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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】Segmentation fault
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】Segmentation fault

装好了vasp5，从网上下载了例子，可第一个跑的例子就发生错误啦。（跑benchmark还没问题），我是用intel的ifort-11和mpich2编译的，那位有类似的经验，可以分享下嘛？(后来发现并不是每个例子都会报错，第一个报错啦，后面几个没报错)
万分感谢啊。
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.8 07Jul10 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
Segmentation fault

[ Last edited by enola on 2010-12-29 at 17:40 ]
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1楼 2010-12-29 17:15:29
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★
ellsaking(金币+3):谢谢详细指导！ 2010-12-31 10:22:46
enola(金币+3):谢谢呢。 2010-12-31 15:25:41
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-arrays 64试试看

[ Last edited by hakuna on 2010-12-31 at 09:14 ]
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tuhaidan
2楼2010-12-31 09:10:19
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-12-31 09:10:19:
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-ar ...

恩，蛮奇怪的，原先我跑不了的，后来设置了ulimit，居然可以跑了，现在都可以跑了，但是这样我担心结果是不是对的。
你说得对，可能是内存不够，因为单个节点，四核的CPU，只有4G的内存。
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tuhaidan
3楼2010-12-31 15:27:33
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢提示 2010-12-31 22:16:52
zhang668(金币+2):多谢指导！ 2010-12-31 22:17:50
引用回帖:
Originally posted by enola at 2010-12-31 15:27:33:

恩，蛮奇怪的，原先我跑不了的，后来设置了ulimit，居然可以跑了，现在都可以跑了，但是这样我担心结果是不是对的。
你说得对，可能是内存不够，因为单个节点，四核的CPU，只有4G的内存。

那应该就是内存溢出，可能堆栈值太小了，不过一般服务器上更多遇到的可能还是编译时的问题，可以按2楼说的加上那个关键词重新编译
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4楼2010-12-31 21:38:50
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2010-12-31 09:10:19:
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-ar ...

谢谢指导，学习了！
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5楼2011-11-01 11:27:12
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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引用回帖:
3楼: Originally posted by enola at 2010-12-31 15:27:33:
恩，蛮奇怪的，原先我跑不了的，后来设置了ulimit，居然可以跑了，现在都可以跑了，但是这样我担心结果是不是对的。
你说得对，可能是内存不够，因为单个节点，四核的CPU，只有4G的内存。

你好，我现在遇见了这个问题，我的内存够，堆栈也没有溢出，只有一个k点，将encut改得很小，问题还是没有解决，这是为什么啊？
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6楼2011-11-01 16:47:33
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2010-12-31 09:10:19:
首先确认一下你的内存是否足够，其次，作为尝试：
1.把cutoff取小点试试
2.把k点减少再试试
如果能跑起来，基本上就是编译器的问题了
以前的帖子里有讨论这个问题，编译时修改一个参数，在FFLAGS里加-heap-ar ...

你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！
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7楼2011-11-01 16:58:57
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-11-02 09:24:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-01 16:58:57:
你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！

sorry, only can input english:
1. first check the size of the stack
ulimit -a
set ulimit statck to unlimited.
if it works, then congs, the problem solved,
###########################
core file size          (blocks, -c) unlimited
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 20
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 16382
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) unlimited
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
##################################
else you have to check your compiling.
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8楼2011-11-02 08:56:47
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likai0106

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-02 09:25:14
引用回帖:
7楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-01 16:58:57:
你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！

是堆栈的问题。在.bashrc中加入ulimit -s unlimited，之后重新登陆就能解决了。
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9楼2011-11-02 09:05:06
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by likai0106 at 2011-11-02 09:05:06:
是堆栈的问题。在.bashrc中加入ulimit -s unlimited，之后重新登陆就能解决了。

我也查过了  在终端里输入ulimited命令，结果显示unlimited
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10楼2011-11-02 09:20:00
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likai0106

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
10楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-02 09:20:00:
我也查过了  在终端里输入ulimited命令，结果显示unlimited

我以前在安装vasp的时候，安装后会出现你提到的问题，开始一维内存的事，可是自己的机器是24G内存算一个Si都不能算，所以做了刚才的改法就行了。兄弟可以试试跑一个小的体系比如Si或者金刚石，如果可以的话你就看看你的设置有些高，可以把KPOINTS减小些看看情况。
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11楼2011-11-02 09:25:56
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by likai0106 at 2011-11-02 09:25:56:
我以前在安装vasp的时候，安装后会出现你提到的问题，开始一维内存的事，可是自己的机器是24G内存算一个Si都不能算，所以做了刚才的改法就行了。兄弟可以试试跑一个小的体系比如Si或者金刚石，如果可以的话你就看 ...

非常谢谢你的帮助，问题是我只有一个k点
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12楼2011-11-02 11:38:13
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-01 16:58:57:
你好，我现在就遇见了这个问题，我查了内存，是够的，k点本来就设置为一个，然后把encut设置改得很小（250——>  100）可是还是跑不了啊，好着急啊，会是哪里除了问题啊？很需要你的帮助，谢谢了！！

有没有跑起来的例子？编译器？数学库？
总的感觉是pgi编译的代码问题较少，INTEL编译的遇到的问题较多
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13楼2011-11-02 14:54:06
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-02 11:38:13:
非常谢谢你的帮助，问题是我只有一个k点

是的，有时那样设置不会有效，那就得考虑编译的问题啦。
不过我建议你把ulimited 都改成下面和我一样的试试。。
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tuhaidan
14楼2011-11-03 08:33:37
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by enola at 2011-11-03 08:33:37:
是的，有时那样设置不会有效，那就得考虑编译的问题啦。
不过我建议你把ulimited 都改成下面和我一样的试试。。

非常感谢你热心的帮助！
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15楼2011-11-03 16:04:36
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
intel的编译器干活的，当体系一大，刚进入主循环就会退出来，并提示上面的错误！前面提到降低截断能、减少K点主要是降低内存的消耗，如果是这样的的话，那便是内存溢出了，原因在于编译时INTEL默认将缓存写在堆栈里，堆栈小时便会出现上述错误，你可以尝试在编译VASP时，在FFLAGS里加上参数-heap-arrays  64试试看，如果还不行的话，就换一下编译器，
类似帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2493388&fpage=1
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16楼2011-11-03 18:06:19
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