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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta 安装出错
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】siesta 安装出错

siesta 安装出错前面正常编译到一定程度提示
mpif90 -c -g -O2 -I-L/opt/intel/impi/3.2.2.006/include. -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT   /home/Zhanghl209/siesta/Src/MPI/mpi.F
Error: Can't open included file 'V_S.uses'
Error: Can't open included file 'VS.uses'
make[1]: *** [mpi.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/Zhanghl209/siesta/Obj/MPI'
make: *** [libmpi_f90.a] Error 2

我的编译器和mpi全是intel的，网上没有用intelmpi的列子，自己改就出这样的错误了
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1楼 2011-03-04 15:51:02
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郑国Great

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最初参阅的就是zhangguangping虫友的《smeagol-siesta-transiesta并行安装笔记》，但是后来改动颇多。
    至于我先前所说的MPI_INCLUDE=.，学姐给了我一个测试脚本，脚本内容和测试结果如下，望各位虫友给我分析一下（我刚开始学习，对于并行计算不了解）
脚本sge-mpirun-siesta-3.0.sh内容
#!
bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -S /bin/bash
#$ -q parallel.q
date
source /home/ghzheng/.bashrc
mpirun -r ssh -f $TMPDIR/machines  -n  $NSLOTS /home/ghzheng/SIESTA/Obj/siesta date
提交任务
qsub -pe mpich 8 sge-mpirun-siesta-3.0.sh
之后，生成3个文件
sge-mpirun-siesta-3.0.sh.o4972  ：
/opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/job_scripts/4972: line 2: bin/bash: No such file or directory
Sat Apr 14 22:21:05 CST 2012
/opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/job_scripts/4972: line 12: a.fdf: No such file or directory
Sat Apr 14 22:21:05 CST 2012

sge-mpirun-siesta-3.0.sh.po4972：
-catch_rsh /opt/gridengine/default/spool/compute-0-2/active_jobs/4972.1/pe_hostfile
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2
compute-0-2

a.out：空文件。
请问诸位虫友，这并行安装是否成功？
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18楼2012-04-16 18:25:02
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
贺仪(金币+3): 谢谢 2011-03-04 17:08:31
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-03-04 18:30:51
贺仪(金币+7): 网上的说法有点问题，不知带怎么弄就好了 2011-04-13 22:16:20
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-03-04 15:51:02:
siesta 安装出错前面正常编译到一定程度提示
mpif90 -c -g -O2 -I-L/opt/intel/impi/3.2.2.006/include. -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT   /home/Zhanghl209/siesta/Src/MPI/mpi.F
Error: Can't open  ...

对于siesta2.0我也一直没装成功，不过我不知道你在并行编译前。有没有进入那个MPI文件夹，make mpi啊？
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2楼2011-03-04 16:34:34
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-03-04 16:34:34:
对于siesta2.0我也一直没装成功，不过我不知道你在并行编译前。有没有进入那个MPI文件夹，make mpi啊？

不需要进入MPI文件夹，make mpi吧？我自己已经安装了intelmpi
我安装的是3.0 现在我自己挑了一个arch.make,修改后正在安装，好像比刚才顺利点了，正在进行中……

[ Last edited by 贺仪 on 2011-3-4 at 16:48 ]
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3楼2011-03-04 16:47:08
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-03-04 16:47:08:
不需要进入MPI文件夹，make mpi吧？我自己已经安装了intelmpi
我安装的是3.0 现在我自己挑了一个arch.make,修改后正在安装，好像比刚才顺利点了，正在进行中……

[ Last edited by 贺仪 on 2011-3-4 at  ...

搞定了嘛？我也不是很清楚的。顺便问下，你的Intel MPI那里来的啊？
网上免费的，但是有使用期限。还是其他的啊？
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4楼2011-03-06 10:28:37
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