应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
31/1返回列表
查看: 793  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 如何评估一个体系用多少节点跑namd时，效率最高？ 已有1人参与

用namd跑一个体系，在并行计算时，如何合理选取节点数？怎样评估一个体系的最优节点数？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-25 18:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好，并行可以很高
赞一下 回复此楼
2楼2016-04-27 11:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng660

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我无语了123 at 2016-04-27 11:12:39
namd对于节点通信非常依赖，所以如果集群使用的是ib网络效率并不高，因为ib网还是有点慢这时候每个节点用的越少效率越高，但是实测每个节点12核40个节点480核并行效率0.5左右还勉强能接受，如果是天河2的话通信很好 ...

冒昧问一下，您的专业是？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-11-22 02:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 peng660 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +8 柳溪边 2026-03-26 8/400 2026-03-29 20:42 by 唐沐儿
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 071000生物学求调剂，初试成绩343 +7 小小甜面团 2026-03-25 7/350 2026-03-28 20:25 by 唐沐儿
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[考研] 材料与化工考研调剂 +17 孅華 2026-03-22 17/850 2026-03-28 08:35 by WYUMater
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +8 曼111 2026-03-24 9/450 2026-03-28 07:58 by YYYYX1234
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +9 丹青奶盖 2026-03-26 10/500 2026-03-28 07:45 by barnett0632
[考研] 一志愿上海理工能源动力（085800）310分求调剂 +3 zhangmingc 2026-03-27 4/200 2026-03-27 19:01 by 给你你注意休息
[考研] 化学调剂 +4 爱吃番茄的旭 2026-03-24 5/250 2026-03-27 17:50 by kiokin
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 07化学280分求调剂 +10 722865 2026-03-23 10/500 2026-03-27 15:51 by Plutoqq
[考博] 26申博 +3 加油冲啊！ 2026-03-26 3/150 2026-03-27 15:38 by cls512
[考研] 322求调剂 +4 我真的很想学习 2026-03-23 4/200 2026-03-27 13:51 by 杨杨杨紫
[考研] 314求调剂 +3 溪云珂 2026-03-26 3/150 2026-03-27 11:20 by sanrepian
[考研] 292求调剂 +4 求求了收下我吧� 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:37 by zhshch
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭