应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？
31/1返回列表
查看: 850  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？ 已有1人参与

用namd跑一个体系，在并行计算时，如何合理选取节点数？怎样评估一个体系的最优节点数？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-25 18:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好，并行可以很高
赞一下 回复此楼
2楼2016-04-27 11:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng660

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我无语了123 at 2016-04-27 11:12:39
namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好 ...

冒昧问一下，您的专业是？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-11-22 02:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 peng660 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:42 by cITaGg3p5edr
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 8/400 2026-09-17 22:53 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-17 22:29 by cuPZTDXS3VOd
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 12/600 2026-09-17 22:15 by cuPZTDXS3VOd
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-17 22:05 by cuPZTDXS3VOd
[基金申请] 国社科系统bug了，是不是要放榜了？ +5 kynobel 2026-09-16 6/300 2026-09-17 21:37 by tosogo
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 15:29 by 0ngsZVSCTS7z
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:27 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:53 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 23jxep3nCNZb 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:29 by ObVzqQQh1rrE
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 4/200 2026-09-17 05:50 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:16 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 19:15 by rRvxEj3zorCy
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-16 14:36 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭