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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs 全原子模拟时，如何在膜的周围加肽？
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搞科研的小蕾

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs 全原子模拟时，如何在膜的周围加肽？ 已有1人参与

请问一下前辈们，如何在膜的周围加一定距离一定数量的肽？比如我建的膜是一共240个磷脂，我想加距离膜1nm,并且是磷脂数量百分之3的肽。命令是什么
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美好是因为相信
1楼 2017-08-30 15:55:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
搞科研的小蕾: 金币+5, ★有帮助 2017-08-30 21:42:39
方法1：  使用 Packmol 把磷脂和肽的数量和大致位置都放好，然后再导入到gromacs进行能力最小化，预平衡。。。。。。等模拟。

方法2：把肽的PDB文件直接贴再磷脂的PDB文件后面，然后使用VMD来调节两者之间的相对距离，调节好之后，使用 writepdb 命令输出最终的结构，这样输出的PDB文件，gromacs可以识别的。

祝：好运，顺利！
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2楼2017-08-30 16:18:10
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搞科研的小蕾

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-08-30 16:18:10
方法1：  使用 Packmol 把磷脂和肽的数量和大致位置都放好，然后再导入到gromacs进行能力最小化，预平衡。。。。。。等模拟。

方法2：把肽的PDB文件直接贴再磷脂的PDB文件后面，然后使用VMD来调节两者之间的相对 ...

谢谢前辈。
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美好是因为相信
3楼2017-08-30 21:43:07
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James_Xiang

铁虫 (小有名气)
2楼好厉害啊，关于多肽部分，可以关注一下“定制多肽”微信公众号
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4楼2017-08-31 09:32:21
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