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ningll10

新虫 (小有名气)

[求助] amber最大可以输出多少个frame

最近用AMBER做REMD,发现只能做200ns,当轨迹数超过100million的时候,轨迹数输出为*******的格式,无法把超过200ns的轨迹提取出来。我用的是amber10,不知道amber11, amber12中有没有对frame数的限制。
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lsbaa1937

禁虫 (初入文坛)

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5楼2017-05-01 07:02:22
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查看全部 5 个回答

aa7899379

金虫 (小有名气)

上限是多少没试过,但是不建议楼主一次性计算太长时间,容易出现错误。最好分成几次,一次5到10ns。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-03-08 17:25:24
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ningll10

新虫 (小有名气)

即使一次算那个短,很多次加起来还是很长。因为我是做REMD,收敛需要比较长的时间。
3楼2014-03-08 17:31:48
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hcf春妮

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ningll10 at 2014-03-08 17:31:48
即使一次算那个短,很多次加起来还是很长。因为我是做REMD,收敛需要比较长的时间。

您好 ,我现在在用Gromacs做REMD,我看了官网,给出的信息基本上都是理论知识,具体的做法不太清楚,请问您对于这个清楚吗?
4楼2017-04-25 15:26:10
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