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微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD动力学 已有1人参与

小伙伴们，有人知道为什么在跑由蛋白质和石墨烯构成的体系的NAMD动力学时，石墨烯会变形？谢谢啦
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1楼 2017-05-16 10:32:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

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2楼2017-05-18 00:26:36
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xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

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3楼2017-05-24 19:51:25
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xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:51:25
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本

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4楼2017-05-24 19:53:13
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微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 00:26:36
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

多谢，需要在参数文件里面设置吗？能请教一下怎么设置吗
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5楼2017-06-05 16:51:18
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微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:53:13
对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本
...

谢谢，试过啦，把石墨烯固定它是不会变形.似乎它的作用就不大啦，现在想着怎样把它的运动范围给设定一下？
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6楼2017-06-05 16:53:10
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