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antechamber -i HSA_DOX.pdb -fi pdb -o hsa_dox.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 已有1人参与
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Running: /root/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out Error: cannot run "/root/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit amber中的antechamber -i HSA_DOX.pdb -fi pdb -o hsa_dox.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2命令时出现这个问题，另外，命令中的bcc可以换成什么作用是一样的 能不能问下这个是什么问题呀？ |
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doojun
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【答案】应助回帖
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请问这个pdb分子的净电荷是0吗？不是0的话，是会报错的。比如是电荷-2，最后加上-nc -2 -nc net molecular charge (int) antechamber -i input file name -fi input file format -o output file name -fo output file format -c charge method -cf charge file name -nc net molecular charge (int) -a additional file name -fa additional file format -ao additional file operation crd : only read in coordinate crg : only read in charge radius: only read in radius name : only read in atom name type : only read in atom type bond : only read in bond type -m multiplicity (2S+1), default is 1 -rn residue name, overrides input file, default is MOL -rf residue toplogy file name in prep input file, default is molecule.res -ch check file name for gaussian, default is 'molecule' -ek mopac or sqm keyword, inside a pair of quotes |
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