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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

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[求助] gromacs Segmentation fault

我用gromacs做纳米管中传导水的模拟是出现Segmentation fault错误，对系统我跑了EM达到了收敛，并且NVE达到了温度的平衡，但在跑NPT模拟提交mdrun后程序返回Segmentation fault，今天调试了一天也没什么进展，但有意思的是我把NPT参数文件中的关于压力耦合的部分删除后用此mdp跑任务竟然无错误。
由于我在网上搜的时候，有人说出现这种错误是由于能量未达到最小化，但我跑完EM收敛了，并且NVE跑完后温度曲线也很稳定，在300K左右小幅震荡。
我跑NPT模拟的参数内容为：

title=water MD
cpp  = /lib/cpp
define       = -DFLEXIBLE
integrator    = md
dt  = 0.002    ; ps
nsteps = 500000
comm_mode = linear
nstcomm = 1
nstxout = 100
nstvout = 100
nstlog = 100
nstenergy = 100
pbc  = xyz
continuation =yes
; group(s) to write to energy file
energygrps = System
nstlist = 5
ns_type = grid
coulombtype = PME
fourierspacing = 0.15
pme_order = 4
ewald_rtol = 1e-5
optimize_fft = yes
; Temperature coupling
tcoupl = nose-hoover
tc-grps = System
tau_t  = 0.1
ref_t  = 300

pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 2.0          ; time constant, in ps
ref_p = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5  4.5e-5
（此块去掉后模拟可以运行）
; No constraints
constraints          = all-bonds
constraint_algorithm = lincs
lincs_order  = 4
rlist  = 1.0
rcoulomb = 1.0

rvdw  = 1.0
;Velocity generation
gen_vel = no
; Energy group exclusions
energygrp_excl =
; Freezing bottom water layer and top part of CNT
freezegrps = slabfix
freezedim =Y Y Y

log文件最后显示，并无出错信息：

         Step          Time       Lambda
            0       0.00000       0.00000

Energies (kJ/mol)
      Angle Ryckaert-Bell.       LJ-14    Coulomb-14       LJ (SR)
3.28384e+03 1.16390e+05 1.47468e+04 0.00000e+00 1.89427e+06
Coulomb (SR) Coul. recip.    Potential Kinetic En. Total Energy
-5.81940e+04 -4.70806e+03 1.96579e+06 1.07137e+04 1.97651e+06
Temperature Pressure (bar) Constr. rmsd
3.01629e+02 -1.23503e+32 5.75108e-05
再次向众位求解，金币不多，还望多参与讨论，谢谢。

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