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新虫 (小有名气)

[求助] amber最大可以输出多少个frame

最近用AMBER做REMD，发现只能做200ns，当轨迹数超过100million的时候，轨迹数输出为*******的格式，无法把超过200ns的轨迹提取出来。我用的是amber10，不知道amber11, amber12中有没有对frame数的限制。

1楼 2014-03-08 17:00:55

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金虫 (小有名气)

上限是多少没试过，但是不建议楼主一次性计算太长时间，容易出现错误。最好分成几次，一次5到10ns。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

2楼2014-03-08 17:25:24

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新虫 (小有名气)

即使一次算那个短，很多次加起来还是很长。因为我是做REMD，收敛需要比较长的时间。

3楼2014-03-08 17:31:48

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新虫 (初入文坛)

引用回帖:

3楼: Originally posted by ningll10 at 2014-03-08 17:31:48
即使一次算那个短，很多次加起来还是很长。因为我是做REMD，收敛需要比较长的时间。

您好，我现在在用Gromacs做REMD，我看了官网，给出的信息基本上都是理论知识，具体的做法不太清楚，请问您对于这个清楚吗？

4楼2017-04-25 15:26:10

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禁虫 (初入文坛)

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5楼2017-05-01 07:02:22

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