了intelmpi
我安装的是3.0 现在我自己挑了一个arch.make,修改后正在安装，好像比刚才顺利点了，正在进行中……

[ Last edited by 贺仪 on 2011-3-4 at 16:48 ]
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3楼2011-03-04 16:47:08
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-03-04 16:47:08:
不需要进入MPI文件夹，make mpi吧？我自己已经安装了intelmpi
我安装的是3.0 现在我自己挑了一个arch.make,修改后正在安装，好像比刚才顺利点了，正在进行中……

[ Last edited by 贺仪 on 2011-3-4 at  ...

搞定了嘛？我也不是很清楚的。顺便问下，你的Intel MPI那里来的啊？
网上免费的，但是有使用期限。还是其他的啊？
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4楼2011-03-06 10:28:37
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-03-06 10:28:37:
搞定了嘛？我也不是很清楚的。顺便问下，你的Intel MPI那里来的啊？
网上免费的，但是有使用期限。还是其他的啊？

这个是别人给的，但是人家交代不能外传……
网上有个人版的吧？好像不要钱，只是申请比较麻烦
还没有成功呀！
有没有人安装过呀……
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5楼2011-03-08 09:51:38
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
ellsaking(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-03-08 12:20:54
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-03-06 03:28:37:
搞定了嘛？我也不是很清楚的。顺便问下，你的Intel MPI那里来的啊？
网上免费的，但是有使用期限。还是其他的啊？

干嘛非要用Intel MPI，使用OpenMPI不是一样吗？想知道两者是不是效率上有差别还是怎么？
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6楼2011-03-08 12:02:10
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-03-09 09:15:40
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-08 12:02:10:
干嘛非要用Intel MPI，使用OpenMPI不是一样吗？想知道两者是不是效率上有差别还是怎么？

呵呵，因为OpenMPI我安装不成功，但是IntelMpi成功啦。
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7楼2011-03-09 08:47:16
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-03-09 01:47:16:
呵呵，因为OpenMPI我安装不成功，但是IntelMpi成功啦。

这么回事啊。我记得intel是兼容OPENMPI的，好像和mpich配合不好。openmpi挺好安装的，我在intel的机器上安装的挺顺利。
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8楼2011-03-09 09:23:10
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
路过打酱油，没有编译并行的经验，过来凑凑热闹
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9楼2011-03-09 09:39:31
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-03-09 08:47:16:
呵呵，因为OpenMPI我安装不成功，但是IntelMpi成功啦。

那你把你安装的 arch.make贴出来吧 谢谢咯
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10楼2011-03-09 19:08:17
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-09 09:23:10:
这么回事啊。我记得intel是兼容OPENMPI的，好像和mpich配合不好。openmpi挺好安装的，我在intel的机器上安装的挺顺利。

我表达有错。我安装好了OpenMPI，测试也是好的，但是编译时出问题，就是软件不能运行的。改天又要装软件，我得再看看。
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11楼2011-03-10 20:01:24
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郑国Great

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，你好，我最近在安装siesta的过程中也出现这个提示*（也是用的intelmpi）
Error: Can't open included file 'V_S.uses'
Error: Can't open included file 'VS.uses'
make[1]: *** [mpi.o] Error 1
请问你解决了吗？
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12楼2012-04-14 11:30:10
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郑国Great

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这是我的arch.make文件（我回帖时删掉了文字注释），是根据一位学姐的改的，她安装时没有错误，但是我安装时就有有了，我也很郁闷
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g
FPPFLAGS=-DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

#BLAS_LIBS=libblas.a
#LAPACK_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a
#BLACS_LIBS=
#SCALAPACK_LIBS=
LIBS=-L/home/ghzheng/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/em64t  -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64  -lmkl_lapack -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_lapack -lmkl_core -lpthread -i-static

#COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

#LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/home/ghzheng/intel/impi/3.2.0.011/include64/
DEFS_MPI=-DMPI

.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
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13楼2012-04-14 11:37:48
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love5264

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
1353401楼: Originally posted by 郑国Great at 2012-04-14 22:09:06:
后来我改动如下
MPI_INCLUDE=.
这时没有任何错误提示，但我不知道这算不算并行安装？

用ifort编译mpi
再开启，-DMPI
FPPFLAGS=-DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
就应该没问题了
此外，感觉DEFS_MPI=-DMPI
这句多余吧，去掉试试
多交流~
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15楼2012-04-15 09:47:15
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郑国Great

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1353426楼: Originally posted by love5264 at 2012-04-15 09:47:15:
用ifort编译mpi
再开启，-DMPI
FPPFLAGS=-DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
就应该没问题了
此外，感觉DEFS_MPI=-DMPI
这句多余吧，去掉试试
多交流~

改成ifort之后，仍然有很多错误提示，不知虫友是否能发一下你的arch.make文件，让我参阅一下，如果方便的话，麻烦发到zhengguo35@163.com
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16楼2012-04-15 22:31:49
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love5264

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1353501楼: Originally posted by 郑国Great at 2012-04-15 22:31:49:
改成ifort之后，仍然有很多错误提示，不知虫友是否能发一下你的arch.make文件，让我参阅一下，如果方便的话，麻烦发到zhengguo35@163.com

请参考《smeagol-siesta-transiesta并行安装笔记》
你小木虫上有
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17楼2012-04-15 22:43:29
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郑国Great

银虫 (小有名气)
★
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我最初参阅的就是zhangguangping虫友的《smeagol-siesta-transiesta并行安装笔记》，但是后来改动颇多。
    至于我先前所说的MPI_INCLUDE=.，学姐给了我一个测试脚本，脚本内容和测试结果如下，望各位虫友给我分析一下（我刚开始学习，对于并行计算不了解）
脚本sge-mpirun-siesta-3.0.sh内容
#!
bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -S /bin/bash
#$ -q parallel.q
date
source /home/ghzheng/.bashrc
mpirun -r ssh -f $TMPDIR/machines  -n  $NSLOTS /home/ghzheng/SIESTA/Obj/siesta date
提交任务
qsub -pe mpich 8 sge-mpirun-siesta-3.0.sh
之后，生成3个文件
sge-mpirun-siesta-3.0.sh.o4972  ：
/opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/job_scripts/4972: line 2: bin/bash: No such file or directory
Sat Apr 14 22:21:05 CST 2012
/opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/job_scripts/4972: line 12: a.fdf: No such file or directory
Sat Apr 14 22:21:05 CST 2012

sge-mpirun-siesta-3.0.sh.po4972：
-catch_rsh /opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/active_jobs/4972.1/pe_hostfile
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2

a.out：空文件。
请问诸位虫友，这并行安装是否成功？
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18楼2012-04-16 18:25:02
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dyppyd

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by 郑国Great at 2012-04-14 22:09:06
后来我改动如下
MPI_INCLUDE=.
这时没有任何错误提示，但我不知道这算不算并行安装？

我在编译SIESTA前，先进入MPI目录进行编译，也遇到同样提示。按此处理后MPI目录编译通过
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19楼2018-02-26 16:42:09
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