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搞科研的小蕾

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs 全原子模拟时,如何在膜的周围加肽? 已有1人参与

请问一下前辈们,如何在膜的周围加一定距离一定数量的肽?比如我建的膜是一共240个磷脂,我想加距离膜1nm,并且是磷脂数量百分之3的肽。命令是什么
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美好是因为相信
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搞科研的小蕾

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-08-30 16:18:10
方法1:  使用 Packmol 把磷脂和肽的数量和大致位置都放好,然后再导入到gromacs进行能力最小化,预平衡。。。。。。等模拟。

方法2:把肽的PDB文件直接贴再磷脂的PDB文件后面,然后使用VMD来调节两者之间的相对 ...

谢谢前辈。
美好是因为相信
3楼2017-08-30 21:43:07
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
搞科研的小蕾: 金币+5, 有帮助 2017-08-30 21:42:39
方法1:  使用 Packmol 把磷脂和肽的数量和大致位置都放好,然后再导入到gromacs进行能力最小化,预平衡。。。。。。等模拟。

方法2:把肽的PDB文件直接贴再磷脂的PDB文件后面,然后使用VMD来调节两者之间的相对距离,调节好之后,使用 writepdb 命令输出最终的结构,这样输出的PDB文件,gromacs可以识别的。

祝:好运,顺利!
2楼2017-08-30 16:18:10
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James_Xiang

铁虫 (小有名气)


2楼好厉害啊,关于多肽部分,可以关注一下“定制多肽”微信公众号
4楼2017-08-31 09:32:21
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