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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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[求助]
gromacs Segmentation fault
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我用gromacs做纳米管中传导水的模拟是出现Segmentation fault错误，对系统我跑了EM达到了收敛，并且NVE达到了温度的平衡，但在跑NPT模拟提交mdrun后程序返回Segmentation fault，今天调试了一天也没什么进展，但有意思的是我把NPT参数文件中的关于压力耦合的部分删除后用此mdp跑任务竟然无错误。 由于我在网上搜的时候，有人说出现这种错误是由于能量未达到最小化，但我跑完EM收敛了，并且NVE跑完后温度曲线也很稳定，在300K左右小幅震荡。 我跑NPT模拟的参数内容为： title=water MD cpp = /lib/cpp define = -DFLEXIBLE integrator = md dt = 0.002 ; ps nsteps = 500000 comm_mode = linear nstcomm = 1 nstxout = 100 nstvout = 100 nstlog = 100 nstenergy = 100 pbc = xyz continuation =yes ; group(s) to write to energy file energygrps = System nstlist = 5 ns_type = grid coulombtype = PME fourierspacing = 0.15 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Temperature coupling tcoupl = nose-hoover tc-grps = System tau_t = 0.1 ref_t = 300 pcoupl = Parrinello-Rahman pcoupltype = semiisotropic tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 1.0 compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 （此块去掉后模拟可以运行） ; No constraints constraints = all-bonds constraint_algorithm = lincs lincs_order = 4 rlist = 1.0 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 ;Velocity generation gen_vel = no ; Energy group exclusions energygrp_excl = ; Freezing bottom water layer and top part of CNT freezegrps = slabfix freezedim =Y Y Y log文件最后显示，并无出错信息： Step Time Lambda 0 0.00000 0.00000 Energies (kJ/mol) Angle Ryckaert-Bell. LJ-14 Coulomb-14 LJ (SR) 3.28384e+03 1.16390e+05 1.47468e+04 0.00000e+00 1.89427e+06 Coulomb (SR) Coul. recip. Potential Kinetic En. Total Energy -5.81940e+04 -4.70806e+03 1.96579e+06 1.07137e+04 1.97651e+06 Temperature Pressure (bar) Constr. rmsd 3.01629e+02 -1.23503e+32 5.75108e-05 再次向众位求解，金币不多，还望多参与讨论，谢谢。 |
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