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Gromacs/Amber/NAMD
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Gromacs
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[已完结]
gromacs安装问题
(评阅+1)
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孜孜--
2014-07-24
2017-10-22 19:11:07
by
cuoce
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Gromacs
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[已完结]
软件安装的问题
(3/912)
huilovezhe
2015-09-16
2017-10-22 19:00:45
by
cuoce
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Gromacs
]
[已完结]
gromacs5.1在服务器上的安装问题
(3/983)
飞飞是胖纸
2016-05-05
2017-10-22 18:54:21
by
cuoce
[
Gromacs
]
NAMD所用的CHARMM力场参数除了22 27 还有别的吗?
(评阅+1)
(7/2082)
红颜不美
2014-08-19
2017-10-21 16:15:57
by
红颜不美
[
Gromacs
]
Gromacs安装问题
(14/771)
llllemonade
2017-08-18
2017-10-21 11:04:26
by
cuoce
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Gromacs
]
[已完结]
gromacs可以做蛋白与蛋白质之间的分子动力学吗?
(7/751)
雪野千树
2017-10-20
2017-10-20 22:53:54
by
hclwonder
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 加中性化离子遇的到问题
(评阅+1)
(5/1471)
lifeisall
2014-01-22
2017-10-17 18:25:11
by
请叫我呼呼呼
[
Gromacs
]
[已完结]
乳糖和氨基酸单体的top文件
(0/395)
一山
2017-10-14
2017-10-14 22:52:02
by
一山
[
Gromacs
]
[已完结]
grompp时的warning,怎么解决这个group的问题
(评阅+1)
(5/1540)
xueer小雯
2014-03-03
2017-10-13 16:59:01
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs模拟~底物二面角限制
(1/1137)
s小木偶
2017-10-11
2017-10-13 16:39:38
by
LeeGenuine
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Gromacs
]
求帮忙,各位朋友!
(0/314)
18835173710
2017-10-12
2017-10-12 17:07:04
by
18835173710
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Gromacs
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求助
(0/217)
ghq930110
2017-10-08
2017-10-08 12:17:28
by
ghq930110
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Gromacs
]
[已完结]
径向密度曲线 radical density profile 如何获得?
(3/727)
yj112358
2017-10-06
2017-10-07 21:06:57
by
yj112358
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Gromacs
]
[已完结]
g_mmpbsa的mdp中离子浓度应该怎么改?
(1/1029)
徐经纬
2017-07-29
2017-10-05 13:12:47
by
兰S水晶
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Gromacs
]
求助软件
(7/772)
雪野千树
2017-09-30
2017-10-02 16:48:16
by
hclwonder
[
Gromacs
]
[已完结]
有机小分子液体酸密度和能量,能不能只跑NPT到平衡统计密度和能量性质?
(0/365)
elaeaba
2017-09-27
2017-09-27 10:04:01
by
elaeaba
[
Gromacs
]
[已完结]
Warning: failed to set coordinate for atom OXT LYS
(1/597)
chw5842036
2017-09-21
2017-09-21 16:05:40
by
chw5842036
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 模拟云母遇到的问题
(6/914)
北木
2012-12-24
2017-09-20 01:47:07
by
lockey-s
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Gromacs
]
【分享】个人翻译Gromacs教程:水中的溶菌酶
(
1
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)
(79/4604)
yongma2008
2011-02-21
2017-09-17 07:34:28
by
zhangyujin
[
Gromacs
]
gmx rdf
(1/1595)
llllemonade
2017-09-14
2017-09-15 14:12:59
by
llllemonade
[
Gromacs
]
gromacs计算慢
(2/545)
llllemonade
2017-09-12
2017-09-14 15:49:09
by
llllemonade
[
Gromacs
]
增加离子生成ions.tpr文件时老出错
(8/978)
五绝神鹰
2017-09-05
2017-09-11 10:04:49
by
琳达的情人
[
Gromacs
]
[已完结]
有没有人知道用GROMACS这个软件做模拟的公司或者机构
(
1
2
)
(11/1582)
chengjie1230
2017-09-07
2017-09-10 16:11:50
by
琳达的情人
[
Gromacs
]
gromacs中gmx view怎么用
(1/551)
llllemonade
2017-09-06
2017-09-08 11:04:40
by
消失的w
[
Gromacs
]
amber计算药物从蛋白质跑出问题
(0/398)
亚莉王
2017-09-06
2017-09-06 17:10:30
by
亚莉王
[
Gromacs
]
[已完结]
vmd 渲染
(3/1873)
chw5842036
2017-09-05
2017-09-06 00:05:45
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
Fatal error
(1/430)
五绝神鹰
2017-09-02
2017-09-05 12:00:14
by
Cyantulip
[
Gromacs
]
[已完结]
哪位大神有gromacs课程视频,可不可以分享一下?我是初学者
(5/2390)
五绝神鹰
2017-01-11
2017-09-04 14:10:57
by
五绝神鹰
[
Gromacs
]
[已完结]
Fatal error
(2/416)
五绝神鹰
2017-09-01
2017-09-02 16:32:58
by
五绝神鹰
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs 全原子模拟时,如何在膜的周围加肽?
(3/525)
搞科研的小蕾
2017-08-30
2017-08-31 09:32:21
by
James_Xiang
[
Gromacs
]
[已完结]
按namd教程运行老是说namd2为无效命令
(6/1477)
toxicLi
2017-05-31
2017-08-30 11:07:33
by
搞量化的
[
Gromacs
]
[已完结]
opls-aa力场文件计算的torsion问题
(0/783)
elaeaba
2017-08-29
2017-08-29 20:54:54
by
elaeaba
[
Gromacs
]
LAMMPS模拟中如何让气体分子在指定的空间内运动?
(4/1574)
jianghaojh
2017-08-20
2017-08-21 08:19:12
by
cmgg1994
[
Gromacs
]
[已完结]
AMBER官网教程分析氢键脚本问题
(评阅+2)
(6/2812)
亍寞
2013-12-06
2017-08-19 10:05:39
by
qtpwrfs203
[
Gromacs
]
[已完结]
PBC下跑出水盒子的蛋白怎么弄回去。。。
(评阅+1)
(3/955)
亍寞
2013-11-07
2017-08-19 10:05:19
by
qtpwrfs203
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么用gromacs模拟混合溶剂?跪求大牛指导。。。
(
1
2
)
(15/3173)
eastlife
2013-08-27
2017-08-18 13:54:18
by
anoak
[
Gromacs
]
请求支援
(1/422)
tina100000
2017-06-19
2017-08-14 18:03:12
by
ls0725
[
Gromacs
]
[已完结]
请问LAMMPS怎么创建扇形圆柱体区域?
(3/901)
ggjggj
2017-08-11
2017-08-12 13:30:37
by
iSimuLy
[
Gromacs
]
【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么
(8/4850)
574384607
2010-05-12
2017-08-11 13:11:33
by
物亦游
[
Gromacs
]
[已完结]
求一个popg128双层膜的gro文件和对应的itp文件???
(1/591)
科研民工在线
2017-03-30
2017-07-25 19:29:09
by
搞科研的小蕾
[
Gromacs
]
qm mm
(13/1555)
shadow004
2013-10-08
2017-07-25 16:58:09
by
13488143026
[
Gromacs
]
【求助】structure factor S(q)的问题
(5/1537)
qzhaosdu
2009-07-05
2017-07-25 06:23:50
by
Micah_autum
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD遇到问题
(5/1057)
fanhuifang
2016-03-17
2017-07-22 11:29:19
by
gulayne
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 里生成pdb文件的命令
(评阅+1)
(8/5074)
dxl20132009
2014-07-07
2017-07-22 06:09:37
by
面麻控
[
Gromacs
]
分子模拟中如何加离子
(0/750)
tina100000
2017-07-17
2017-07-17 13:56:35
by
tina100000
[
Gromacs
]
NAMD Pressure profile calculation 输出来计算溶液表面张力的shell脚本
(4/800)
rorob
2013-12-28
2017-07-16 05:55:12
by
L243620344
[
Gromacs
]
MSMS中总径向分布函数如何求?急求
(0/486)
hejupeng
2017-07-06
2017-07-06 16:36:42
by
hejupeng
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber 分子动力学 求助!!!!
(
1
2
)
(10/3991)
超人与小木虫
2013-10-14
2017-07-03 14:19:14
by
疯狂的鬼马
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs版本问题
(0/614)
淑淑3
2017-07-02
2017-07-02 13:47:18
by
淑淑3
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs教程3伞状取样--pull_start出错
(1/776)
十年磨练
2017-06-20
2017-06-21 17:22:23
by
jluchemlib
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学模拟计算求助
(1/507)
离去无期0103
2017-06-15
2017-06-20 10:38:22
by
谁家那小孩
[
Gromacs
]
[已完结]
请问各位大佬,这个配置能跑的起来amber么?
(0/359)
逗逼1号
2017-06-19
2017-06-19 20:56:14
by
逗逼1号
[
Gromacs
]
[已完结]
关于nam做SMD的问题
(0/627)
我无语了123
2017-06-18
2017-06-18 09:07:57
by
我无语了123
[
Gromacs
]
[已完结]
求聚乙烯opls力场在gromacs中的力场参数文件
(0/834)
xuduo918
2017-06-06
2017-06-06 08:58:03
by
xuduo918
[
Gromacs
]
[已完结]
请教:怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间
(4/886)
toxicLi
2017-06-02
2017-06-05 21:48:06
by
memeone
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD动力学
(5/1647)
微笑爱上我
2017-05-16
2017-06-05 16:53:10
by
微笑爱上我
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么建立一个立方水体
(2/819)
toxicLi
2017-06-05
2017-06-05 12:10:16
by
Atmoschem
[
Gromacs
]
[已完结]
我想知道怎么建立泛素的pdb文件
(6/936)
toxicLi
2017-05-29
2017-06-04 08:34:15
by
toxicLi
[
Gromacs
]
[已完结]
两个分子放在一起比较结构
(8/1557)
wbz422
2017-06-01
2017-06-01 21:55:24
by
wbz422
[
Gromacs
]
[已完结]
求大神指教!!!
(评阅+1)
(1/375)
白玉浴血
2015-04-12
2017-06-01 08:59:39
by
wzy_588
[
Gromacs
]
[已完结]
namd学习中遇到的问题
(2/535)
toxicLi
2017-05-19
2017-05-27 11:21:41
by
toxicLi
[
Gromacs
]
[已完结]
REMD计算后收敛问题
(2/1388)
蓝洛水seven
2013-10-13
2017-05-24 14:01:15
by
谷浩节
[
Gromacs
]
4.5和5.0版本安装脚本
(4/664)
fangsteel
2016-12-13
2017-05-23 03:51:21
by
zhangxsioc
[
Gromacs
]
[已完结]
新手:生成.psf和.pdb时遇到问题
(2/774)
toxicLi
2017-05-16
2017-05-22 19:57:19
by
wlx1213wlx
[
Gromacs
]
[已完结]
antechamber -i HSA_DOX.pdb -fi pdb -o hsa_dox.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
(3/1497)
加速度123
2016-10-21
2017-05-18 11:40:47
by
eify
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么样用在amber中构建周期性拓扑?
(0/388)
周青青
2017-05-16
2017-05-16 16:42:45
by
周青青
[
Gromacs
]
[已完结]
用sybyl画分子结构?求助
(3/1627)
_littlehong
2016-09-13
2017-05-12 14:41:06
by
love风69
[
Gromacs
]
[已完结]
怎样下载及安装namd
(2/2117)
麦苗-14
2013-09-04
2017-05-09 14:05:23
by
zhaojingzsx
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs
(0/856)
谷浩节
2017-05-09
2017-05-09 09:00:11
by
谷浩节
[
Gromacs
]
[已完结]
最近换namd软件玩玩,
(评阅+1)
(4/1667)
好好学习444
2015-05-02
2017-05-09 07:38:49
by
zhaojingzsx
[
Gromacs
]
NAMD官网咋突然上不去了
(24/1114)
yylcx
2015-09-07
2017-05-09 07:28:14
by
zhaojingzsx
[
Gromacs
]
namd使用
(1/991)
阳光记忆
2017-03-21
2017-05-08 11:55:22
by
zhaojingzsx
[
Gromacs
]
关于gromacs中拟合静电势的咨询。
(
1
2
)
(73/3397)
小范范1989
2017-04-26
2017-05-05 21:50:20
by
lvluohua
[
Gromacs
]
[已完结]
谁能提供一下gromacs形式的糖分子立场参数文件啊
(评阅+1)
(3/1254)
870277182
2014-02-20
2017-05-04 14:15:27
by
xiajiangrui
[
Gromacs
]
[已完结]
非键相互作用的计算
(0/934)
fanhuifang
2017-05-04
2017-05-04 11:01:37
by
fanhuifang
[
Gromacs
]
[已完结]
求助木质素和纤维素的空间坐标文件
(0/506)
十年磨练
2017-05-03
2017-05-03 21:54:30
by
十年磨练
[
Gromacs
]
拉伸大分子使其伸直无应变
(3/792)
kazenokizi
2013-09-09
2017-05-03 12:40:49
by
danking3
[
Gromacs
]
[已完结]
求一张关于RMSD和回旋半径数据分析图的画法
(2/2095)
飞云儿
2017-04-23
2017-05-02 19:49:58
by
Cyantulip
[
Gromacs
]
分子模拟工作站购买
(10/1584)
幽蓝0417
2017-04-21
2017-05-02 19:49:55
by
fliboy
[
Gromacs
]
[已完结]
GMX如何绘制蛋白质残基contact map?另外如何绘制FES(free energy surface)图?
(1/3371)
JASE20
2017-01-17
2017-05-01 11:34:18
by
小苦行僧
[
Gromacs
]
[已完结]
amber最大可以输出多少个frame
(4/1037)
ningll10
2014-03-08
2017-05-01 04:02:22
by
lsbaa1937
[
Gromacs
]
关于MD相关数据分析的一些思考和疑问
(3/796)
peng660
2017-03-31
2017-04-27 12:54:15
by
iSimuLy
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD中,如何把选择的键和氢键加粗?
(0/892)
吉米爱多
2017-04-25
2017-04-25 16:08:14
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
remd :Step 1000002 Warning: pressure scaling more than 1%
(1/2424)
dubo
2011-11-26
2017-04-25 13:29:20
by
hcf春妮
[
Gromacs
]
[已完结]
vmd前期所需的pdb文件怎么得到
(9/2546)
简点爱
2017-03-15
2017-04-25 10:18:14
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
amber加载溶剂盒子出现问题
(1/556)
fengrui826
2017-04-20
2017-04-21 08:48:40
by
hclwonder
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS模拟时的常识问题
(0/266)
小清新王虫虫
2017-04-19
2017-04-19 09:22:08
by
小清新王虫虫
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS中walls的设置
(2/2276)
shabeir
2017-01-19
2017-04-16 08:04:21
by
XYwinne
[
Gromacs
]
[已完结]
求教Gromacs计算蛋白-蛋白相互作用的top文件建立方法
(3/1494)
Jay_LIN
2017-04-14
2017-04-15 22:06:14
by
hclwonder
[
Gromacs
]
推荐服务器配置,预算3万左右,主要用于amber软件计算
(15/2794)
幽蓝0417
2017-03-22
2017-04-10 22:50:44
by
袁文凯GRRM
[
Gromacs
]
[已完结]
做NVT平衡时遇到报错,求问这是什么原因,如何解决?
(1/975)
Cyantulip
2017-03-30
2017-04-07 20:20:46
by
XYwinne
[
Gromacs
]
[已完结]
如何用得到的自扩散系数或者电导率来求黏度?
(4/1919)
焦银峰
2011-04-22
2017-04-05 14:27:04
by
阳光记忆
[
Gromacs
]
[已完结]
amber软件计算结合自由能时,没有MMPBSA.py命令,该如何处理?
(2/906)
幽蓝0417
2017-03-30
2017-04-04 07:22:46
by
hdx1991
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么生成pdb文件呢
(1/2509)
简点爱
2017-03-22
2017-04-04 01:12:06
by
XYwinne
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中charmm27力场非天然氨基酸参数求助
(5/1306)
向日葵天涯
2017-03-01
2017-03-31 12:08:54
by
hclwonder
[
Gromacs
]
[已完结]
请教Amber文件转化问题,如何把.vel and .inpcrdf文件,转化为.mdvel和 .rst文件
(0/420)
wonderwang
2017-03-30
2017-03-30 10:56:36
by
wonderwang
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD模拟聚合物成键断键问题
(1/589)
re-member
2016-04-28
2017-03-30 06:38:03
by
塞外寒梅
[
Gromacs
]
[已完结]
用NAMD进行NEMD过程遇到问题,加力不均匀
(2/1037)
re-member
2017-03-26
2017-03-29 21:31:32
by
re-member
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