应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp计算在进行静态计算时，出错。
51/1返回列表
查看: 2267  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lsh1986914

新虫 (小有名气)

[求助] vasp计算在进行静态计算时，出错。

本人在用计算机单机计算静态的时候，发现了一个奇怪的错误。恳请哪位高手能够指点一下。
  scf计算时INCAR文件中设置了电子局域函数ELEF=.T. 和电荷密度LCHARG=.T. 和 LWAVE=.T.  LVTOT=.T.  输入命令运行，然后一直算到收敛，最后一次总能也进行了计算。然后就突然出错了。最后发现文件ELECAR中没有数据，而CHGCAR中数据完好。重复试了很多遍，结果都一样，然后在网上查了一下，说是要在运行之前加上ulimit -s unlimited 这个命令，试了一下，发现那样的问题依然存在，只不过ELECAR中确实有了数据，但是画出的图形明显不对，因为我用在学校集群上计算的正确结果比较了一下，发现里面的数据与集群上算的对不上。
     现在确实是不知道该怎么办了，哪位高手知道？
错误如下：


distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    8 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.227428344546E+03    0.22743E+03   -0.10903E+04   864   0.866E+02
DAV:   2    -0.421720498054E+02   -0.26960E+03   -0.25243E+03  1256   0.211E+02
DAV:   3    -0.779240547668E+02   -0.35752E+02   -0.35494E+02   904   0.881E+01
DAV:   4    -0.789593115069E+02   -0.10353E+01   -0.10275E+01   976   0.187E+01
DAV:   5    -0.789970897650E+02   -0.37778E-01   -0.37680E-01  1072   0.331E+00    0.111E+01
DAV:   6    -0.753563317049E+02    0.36408E+01   -0.34296E+00   904   0.904E+00    0.586E+00
DAV:   7    -0.739653410792E+02    0.13910E+01   -0.41369E+00  1024   0.977E+00    0.103E+00
DAV:   8    -0.739362657268E+02    0.29075E-01   -0.99217E-02  1040   0.154E+00    0.160E-01
DAV:   9    -0.739273912855E+02    0.88744E-02   -0.68565E-03   896   0.372E-01    0.123E-01
DAV:  10    -0.739156206126E+02    0.11771E-01   -0.13914E-02   840   0.391E-01    0.695E-02
DAV:  11    -0.739147614279E+02    0.85918E-03   -0.55427E-03   808   0.329E-01    0.723E-02
DAV:  12    -0.739181538854E+02   -0.33925E-02   -0.21520E-03   768   0.259E-01    0.588E-02
DAV:  13    -0.739209887647E+02   -0.28349E-02   -0.16693E-03   720   0.206E-01    0.132E-02
DAV:  14    -0.739213629093E+02   -0.37414E-03   -0.23870E-04   688   0.733E-02    0.135E-02
DAV:  15    -0.739215243979E+02   -0.16149E-03   -0.25013E-05   536   0.267E-02    0.255E-03
DAV:  16    -0.739215730369E+02   -0.48639E-04   -0.83250E-06   536   0.126E-02
   1 F= -.73921573E+02 E0= -.73921530E+02  d E =-.869050E-04
writing wavefunctions
[localhost:13296] *** Process received signal ***
[localhost:13296] Signal: Segmentation fault (11)
[localhost:13296] Signal code:  (128)
[localhost:13296] Failing at address: (nil)
[localhost:13296] [ 0] /lib64/tls/libpthread.so.0 [0x33ab50c5b0]
[localhost:13296] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(_int_malloc+0x4b5) [0x2a97d8f085]
[localhost:13296] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(malloc+0x83) [0x2a97d901d3]
[localhost:13296] [ 3] /opt/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_ring+0x107) [0x2a9ba504b7]
[localhost:13296] [ 4] /opt/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_dec_fixed+0x20) [0x2a9ba4e490]
[localhost:13296] [ 5] /opt/openmpi/lib/libmpi.so.0(PMPI_Allreduce+0x175) [0x2a97abf695]
[localhost:13296] [ 6] /opt/openmpi/lib/libmpi_f77.so.0(pmpi_allreduce+0xe9) [0x2a979666d9]
[localhost:13296] [ 7] vaspmpi(m_sum_d_+0xed) [0x47af7d]
[localhost:13296] [ 8] vaspmpi(mrg_grid_rl_plane_+0x319) [0x5022c9]
[localhost:13296] [ 9] vaspmpi(fileio_mp_outchg_+0x73e) [0x785dae]
[localhost:13296] [10] vaspmpi(MAIN__+0x3c02c) [0x46bd7c]
[localhost:13296] [11] vaspmpi(main+0x3c) [0x42fd3c]
[localhost:13296] [12] /lib64/tls/libc.so.6(__libc_start_main+0xdb) [0x33aac1c3fb]
[localhost:13296] [13] vaspmpi [0x42fc6a]
[localhost:13296] *** End of error message ***
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    00000033AB50C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so      0000002A9B52AA6E  Unknown               Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so      0000002A9B1F4252  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D72A3A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_pml_ob1.so     0000002A9B0E80EA  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA505B8  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979666D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047AF7D  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000005022C9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000785DAE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046BD7C  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FD3C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000033AAC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FC6A  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    00000033AB50C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D72A04  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97AAB9F9  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA506F4  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979666D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047AF7D  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000005022C9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000785DAE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046BD7C  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FD3C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000033AAC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FC6A  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    00000033AB50C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so      0000002A9B52A946  Unknown               Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so      0000002A9B1F4252  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D72A3A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_pml_ob1.so     0000002A9B0E80EA  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA50664  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979666D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047AF7D  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000005022C9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000785DAE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046BD7C  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FD3C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000033AAC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000042FC6A  Unknown               Unknown  Unknown
mpirun noticed that job rank 0 with PID 13296 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-07-05 13:16:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by lsh1986914 at 2011-07-05 13:16:09:
本人在用计算机单机计算静态的时候，发现了一个奇怪的错误。恳请哪位高手能够指点一下。
  scf计算时INCAR文件中设置了电子局域函数ELEF=.T. 和电荷密度LCHARG=.T. 和 LWAVE=.T.  LVTOT=.T.  输入命令运行，然后 ...

同样的问题，楼主你懂得~~
赞一下 回复此楼
人有多大胆，地有多大产！
4楼2011-08-09 15:05:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

ellsaking

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-07-06 13:03:20
lsh1986914(金币+4): 2011-10-18 09:32:43
感觉是编译没编译好
赞一下(1人) 回复此楼
ihaveadream
2楼2011-07-05 21:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 288求调剂 +15 于海海海海 2026-03-19 15/750 2026-03-19 22:41 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +12 曦熙兮 2026-03-15 12/600 2026-03-19 19:42 by maocaozhuxi
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 332求调剂 +3 ydfyh 2026-03-17 3/150 2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 354求调剂 +4 Tyoumou 2026-03-18 7/350 2026-03-18 21:45 by Tyoumou
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 生物学071000 329分求调剂 +3 我爱生物生物爱� 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:12 by macy2011
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 326求调剂 +4 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 7/350 2026-03-16 17:11 by 诺贝尔化学奖觊�
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 5/250 2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭