应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD动力学
61/1返回列表
查看: 1803  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD动力学 已有1人参与

小伙伴们，有人知道为什么在跑由蛋白质和石墨烯构成的体系的NAMD动力学时，石墨烯会变形？谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-05-16 10:32:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-05-18 00:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2017-05-24 19:51:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:51:25
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-05-24 19:53:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 00:26:36
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

多谢，需要在参数文件里面设置吗？能请教一下怎么设置吗
赞一下 回复此楼
5楼2017-06-05 16:51:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:53:13
对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本
...

谢谢，试过啦，把石墨烯固定它是不会变形.似乎它的作用就不大啦，现在想着怎样把它的运动范围给设定一下？
赞一下 回复此楼
6楼2017-06-05 16:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 微笑爱上我 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-27 01:49 by xxniao123
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +3 a089 2026-08-26 3/150 2026-08-26 23:21 by young90
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 +4 晴天加油 2026-08-26 5/250 2026-08-26 21:27 by 木风9012
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭