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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】mkl+ifort+openmpi+siesta3.并行安装出错
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】mkl+ifort+openmpi+siesta3.并行安装出错 已有6人参与

mkl+ifort+openmp三个完全成功安装（分别测试通过），在并行安装siesta-3.0-b-rc2时最后一步出错：

ld: cannot find -lmkl_scalapack_lp64
make: *** [siesta] 错误 1

附：arch.make文件（仿照zhangguangping虫友的安装笔记中改写，他是利用mpif90编译）
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=i686-pc-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=ifort
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64-lguide
LAPACK_LIBS=-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_blacs_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64

＃可能就是以上有问题，是不是命令有误，不太懂，没敢修改，只是把mkl的安装目录改了一下

COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/home/bjwang/software/openmpi-1.2.9/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

[ Last edited by bjwang on 2010-7-25 at 17:06 ]
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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
1楼 2010-07-25 17:04:59
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
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aylayl08(金币+1):感谢回复 2010-07-25 19:04:22
请楼主确认下/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t路径下面有没有libmkl_scalapack_lp64.so文件
找不到这个文件
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-07-25 17:14:46
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)
有这个文件呀，再帮忙看看，谢谢！
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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
3楼2010-07-25 17:31:04
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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aylayl08(金币+2):谢谢提示 2010-07-25 19:04:40
引用回帖:
Originally posted by bjwang at 2010-07-25 10:31:04:
有这个文件呀，再帮忙看看，谢谢！

BLAS_LIBS=-L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64-lguide
这一行中的最后一个空格一下分开，-lmkl_intel_lp64 -lguide，
然后在后面添加一个-pthread试试。
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弘德明志博学笃行
4楼2010-07-25 17:45:23
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y.q.liu

金虫 (小有名气)
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aylayl08(金币+1):谢谢 2010-07-26 08:52:02
引用回帖:
Originally posted by bjwang at 2010-07-25 17:04:59:
mkl+ifort+openmp三个完全成功安装（分别测试通过），在并行安装siesta-3.0-b-rc2时最后一步出错：

ld: cannot find -
make: *** [siesta] 错误 1

附：arch.make文件（仿照zhangguangp ...

你可以把liblmkl_scalapack_lp64.a库列出来--加上路径，这样就能找到它了
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5楼2010-07-25 21:24:20
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)
如何加路径呢，能否更具体些？谢谢
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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
6楼2010-07-25 21:33:29
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y.q.liu

金虫 (小有名气)
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qasd(金币+2):谢谢 2010-07-27 18:55:35
引用回帖:
Originally posted by bjwang at 2010-07-25 21:33:29:
如何加路径呢，能否更具体些？谢谢

比如要加的库是mkl_scalapack_intel64：
mpif90 -o siesta ...... /opt/intel/mkl/.../em64t/libmkl_scalapack_intel64.a ......

需要注意的是顺序，scalapack库的顺序应该比较靠前
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7楼2010-07-26 15:06:48
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)
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aylayl08(金币+1):感谢讨论 2010-09-01 20:31:50
我最近试了一下，自己下载BLACS和SCALAPACK，编译安装，其它的库用MKL，则没有任何问题。
如果全用MKL，我查了网上的相关介绍，也没有成功。
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8楼2010-09-01 20:07:03
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oycn

新虫 (初入文坛)
学习下！！！！
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9楼2011-09-22 23:47:15
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