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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp计算在进行静态计算时，出错。
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lsh1986914

新虫 (小有名气)

[求助] vasp计算在进行静态计算时，出错。

本人在用计算机单机计算静态的时候，发现了一个奇怪的错误。恳请哪位高手能够指点一下。
  scf计算时INCAR文件中设置了电子局域函数ELEF=.T. 和电荷密度LCHARG=.T. 和 LWAVE=.T.  LVTOT=.T.  输入命令运行，然后一直算到收敛，最后一次总能也进行了计算。然后就突然出错了。最后发现文件ELECAR中没有数据，而CHGCAR中数据完好。重复试了很多遍，结果都一样，然后在网上查了一下，说是要在运行之前加上ulimit -s unlimited 这个命令，试了一下，发现那样的问题依然存在，只不过ELECAR中确实有了数据，但是画出的图形明显不对，因为我用在学校集群上计算的正确结果比较了一下，发现里面的数据与集群上算的对不上。
     现在确实是不知道该怎么办了，哪位高手知道？
错误如下：


distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    8 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.227428344546E+03    0.22743E+03   -0.10903E+04   864   0.866E+02
DAV:   2    -0.421720498054E+02   -0.26960E+03   -0.25243E+03  1256   0.211E+02
DAV:   3    -0.779240547668E+02   -0.35752E+02   -0.35494E+02   904   0.881E+01
DAV:   4    -0.789593115069E+02   -0.10353E+01   -0.10275E+01   976   0.187E+01
DAV:   5    -0.789970897650E+02   -0.37778E-01   -0.37680E-01  1072   0.331E+00    0.111E+01
DAV:   6    -0.753563317049E+02    0.36408E+01   -0.34296E+00   904   0.904E+00    0.586E+00
DAV:   7    -0.739653410792E+02    0.13910E+01   -0.41369E+00  1024   0.977E+00    0.103E+00
DAV:   8    -0.739362657268E+02    0.29075E-01   -0.99217E-02  1040   0.154E+00    0.160E-01
DAV:   9    -0.739273912855E+02    0.88744E-02   -0.68565E-03   896   0.372E-01    0.123E-01
DAV:  10    -0.739156206126E+02    0.11771E-01   -0.13914E-02   840   0.391E-01    0.695E-02
DAV:  11    -0.739147614279E+02    0.85918E-03   -0.55427E-03   808   0.329E-01    0.723E-02
DAV:  12    -0.739181538854E+02   -0.33925E-02   -0.21520E-03   768   0.259E-01    0.588E-02
DAV:  13    -0.739209887647E+02   -0.28349E-02   -0.16693E-03   720   0.206E-01    0.132E-02
DAV:  14    -0.739213629093E+02   -0.37414E-03   -0.23870E-04   688   0.733E-02    0.135E-02
DAV:  15    -0.739215243979E+02   -0.16149E-03   -0.25013E-05   536   0.267E-02    0.255E-03
DAV:  16    -0.739215730369E+02   -0.48639E-04   -0.83250E-06   536   0.126E-02
   1 F= -.73921573E+02 E0= -.73921530E+02  d E =-.869050E-04
writing wavefunctions
[localhost:13296] *** Process received signal ***
[localhost:13296] Signal: Segmentation fault (11)
[localhost:13296] Signal code:  (128)
[localhost:13296] Failing at address: (nil)
[localhost:13296] [ 0] /lib64/tls/libpthread.so.0 [0x33ab50c5b0]
[localhost:13296] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(_int_malloc+0x4b5) [0x2a97d8f085]
[localhost:13296] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(malloc+0x83) [0x2a97d901d3]
[localhost:13296] [ 3] /opt/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_ring+0x107) [0x2a9ba504b7]
[localhost:13296] [ 4] /opt/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_dec_fixed+0x20) [0x2a9ba4e490]
[localhost:13296] [ 5] /opt/openmpi/lib/libmpi.so.0(PMPI_Allreduce+0x175) [0x2a97abf695]
[localhost:13296] [ 6] /opt/openmpi/lib/libmpi_f77.so.0(pmpi_allreduce+0xe9) [0x2a979666d9]
[localhost:13296] [ 7] vaspmpi(m_sum_d_+0xed) [0x47af7d]
[localhost:13296] [ 8] vaspmpi(mrg_grid_rl_plane_+0x319) [0x5022c9]
[localhost:13296] [ 9] vaspmpi(fileio_mp_outchg_+0x73e) [0x785dae]
[localhost:13296] [10] vaspmpi(MAIN__+0x3c02c) [0x46bd7c]
[localhost:13296] [11] vaspmpi(main+0x3c) [0x42fd3c]
[localhost:13296] [12] /lib64/tls/libc.so.6(__libc_start_main+0xdb) [0x33aac1c3fb]
[localhost:13296] [13] vaspmpi [0x42fc6a]
[localhost:13296] *** End of error message ***
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    00000033AB50C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so      0000002A9B52AA6E  Unknown               Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so      0000002A9B1F4252  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D72A3A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_pml_ob1.so     0000002A9B0E80EA  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA505B8  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979666D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047AF7D  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000005022C9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000785DAE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046BD7C  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FD3C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000033AAC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FC6A  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    00000033AB50C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D72A04  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97AAB9F9  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA506F4  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979666D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047AF7D  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000005022C9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000785DAE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046BD7C  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FD3C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000033AAC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FC6A  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    00000033AB50C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so      0000002A9B52A946  Unknown               Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so      0000002A9B1F4252  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D72A3A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_pml_ob1.so     0000002A9B0E80EA  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA50664  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979666D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047AF7D  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000005022C9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000785DAE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046BD7C  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FD3C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000033AAC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FC6A  Unknown               Unknown  Unknown
mpirun noticed that job rank 0 with PID 13296 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).
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1楼 2011-07-05 13:16:09
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ellsaking

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-07-06 13:03:20
lsh1986914(金币+4): 2011-10-18 09:32:43
感觉是编译没编译好
赞一下(1人) 回复此楼
ihaveadream
2楼2011-07-05 21:00:07
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)
mark一下！
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paper我要好多好的的paper
3楼2011-07-05 22:30:24
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haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by lsh1986914 at 2011-07-05 13:16:09:
本人在用计算机单机计算静态的时候，发现了一个奇怪的错误。恳请哪位高手能够指点一下。
  scf计算时INCAR文件中设置了电子局域函数ELEF=.T. 和电荷密度LCHARG=.T. 和 LWAVE=.T.  LVTOT=.T.  输入命令运行，然后 ...

同样的问题，楼主你懂得~~
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人有多大胆，地有多大产！
4楼2011-08-09 15:05:39
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