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求教Gromacs计算蛋白-蛋白相互作用的top文件建立方法
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各位大神好 。我最近在计算蛋白-蛋白相互作用时碰到了top文件的建立问题。图和一图二分别是我的蛋白-蛋白复合体系的top文件的头部与底部。我的想法就是将配体蛋白的itp(LEA-LEA.itp)include进top中。 图一  图二 图三是LEA-LEA.itp,我是用gromacs的pdb2gmx指令生成的。  图三 gromacs在进行能量最小化时报出如下错误  可以看出，gromacs并没有识别配体蛋白质的力场文件而是在读取了主体蛋白质的力场后又继续读取主体蛋白质的力场。之前做小分子配体的时候这个建力场方法是行得通的，但配体换成蛋白就出问题了。请问我该如何建立蛋白-蛋白复合体系的top呢？（本人新手小白，第一次提问，问题提的肯能有些不太成熟 ，请见谅。金币也不多，希望各位大大不要嫌弃 谢谢大家了！） 蛋白-蛋白复合体系top头部.png  蛋白-蛋白top末尾.png  LEA-LEAitp.png  gromacs能量最小化.png |
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不知你想研究什么相互作用呢？是计算结合能？那需要index文件设置一下以分开受体配体。 但只是想跑跑蛋白-蛋白复合体的分子动力学，完全不需要任何修改top文件。就是说，跟跑单个蛋白一样的处理方式。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2017-04-15 08:44:52
3楼2017-04-15 21:14:39
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