| 查看: 842 | 回复: 3 | |||
kazenokizi新虫 (初入文坛)
|
[交流]
拉伸大分子使其伸直无应变 已有2人参与
|
|
大家好，我使用gromacs模拟了单个大分子，现在需要将其伸直。我的方法是，用make_ndx将一端设定为reference组，另一端设定为move组；然后用genrestr得到porse.itp，并把相关内容加入分子的itp文件，把pull code加入mdp文件。之后用genbox加水，最小化能量，进行拖拽，出现fatal error，提示topol.tpr不能找到。请问是哪个部分出了问题？谢谢大家。 [ Last edited by kazenokizi on 2013-9-9 at 16:43 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
评审有感
已经有12人回复
-
上海大学实验技术岗位非升即走
已经有9人回复
-
云南大学材料与能源学院解琳课题组钙钛矿博士招生
已经有4人回复
-
博士申请
已经有6人回复
-
面上本子正文33页，违规吗？会被低分嘛？
已经有10人回复
-
国自然上会要求
已经有9人回复
-
今年审到国自然15份，谈谈感受
已经有16人回复
-
考博自荐
已经有6人回复
-
青C资助名额大幅增加！
已经有16人回复
-
重磅！青年科学基金项目（C类）资助增幅预计超过50%
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在做聚合物拉伸实验时，对于标准样条，应变对应的是夹具之间的距离?
已经有4人回复
- 用万能试验机做材料拉伸试验为什么有的没有拉伸屈服应变？
已经有16人回复
- 求回答聚合物被拉伸时，在屈服点和应变软化以及应变硬化时内部分子链是怎么运动的的？
已经有9人回复
- 碳纤维片材拉伸强度应力应变曲线求教？
已经有10人回复
- 拉伸应变的计算
已经有4人回复
- 铝合金拉伸应力应变曲线怪异形状分析
已经有12人回复
- 工业纯锆金属，拉伸，杨氏模量波动，应力应变曲线
已经有17人回复
- 应力应变拉伸曲线的处理
已经有8人回复
- 拉伸应力应变曲线
已经有26人回复
- 【求助】钢材拉伸时，没有安装引伸计，得到的应力应变曲线能修正么？
已经有11人回复
- 【求助】求助：拉伸试验，最大真应力和最大真应变
已经有8人回复
- 【讨论】拉伸试验应力应变曲线
已经有9人回复
- 【交流】为什么此拉伸应力-应变曲线如此怪异？
已经有32人回复
- 【求助】为什么此拉伸应力-应变曲线如此怪异？
已经有25人回复
- 【讨论】单向拉伸过程中如何计算应变速率呢
已经有13人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
1、建议你先看看gromacs 的模拟流程（GROMACS_MD_Flowchart.pdf），也许你就自然知道问题所在 地址：http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html 2、好好参考一个官网的这个教程吧： http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... umbrella/index.html |
2楼2013-09-10 10:37:16
kazenokizi
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 622
- 帖子: 11
- 在线: 19.8小时
- 虫号: 1220627
- 注册: 2011-03-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2013-09-20 10:26:26
4楼2017-05-03 15:40:49
30