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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » mdrun时出错
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Jfreda

铁虫 (小有名气)

[交流] mdrun时出错

mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro &
出现了如下的提示错误：
step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Stepsize too small, or no change in energy.
Converged to machine precision,
but not to the requested precision Fmax < 1000

Double precision normally gives you higher accuracy.
You might need to increase your constraint accuracy, or turn
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -3.1653622e+06
Maximum force     =  9.5183238e+05 on atom 180665
Norm of force     =  2.3416899e+03



下面是我的em.mdp文件
em.mdp

er spoel (236)
;       Wed Nov  3 17:12:44 1993
;       Input file
;
cpp                 =  /lib/cpp
constraints         =  none
define              =  -DFLEX_SPC



; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator          = steep
dt                     = 0.002
emtol               = 1000.0
emstep              = 0.01
nsteps              = 3000

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist             = 10
ns_type             = grid
rlist               = 1.0
coulombtype         = pme
rcoulomb            = 1.0
rvdw                = 1.0
fourierspacing      =0.12
pme_order           =4
optimize_fft        =yes

freezegrps       =Protein UNK POP
freezedim        =Y Y Y Y Y Y Y Y Y
我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)：
1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =         3000

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps
Potential Energy  = -4.2245720e+06
Maximum force     =  9.5952905e+02 on atom 9032
Norm of force     =  1.1612597e+01

2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =         3000

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。

3.integrator改为md, 结果为：
Writing final coordinates.

Average load imbalance: 0.2 %
Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 %


        Parallel run - timing based on wallclock.

               NODE (s)   Real (s)      (%)
       Time:   7515.940   7515.940    100.0
                       2h05:15
               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)
Performance:     63.678      3.946      0.115    208.755

gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem)



请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！
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1楼 2011-04-18 18:28:08
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jawang at 2011-04-19 09:07:48:
定义了freegrp就是让这个原子彻底不动了（当然它可以定义不同方向），而使用define是使这个原子多了一个额外的力，使其保持在原来的位置。看你想要达到的效果吧，如果使用freegrp本人觉得会需要你定义的这些原子位 ...

好的，非常感谢！
回复此楼
6楼2011-04-19 13:30:13
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jawang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。

虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define.
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-18 18:42:24
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jawang at 2011-04-18 18:42:24:
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps
Potential Energy  = -3.0919205e+06
Maximum force     =  9.1417908e+02 on atom 122811
Norm of force     =  1.1197423e+02
这样的结果应该是 ...

好的，谢谢，但是我想问一下freegroup和define有什么区别吗？我的目的是在优化的过程中逐步放开限制。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-18 19:10:46
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jawang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-19 10:02:25
Jfreda(金币+5): 2011-04-19 13:29:55
定义了freegrp就是让这个原子彻底不动了（当然它可以定义不同方向），而使用define是使这个原子多了一个额外的力，使其保持在原来的位置。看你想要达到的效果吧，如果使用freegrp本人觉得会需要你定义的这些原子位置已经平衡了，要不然的话，你还是让人家动动，调整下距离比较好点，手册上说对压力耦合还有影响
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-04-19 09:07:48
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