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NAMD Pressure profile calculation 输出来计算溶液表面张力的shell脚本
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因为一直在用namd跑溶液体系，最近翻namd ug 13.2看到关于 Pressure profile calculation （侧向压计算），于是决定试试用这个来计算表面张力。 数据量比较多，于是写了这个shell脚本 首先在linux系统中打开控制台 chmod +x interface_tension.awk #首先要给权限 ./interface_tension.awk *.log #输入文件为 namd的输出log文件 具体见 NAMD ug 13.2 这个是计算侧向压的输出log跟通常的格式不一样 Input the thickness of one slab(angstorm) #提示输入slab的厚度 单位为1埃米 10 ”Enter“ #输入10车 最后输出： slabs tension # 默认输出两列， 沿Z轴的不同slab的张力值 类似密度分布 两边为零中间也趋近零 具体结果与模拟参数以及体系有很大关系 N (mN/m) 1 0 2 0 3 0 4 0 5 0 6 0 7 0 8 -0.97385 9 35.9439 10 -12.935 11 0.993465 12 1.97719 13 0.80234 14 1.93347 15 0.790208 16 1.10239 17 -13.2716 18 37.2449 19 13.0549 20 0 21 0 22 0 23 0 24 0 25 0 26 0 27 0 |
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- 附件 2 : Tension8PF2EONVTX3.log
2013-12-28 12:42:56, 708 bytes
2013-12-28 12:53:25, 7.22 M
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