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kazenokizi

新虫 (初入文坛)

[交流] 拉伸大分子使其伸直无应变 已有2人参与

大家好,我使用gromacs模拟了单个大分子,现在需要将其伸直。我的方法是,用make_ndx将一端设定为reference组,另一端设定为move组;然后用genrestr得到porse.itp,并把相关内容加入分子的itp文件,把pull code加入mdp文件。之后用genbox加水,最小化能量,进行拖拽,出现fatal error,提示topol.tpr不能找到。请问是哪个部分出了问题?谢谢大家。

[ Last edited by kazenokizi on 2013-9-9 at 16:43 ]
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1、建议你先看看gromacs 的模拟流程(GROMACS_MD_Flowchart.pdf),也许你就自然知道问题所在
地址:http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html

2、好好参考一个官网的这个教程吧:
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... umbrella/index.html
2楼2013-09-10 10:37:16
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kazenokizi

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-10 03:37:16
1、建议你先看看gromacs 的模拟流程(GROMACS_MD_Flowchart.pdf),也许你就自然知道问题所在
地址:http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html

2、好好参考一个官网的这个教程吧:
http://www.bevanlab ...

谢谢 已解决
3楼2013-09-20 10:26:26
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danking3

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by kazenokizi at 2013-09-20 10:26:26
谢谢 已解决...

楼主你好,请问一下你是怎么生成topol.tpr文件的,谢谢
4楼2017-05-03 15:40:49
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