应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD动力学
61/1返回列表
查看: 1679  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD动力学 已有1人参与

小伙伴们，有人知道为什么在跑由蛋白质和石墨烯构成的体系的NAMD动力学时，石墨烯会变形？谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-05-16 10:32:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-05-18 00:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2017-05-24 19:51:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:51:25
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-05-24 19:53:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 00:26:36
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

多谢，需要在参数文件里面设置吗？能请教一下怎么设置吗
赞一下 回复此楼
5楼2017-06-05 16:51:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:53:13
对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本
...

谢谢，试过啦，把石墨烯固定它是不会变形.似乎它的作用就不大啦，现在想着怎样把它的运动范围给设定一下？
赞一下 回复此楼
6楼2017-06-05 16:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 微笑爱上我 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 312求调剂 +3 陌宸希 2026-03-16 4/200 2026-03-16 15:06 by peike
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:06 by ruiyingmiao
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭