应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » mdrun时出错
61/1返回列表
查看: 1919  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Jfreda

铁虫 (小有名气)

[交流] mdrun时出错

mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro &
出现了如下的提示错误：
step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Stepsize too small, or no change in energy.
Converged to machine precision,
but not to the requested precision Fmax < 1000

Double precision normally gives you higher accuracy.
You might need to increase your constraint accuracy, or turn
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -3.1653622e+06
Maximum force     =  9.5183238e+05 on atom 180665
Norm of force     =  2.3416899e+03



下面是我的em.mdp文件
em.mdp

er spoel (236)
;       Wed Nov  3 17:12:44 1993
;       Input file
;
cpp                 =  /lib/cpp
constraints         =  none
define              =  -DFLEX_SPC



; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator          = steep
dt                     = 0.002
emtol               = 1000.0
emstep              = 0.01
nsteps              = 3000

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist             = 10
ns_type             = grid
rlist               = 1.0
coulombtype         = pme
rcoulomb            = 1.0
rvdw                = 1.0
fourierspacing      =0.12
pme_order           =4
optimize_fft        =yes

freezegrps       =Protein UNK POP
freezedim        =Y Y Y Y Y Y Y Y Y
我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)：
1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =         3000

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps
Potential Energy  = -4.2245720e+06
Maximum force     =  9.5952905e+02 on atom 9032
Norm of force     =  1.1612597e+01

2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =         3000

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。

3.integrator改为md, 结果为：
Writing final coordinates.

Average load imbalance: 0.2 %
Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 %


        Parallel run - timing based on wallclock.

               NODE (s)   Real (s)      (%)
       Time:   7515.940   7515.940    100.0
                       2h05:15
               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)
Performance:     63.678      3.946      0.115    208.755

gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem)



请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-18 18:28:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。

虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define.
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-18 18:42:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jawang at 2011-04-18 18:42:24:
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是 ...

好的，谢谢，但是我想问一下freegroup和define有什么区别吗？我的目的是在优化的过程中逐步放开限制。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-18 19:10:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-19 10:02:25
Jfreda(金币+5): 2011-04-19 13:29:55
定义了freegrp就是让这个原子彻底不动了（当然它可以定义不同方向），而使用define是使这个原子多了一个额外的力，使其保持在原来的位置。看你想要达到的效果吧，如果使用freegrp本人觉得会需要你定义的这些原子位置已经平衡了，要不然的话，你还是让人家动动，调整下距离比较好点，手册上说对压力耦合还有影响
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-04-19 09:07:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
怎么又没人回答了？
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-19 10:53:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jawang at 2011-04-19 09:07:48:
定义了freegrp就是让这个原子彻底不动了（当然它可以定义不同方向），而使用define是使这个原子多了一个额外的力，使其保持在原来的位置。看你想要达到的效果吧，如果使用freegrp本人觉得会需要你定义的这些原子位 ...

好的，非常感谢！
回复此楼
6楼2011-04-19 13:30:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jfreda 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 17:09 by winsaint
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭