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微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD动力学 已有1人参与

小伙伴们,有人知道为什么在跑由蛋白质和石墨烯构成的体系的NAMD动力学时,石墨烯会变形?谢谢啦
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微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 00:26:36
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说,石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊,他们又不是刚体

多谢,需要在参数文件里面设置吗?能请教一下怎么设置吗
5楼2017-06-05 16:51:18
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微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:53:13
对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了,可以写个脚本
...

谢谢,试过啦,把石墨烯固定它是不会变形.似乎它的作用就不大啦,现在想着怎样把它的运动范围给设定一下?
6楼2017-06-05 16:53:10
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