| 查看: 1722 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
mdrun时出错
|
|||
|
mdrun -s aa.tpr -o aa.trr -c aa.gro & 出现了如下的提示错误： step 11: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 13: Water molecule starting at atom 180665 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax < 1000 Double precision normally gives you higher accuracy. You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file) writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to machine precision in 31 steps, but did not reach the requested Fmax < 1000. Potential Energy = -3.1653622e+06 Maximum force = 9.5183238e+05 on atom 180665 Norm of force = 2.3416899e+03 下面是我的em.mdp文件 em.mdp er spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /lib/cpp constraints = none define = -DFLEX_SPC ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep dt = 0.002 emtol = 1000.0 emstep = 0.01 nsteps = 3000 ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = pme rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 fourierspacing =0.12 pme_order =4 optimize_fft =yes freezegrps =Protein UNK POP freezedim =Y Y Y Y Y Y Y Y Y 我也尝试了改变em.mdp文件中的一些参数(只对一个参数做了修改)： 1.em.mdp文件中的freezegrps改为Protein UNK能量能很好地收敛，下面是它的显示结果： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 1678 steps Potential Energy = -4.2245720e+06 Maximum force = 9.5952905e+02 on atom 9032 Norm of force = 1.1612597e+01 2.em.mdp文件中的emstep改为0.00001（参照别人的回答), 结果显示为： Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 3000 writing lowest energy coordinates. Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 3.integrator改为md, 结果为： Writing final coordinates. Average load imbalance: 0.2 % Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.1 % Parallel run - timing based on wallclock. NODE (s) Real (s) (%) Time: 7515.940 7515.940 100.0 2h05:15 (Mnbf/s) (GFlops) (ns/day) (hour/ns) Performance: 63.678 3.946 0.115 208.755 gcq#290: "Oh, There Goes Gravity" (Eminem) 请问一下，我应该怎么做才是合理的？谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
实验室接单子
已经有7人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs中，mdrun出错
已经有5人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- vsap 5.2 环境和编译问题
已经有14人回复
- Gromacs做steep之后做cg出错
已经有5人回复
- 编译vasp出错
已经有11人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】安装vasp出错 make: *** [fftmpi_map.o] 错误 1【已解决】
已经有6人回复
- 【求助】vasp安装编译错误，请大家帮忙看下那里出错了。
已经有6人回复
- 【求助成功】Vasp 5.2.11编译出错
已经有10人回复
- 【求助】在编译时出错
已经有6人回复
- 【求助】PBE0 计算Si、Ge能带结构
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
持续创业者，A8离异男征婚，事业遇到瓶颈，寻找创业生活伴侣
+1/170
-
博士去军队文职怎么样
+5/125
-
原子层沉积（ALD）磁控溅射PECVD等微纳代工服务：18817872921
+1/82
-
双一流南京医科大学招计算机、AI、统计、生物信息等方向26年9月入学博士
+1/82
-
北京航空航天大学教授课题组招生启事
+1/80
-
上海师范大学生物医用材料方向招收2026级博士研究生
+1/76
-
上海科技大学物质科学与技术学院｜王平鸾课题组长期招聘（博后/博硕/科研助理）
+1/72
-
时间的眼神
+1/60
-
北京—征老婆
+1/50
-
上海科技大学物质科学与技术学院｜王平鸾课题组联合招聘博士后
+1/28
-
北京林业大学林学院——昆虫病毒/病毒组——博士招生
+1/28
-
中科院理化技术研究所张飞龙研究员/王树涛研究员团队招生（博士/硕士）
+1/27
-
坐标济南，山东农科院招 有机合成 or 药物化学 联培硕士研究生
+1/20
-
山东理工大学资源与环境工程学院陶东平教授课题组招收2026级博士研究生
+1/15
-
武汉双一流高校干细胞与肿瘤生物学团队招聘2026级申请考核制博士生
+1/7
-
武汉双一流高校干细胞与肿瘤生物学团队招聘2026级申请考核制博士生
+1/4
-
中国科学院大学-杨晗课题组-诚聘-博士后、副研究员
+1/3
-
香港中文大学（深圳）管君课题组 微纳光学方向 招收硕士、博士、博士后
+1/3
-
哈工大深圳招收26年3月份博士/博后
+1/3
-
天津理工大学0854、控制、信息与通信工程调剂交流
+1/1
3楼2011-04-18 19:10:46
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
Jfreda(金币+5): 2011-04-18 19:08:54
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-18 21:33:02
|
Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 32 steps Potential Energy = -3.0919205e+06 Maximum force = 9.1417908e+02 on atom 122811 Norm of force = 1.1197423e+02 这样的结果应该是有问题的吧，只跑了32步。 虽然只跑了32步，不过你的力已经基本收敛了，应该没有什么问题了。应该不用freegroup,如果要限制原子的话，可以尝试使用define. |
2楼2011-04-18 18:42:24
4楼2011-04-19 09:07:48
5楼2011-04-19 10:53:16