应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？
31/1返回列表
查看: 836  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？ 已有1人参与

用namd跑一个体系，在并行计算时，如何合理选取节点数？怎样评估一个体系的最优节点数？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-25 18:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好，并行可以很高
赞一下 回复此楼
2楼2016-04-27 11:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng660

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我无语了123 at 2016-04-27 11:12:39
namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好 ...

冒昧问一下，您的专业是？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-11-22 02:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 peng660 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 05:13 by winsaint
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+3 winsaint 2026-08-27 6/300 2026-08-28 01:46 by alongwaytogo
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +9 Kittylucky 2026-08-27 9/450 2026-08-28 01:08 by jurkat.1640
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 XLGfUIdOmEAO 2026-08-27 3/150 2026-08-28 00:49 by 3RAFyYXYSwGS
[基金申请] 基金不中，共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭