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peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 如何评估一个体系用多少节点跑namd时,效率最高? 已有1人参与

用namd跑一个体系,在并行计算时,如何合理选取节点数?怎样评估一个体系的最优节点数?

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我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd对于节点通信非常依赖,所以如果集群使用的是ib网络效率并不高,因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高,但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受,如果是天河2的话通信很好,并行可以很高
2楼2016-04-27 11:12:39
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peng660

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我无语了123 at 2016-04-27 11:12:39
namd对于节点通信非常依赖,所以如果集群使用的是ib网络效率并不高,因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高,但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受,如果是天河2的话通信很好 ...

冒昧问一下,您的专业是?

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3楼2016-11-22 02:06:34
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