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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber最大可以输出多少个frame
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ningll10

新虫 (小有名气)

[求助] amber最大可以输出多少个frame

最近用AMBER做REMD，发现只能做200ns，当轨迹数超过100million的时候，轨迹数输出为*******的格式，无法把超过200ns的轨迹提取出来。我用的是amber10，不知道amber11, amber12中有没有对frame数的限制。
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1楼 2014-03-08 17:00:55
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aa7899379

金虫 (小有名气)
上限是多少没试过，但是不建议楼主一次性计算太长时间，容易出现错误。最好分成几次，一次5到10ns。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-03-08 17:25:24
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ningll10

新虫 (小有名气)
即使一次算那个短，很多次加起来还是很长。因为我是做REMD，收敛需要比较长的时间。
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3楼2014-03-08 17:31:48
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hcf春妮

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ningll10 at 2014-03-08 17:31:48
即使一次算那个短，很多次加起来还是很长。因为我是做REMD，收敛需要比较长的时间。

您好 ，我现在在用Gromacs做REMD，我看了官网，给出的信息基本上都是理论知识，具体的做法不太清楚，请问您对于这个清楚吗？
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4楼2017-04-25 15:26:10
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lsbaa1937

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
5楼2017-05-01 07:02:22
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