应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】Segmentation fault
161/1返回列表
查看: 2911  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

enola

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】Segmentation fault

装好了vasp5，从网上下载了例子，可第一个跑的例子就发生错误啦。（跑benchmark还没问题），我是用intel的ifort-11和mpich2编译的，那位有类似的经验，可以分享下嘛？(后来发现并不是每个例子都会报错，第一个报错啦，后面几个没报错)
万分感谢啊。
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.8 07Jul10 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
Segmentation fault

[ Last edited by enola on 2010-12-29 at 17:40 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

vasp编译问题集锦

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-29 17:15:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★
ellsaking(金币+3):谢谢详细指导！ 2010-12-31 10:22:46
enola(金币+3):谢谢呢。 2010-12-31 15:25:41
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-arrays 64试试看

[ Last edited by hakuna on 2010-12-31 at 09:14 ]
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tuhaidan
2楼2010-12-31 09:10:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-12-31 09:10:19:
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-ar ...

恩，蛮奇怪的，原先我跑不了的，后来设置了ulimit，居然可以跑了，现在都可以跑了，但是这样我担心结果是不是对的。
你说得对，可能是内存不够，因为单个节点，四核的CPU，只有4G的内存。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tuhaidan
3楼2010-12-31 15:27:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢提示 2010-12-31 22:16:52
zhang668(金币+2):多谢指导！ 2010-12-31 22:17:50
引用回帖:
Originally posted by enola at 2010-12-31 15:27:33:

恩，蛮奇怪的，原先我跑不了的，后来设置了ulimit，居然可以跑了，现在都可以跑了，但是这样我担心结果是不是对的。
你说得对，可能是内存不够，因为单个节点，四核的CPU，只有4G的内存。

那应该就是内存溢出，可能堆栈值太小了，不过一般服务器上更多遇到的可能还是编译时的问题，可以按2楼说的加上那个关键词重新编译
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-31 21:38:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2010-12-31 09:10:19:
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-ar ...

谢谢指导，学习了！
回复此楼
5楼2011-11-01 11:27:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by enola at 2010-12-31 15:27:33:
恩，蛮奇怪的，原先我跑不了的，后来设置了ulimit，居然可以跑了，现在都可以跑了，但是这样我担心结果是不是对的。
你说得对，可能是内存不够，因为单个节点，四核的CPU，只有4G的内存。

你好，我现在遇见了这个问题，我的内存够，堆栈也没有溢出，只有一个k点，将encut改得很小，问题还是没有解决，这是为什么啊？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-11-01 16:47:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2010-12-31 09:10:19:
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-ar ...

你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-11-01 16:58:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-11-02 09:24:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-01 16:58:57:
你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！

sorry, only can input english:
1. first check the size of the stack
ulimit -a
set ulimit statck to unlimited.
if it works, then congs, the problem solved,
###########################
core file size          (blocks, -c) unlimited
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 20
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 16382
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) unlimited
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
##################################
else you have to check your compiling.
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-11-02 08:56:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

likai0106

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-02 09:25:14
引用回帖:
7楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-01 16:58:57:
你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！

是堆栈的问题。在.bashrc中加入ulimit -s unlimited，之后重新登陆就能解决了。
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2011-11-02 09:05:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by likai0106 at 2011-11-02 09:05:06:
是堆栈的问题。在.bashrc中加入ulimit -s unlimited，之后重新登陆就能解决了。

我也查过了  在终端里输入ulimited命令，结果显示unlimited
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-11-02 09:20:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

likai0106

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-02 09:20:00:
我也查过了  在终端里输入ulimited命令，结果显示unlimited

我以前在安装vasp的时候，安装后会出现你提到的问题，开始一维内存的事，可是自己的机器是24G内存算一个Si都不能算，所以做了刚才的改法就行了。兄弟可以试试跑一个小的体系比如Si或者金刚石，如果可以的话你就看看你的设置有些高，可以把KPOINTS减小些看看情况。
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2011-11-02 09:25:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by likai0106 at 2011-11-02 09:25:56:
我以前在安装vasp的时候，安装后会出现你提到的问题，开始一维内存的事，可是自己的机器是24G内存算一个Si都不能算，所以做了刚才的改法就行了。兄弟可以试试跑一个小的体系比如Si或者金刚石，如果可以的话你就看 ...

非常谢谢你的帮助，问题是我只有一个k点
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2011-11-02 11:38:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-01 16:58:57:
你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！

有没有跑起来的例子？编译器？数学库？
总的感觉是pgi编译的代码问题较少，INTEL编译的遇到的问题较多
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2011-11-02 14:54:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-02 11:38:13:
非常谢谢你的帮助，问题是我只有一个k点

是的，有时那样设置不会有效，那就得考虑编译的问题啦。
不过我建议你把ulimited 都改成下面和我一样的试试。。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tuhaidan
14楼2011-11-03 08:33:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by enola at 2011-11-03 08:33:37:
是的，有时那样设置不会有效，那就得考虑编译的问题啦。
不过我建议你把ulimited 都改成下面和我一样的试试。。

非常感谢你热心的帮助！
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2011-11-03 16:04:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
intel的编译器干活的，当体系一大，刚进入主循环就会退出来，并提示上面的错误！前面提到降低截断能、减少K点主要是降低内存的消耗，如果是这样的的话，那便是内存溢出了，原因在于编译时INTEL默认将缓存写在堆栈里，堆栈小时便会出现上述错误，你可以尝试在编译VASP时，在FFLAGS里加上参数-heap-arrays  64试试看，如果还不行的话，就换一下编译器，
类似帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2493388&fpage=1
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2011-11-03 18:06:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 enola 的主题更新
161/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 中科院材料273求调剂 +3 yzydy 2026-03-15 3/150 2026-03-15 21:15 by ms629
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 化学工程321分求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:49 by a不易
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 309求调剂 +4 花与叶@ 2026-03-10 4/200 2026-03-14 21:26 by a不易
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[基金申请] 面上和青基一样限30页不合理 +5 wowsunflower 2026-03-10 7/350 2026-03-14 17:21 by kingkocxr
[考研] 一志愿天大化工（085600）调剂总分338 +6 蔡大美女 2026-03-09 6/300 2026-03-14 02:46 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +5 邱gl 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:37 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-12 5/250 2026-03-13 10:56 by houyaoxu
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭