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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？ 已有1人参与

用namd跑一个体系，在并行计算时，如何合理选取节点数？怎样评估一个体系的最优节点数？

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1楼 2016-03-25 18:58:20
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我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好，并行可以很高
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2楼2016-04-27 11:12:39
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peng660

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我无语了123 at 2016-04-27 11:12:39
namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好 ...

冒昧问一下，您的专业是？

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3楼2016-11-22 02:06:34
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