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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 还是SIESTA安装的问题
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mayim2008

金虫 (正式写手)

[求助] 还是SIESTA安装的问题

都要崩溃了，还没安装好，咋这么折腾呢
又一次重装了系统，还是装ubantu9.04版本的，我系统是32位的
MKL和IFORT我换了10低版本的，这两种安装得好好的，和zhangguangping的教程一样，很顺利就安装好了
于是，我再安装openmpi-1.2.6时，出现
could not run a simple fortran77 program
想想实在不行就串行吧，没想到在编译arch.make文件后，make时，出现：
ld:cannot find libmkl_intel.a
可是，明明/home/juan/intel/mkl/10.0.2.018/lib/32里有这个文件啊
为什么呢？
请高手指教！
---------------------------------------------------------
我的arch.make 文件：
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996-2006.
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
SIESTA_ARCH=intel-mkl#
# Intel fortran compiler for linux with mkl optimized blas and lapack
#
# Be sure to experiment with different optimization options.
# You have quite a number of combinations to try...
#
FC=ifort
#
FFLAGS= -w -mp -tpp5 -O3
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
COMP_LIBS=
RANLIB=echo
#
NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=
DEFS_CDF=
#
MPI_INTERFACE=
MPI_INCLUDE=
DEFS_MPI=
#
GUIDE=/home/juan/intel/mkl/10.0.2.018/lib/32/libguide.a
LAPACK=/home/juan/intel/mkl/10.0.2.018/lib/32/libmkl_lapack.a
BLACS=/home/juan/intel/mkl/10.0.2.018/lib/32/libmkl_blacs.a
#G2C=/usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.96/libg2c.a
LIBS=$(LAPACK) $(BLAS) $(G2C) $(GUIDE)  -lpthread
SYS=bsdDEFS= $(DEFS_CDF) $(DEFS_MPI)
#
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)  $(DEFS) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)   $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)  $(DEFS) $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS)   $<
#
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1楼 2011-05-08 20:51:02
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-09 14:22:02
mayim2008(金币+5): 谢谢指点~ 2011-05-09 19:51:03
引用回帖:
Originally posted by mayim2008 at 2011-05-08 13:51:02:
都要崩溃了，还没安装好，咋这么折腾呢
又一次重装了系统，还是装ubantu9.04版本的，我系统是32位的
MKL和IFORT我换了10低版本的，这两种安装得好好的，和zhangguangping的教程一样，很顺利就安装好了
于是，我 ...

如果你的安装很顺利，但是到openmpi的时候出问题，说明你安装完ifort和mkl之后没有将环境设置到bash里面去。如果也设置了，那就是在安装openmpi之前没有让bash重新生效。也就是说你写到bash里面的东西，不是写进去就生效的。需要source ~/.bashrc这个命令的。
如果这些你都做了，那出这个问题，我就不清楚了。
希望能帮上忙。
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弘德明志博学笃行
2楼2011-05-08 22:58:41
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mayim2008

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-05-08 22:58:41:
如果你的安装很顺利，但是到openmpi的时候出问题，说明你安装完ifort和mkl之后没有将环境设置到bash里面去。如果也设置了，那就是在安装openmpi之前没有让bash重新生效。也就是说你写到bash里面的东西，不是写 ...

我确定是把source ~/.bashrc这个命令写进去了
但是，一直有个疑问
开始安装MKL时，进行了环境设置
然后再安装ifort时，进行环境设置时发现soure /home……………………和MKL一样的，已经存在了，然后我再进行修改的，不知道是不是这里出了问题？
还有，怎么区分该输入.csh还是.sh啊？？
谢谢~~
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3楼2011-05-09 19:54:50
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ifmc1234

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-09 20:58:03
mayim2008(金币+5): 谢谢啊 2011-05-09 21:53:18
引用回帖:
Originally posted by mayim2008 at 2011-05-08 20:51:02:
都要崩溃了，还没安装好，咋这么折腾呢
又一次重装了系统，还是装ubantu9.04版本的，我系统是32位的
MKL和IFORT我换了10低版本的，这两种安装得好好的，和zhangguangping的教程一样，很顺利就安装好了
于是，我 ...

看你现在是串行编译啊。
假如出错，先试试这样是否能成功。
先保存一个arch.make换成别的名。
./configure FC=ifort
make
先用自带的库编译一下。应该很好编译成功的。
这个没问题后再讨论下一步，先试试。
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4楼2011-05-09 20:46:56
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-09 20:58:14
mayim2008(金币+2): 谢谢~ 2011-05-09 22:02:30
引用回帖:
Originally posted by mayim2008 at 2011-05-09 12:54:50:
我确定是把source ~/.bashrc这个命令写进去了
但是，一直有个疑问
开始安装MKL时，进行了环境设置
然后再安装ifort时，进行环境设置时发现soure /home……………………和MKL一样的，已经存在了，然后我再进 ...

查看你的SHELL的类型，google一下就知道了。
命令是：echo $SHELL
看一下输出的结果。
你说的我没听明白。
我说的意思是把对ifort和mkl的设置写到.bashrc中之后,需要在你的命令提示符处自己运行source ~/.bashrc这个命令，这样bashrc中的设置就会生效。而不是让你把source ~/.bashrc这句话写到bashrc中。
这些都是linux的最基本的知识和操作。
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弘德明志博学笃行
5楼2011-05-09 20:55:47
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mayim2008

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-05-09 20:55:47:
查看你的SHELL的类型，google一下就知道了。
命令是：echo $SHELL
看一下输出的结果。
你说的我没听明白。
我说的意思是把对ifort和mkl的设置写到.bashrc中之后,需要在你的命令提示符处自己运行source ~/. ...

你好，可能我表述有点不太明白，我的意思是，我在安装好ifort后，使用命令gedit /.bashrc进行环境设置时，还没等我添加source /home…………，打开的 .bashrc文件里已经存在和MKL一样的语句，如：source  /home/juan/intel/mkl/10.0.2.018/tools/environment/mklvarsem32t.sh，
因此我就修改了这一句，这一句并不是我另外添加的，不知道是不是这一修改，MKL的环境设置变量又变了~
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6楼2011-05-09 21:59:47
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mayim2008

金虫 (正式写手)
每次设置完的时候，我保存关闭后，都有输入source ~/.bashrc使得设置生效，应该不是这个的问题~
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7楼2011-05-09 22:00:51
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yangjun102

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

mayim2008(金币+1): 谢谢 2011-05-11 19:32:17
引用回帖:
Originally posted by mayim2008 at 2011-05-08 20:51:02:
都要崩溃了，还没安装好，咋这么折腾呢
又一次重装了系统，还是装ubantu9.04版本的，我系统是32位的
MKL和IFORT我换了10低版本的，这两种安装得好好的，和zhangguangping的教程一样，很顺利就安装好了
于是，我 ...

我有个问题，32位机下，用ifort+openmpi+mkl有成功编译并行版的吗？
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8楼2011-05-09 22:27:09
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mayim2008

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yangjun102 at 2011-05-09 22:27:09:
我有个问题，32位机下，用ifort+openmpi+mkl有成功编译并行版的吗？

论坛里有zhangguangping 的，不过是64位的~~
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9楼2011-05-10 20:02:03
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
在.bashrc里面加入这句：
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/juan/intel/mkl/10.0.2.018/lib/32
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
10楼2011-05-28 21:10:37
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