应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD动力学
61/1返回列表
查看: 1788  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD动力学 已有1人参与

小伙伴们，有人知道为什么在跑由蛋白质和石墨烯构成的体系的NAMD动力学时，石墨烯会变形？谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-05-16 10:32:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-05-18 00:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2017-05-24 19:51:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:51:25
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-05-24 19:53:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 00:26:36
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

多谢，需要在参数文件里面设置吗？能请教一下怎么设置吗
赞一下 回复此楼
5楼2017-06-05 16:51:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:53:13
对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本
...

谢谢，试过啦，把石墨烯固定它是不会变形.似乎它的作用就不大啦，现在想着怎样把它的运动范围给设定一下？
赞一下 回复此楼
6楼2017-06-05 16:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 微笑爱上我 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭