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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Siesta安装报错
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】Siesta安装报错

朋友要我在server上安装Siesta，要求是2.0版本的，可是我安装好多次，运算时还是会出错的。
我的机器是HP：
CPU X5650  2个
内存 24G
编译器是MPICH2,ifort,icc
安装后，我运行自带的例子，第一个错误如下：
Kgrid cutoff input:   28.34590
forrtl: severe (71): integer divide by zero
Image              PC                Routine            Line        Source            
siesta             0000000000A18C38  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000A494CA  Unknown               Unknown  Unknown
不知道为什么，网上查了也不知道为什么，后在在编译时加了Siesta的关于ifort11的提示，好像没拉。
第二个错误是：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

ERROR - number of fine mesh points per Node must be greater than finite difference order
这个好像我减少并行的cpu数量，会解决，但我不知道这是不是我编译的问题，还是软件本身的问题

第三个错误一直没法解决，在跑MgO,或者有时在运行Fe时，会出现
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
。。。。。。。。。。。。。。。。
然后所有cpu都退出拉。
那位高手可以帮忙解答下吗？万分感谢。。。。
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1楼 2011-02-18 19:24:08
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-02-19 08:55:19
enola(金币+5): 2011-02-19 10:06:33

虽然我不太清楚原因，但是可以肯定的是这个程序是不能做任何计算的。
似乎你的编译结果出现的段错误，这种情况可能是原来程序有错。最有可能是你编译的时候出错了，你应该把编译的流程和结果贴出来
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2楼2011-02-18 22:29:08
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

Siesta安装报错

引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2011-02-18 14:29:08:
虽然我不太清楚原因，但是可以肯定的是这个程序是不能做任何计算的。
似乎你的编译结果出现的段错误，这种情况可能是原来程序有错。最有可能是你编译的时候出错了，你应该把编译的流程和结果贴出来

恩，谢谢阿。但是程序有时不会报错，比如我运行H2O的例子，它是好的，但是要是去运行Fe就会出错。要是程序没有报错，是可以计算的，计算的结果似乎也是正确的，由于我安装的是2.0.2,我尝试3.0时，不会有问题，但我朋友一定要2.0。我的编译文件如下阿：由于当时MKL弄不清怎么安装，我也没有Intel的MPI，所以选了BLAS，LAPACK和BLACS。版主要是不建议，可以把你的编译文件给我参考下麻？我主要在做了下面的修改：

a. edit the optimization level
FFLAGS=-g -O2
******************************************************************
b.give the right path of all the necessary libs
BLAS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLAS/blas_LINUX.a
LAPACK_LIBS=/home/enola/Siesta/lapack-3.2.1/lapack_LINUX.a
BLACS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a\
           /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a\
           /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a
SCALAPACK_LIBS=/home/enola/lib/scalapack/libscalapack.a
******************************************************************
c.especially for this
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a# do not need to change or else error happen
MPI_INCLUDE=/home/enola/lib/mpi/include# change to the right path
******************************************************************

以下是我的整个arch.make,谢谢。。
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996-2006.
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g -O2
FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLAS/blas_LINUX.a
LAPACK_LIBS=/home/enola/Siesta/lapack-3.2.1/lapack_LINUX.a
BLACS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a\
           /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a\
           /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a
SCALAPACK_LIBS=/home/enola/lib/scalapack/libscalapack.a

COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a #
#MPI_INTERFACE=/home/enola/lib/mpi/lib/libmpichf90.a
MPI_INCLUDE=/home/enola/lib/mpi/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
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3楼2011-02-19 10:16:35
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-02-19 11:05:05

试试把优化级别调低一点，看看是不是优化的问题
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4楼2011-02-19 10:29:09
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