应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD动力学
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1723  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD动力学 已有1人参与

小伙伴们，有人知道为什么在跑由蛋白质和石墨烯构成的体系的NAMD动力学时，石墨烯会变形？谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-05-16 10:32:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑爱上我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:53:13
对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本
...

谢谢，试过啦，把石墨烯固定它是不会变形.似乎它的作用就不大啦，现在想着怎样把它的运动范围给设定一下？
赞一下 回复此楼
6楼2017-06-05 16:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你在nand里面给石墨烯设置位置限制啊。
再说，石墨烯在动力学平衡过程中本来就会变形啊，他们又不是刚体

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-05-18 00:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2017-05-24 19:51:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoniupahu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoniupahu at 2017-05-24 19:51:25
有没有用gridforce，如果用了gridforce的话，那就是去掉石墨烯上的标记，只标记DNA就好了

对pdb文件中的beta值和occupancy值进行修改就可以了，可以写个脚本

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-05-24 19:53:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业 +9 what张 2026-04-01 10/500 2026-04-06 22:15 by qlm5820
[考研] 考研调剂一志愿北矿安全科学与工程学硕316 +3 Wwwwwww哇 2026-04-06 3/150 2026-04-06 20:55 by lbsjt
[考研] 338求调剂 +4 wxygxsaaaaa 2026-04-06 4/200 2026-04-06 17:14 by 尚水阁主
[考研] 材料专硕322 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-05 11/550 2026-04-06 14:07 by lqwchd
[考研] 294求调剂 +4 Grey_Ey 2026-04-01 5/250 2026-04-05 23:05 by Grey_Ey
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-05 5/250 2026-04-05 17:38 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-04 3/150 2026-04-04 12:19 by 舍而后得
[考研] 0710生物学336分求调剂 +6 kiyy 2026-04-01 8/400 2026-04-04 10:10 by kiyy
[考研] 387求调剂 +4 爱吃片豆土 2026-04-03 5/250 2026-04-04 08:10 by 岸上的一条鱼
[考研] 材料专硕322分 +13 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 13/650 2026-04-03 16:08 by 哦哦123
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 309求调剂 +14 呆菇不是戴夫 2026-04-02 14/700 2026-04-03 09:42 by 蓝云思雨
[考研] 302求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-02 9/450 2026-04-02 23:07 by 马儿快快地跑
[考研] 318求调剂，计算材料方向 +10 吸喵有害笙命 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:29 by oooqiao
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 085900土木水利336分求调剂 +4 Zhangjiangj 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:40 by 1753564080
[考研] 求调剂，一志愿南京师范大学计算机专硕，初试373，六级通过， +3 计算机追梦人 2026-04-01 3/150 2026-04-02 07:57 by fxue1114
[考研] 085600，321分求调剂 +13 大馋小子 2026-03-31 13/650 2026-04-01 12:35 by chemdavid
[考研] 求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过 +3 lfy760306 2026-03-31 3/150 2026-04-01 01:57 by Creta
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭