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Gromacs
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Gromacs中最大distance violation超过1nm,而Dis. Rest.为零该怎么办?
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ra2ghgzh
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王振旺
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Gromacs
]
[已完结]
请问使用NAMD中的CHARMM力场模拟蛋白质免费吗?
(2/1536)
ynmkpn69
2018-10-31
2018-11-01 09:53:08
by
ynmkpn69
[
Gromacs
]
[已完结]
关于Gromacs压力耦合方式的设置
(2/1833)
吉米爱多
2015-12-30
2018-10-30 06:20:42
by
最爱马良
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Gromacs
]
[已完结]
namd模拟,盒子越来越小
(9/1863)
xingyanfei
2012-08-30
2018-10-24 20:12:01
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
求推荐工作站配置
(3/1104)
dovekk2009
2018-10-23
2018-10-23 13:16:57
by
超算云
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber如何定义蛋白复合物的质心??
(1/1341)
超人与小木虫
2012-01-06
2018-10-20 13:16:51
by
lmn5251
[
Gromacs
]
[已完结]
do_dssp 使用求助
(
1
2
)
(12/3525)
jiaoyixiong
2011-11-29
2018-10-18 05:31:06
by
blacksep
[
Gromacs
]
关于Gromacs对于超临界的模拟
(0/625)
Recycled
2018-10-16
2018-10-16 21:36:01
by
Recycled
[
Gromacs
]
非蛋白体系分子残基如何处理
(3/933)
林小布斯基
2018-10-14
2018-10-16 21:22:41
by
Recycled
[
Gromacs
]
[已完结]
想知道作为结果的.xvg 中的各行的意思,谢谢
(
1
2
)
(评阅+1)
(11/2953)
1142634328
2015-01-27
2018-10-16 19:32:54
by
你是大蠢驴吗
[
Gromacs
]
[已完结]
各位大侠来帮忙,含金属离子的蛋白质进行分子动力学,怎么获得金属离子的参数信息啊
(5/2920)
tjuwyn
2012-09-10
2018-10-16 17:57:47
by
晚致蒙尘
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学模拟中前药分子结构的获得
(1/558)
化大王文龙
2014-10-04
2018-10-10 12:39:56
by
Michealfei
[
Gromacs
]
[已完结]
如何选择分子动力学模拟中的水模型SPC SPCE TIP3P TIP4P TIP5P,依照什么选择标准?
(1/4024)
cherushui
2018-09-18
2018-09-24 23:35:47
by
explorer2250
[
Gromacs
]
martini力场的使用
(1/1732)
qrup
2018-09-21
2018-09-22 00:07:35
by
oxox6085
[
Gromacs
]
[已完结]
关于在amber中prep文件的生成
(2/1071)
ww5945
2011-07-02
2018-09-21 15:56:04
by
晚致蒙尘
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD装在什么系统里
(0/440)
suisui087
2018-09-19
2018-09-19 20:41:03
by
suisui087
[
Gromacs
]
请问gromacs怎么中止mdrun?
(10/1534)
cheap_81
2018-09-04
2018-09-10 16:21:19
by
北七6038
[
Gromacs
]
[已完结]
分子模拟过程如何将文件中心化
(0/379)
小周的小*
2018-09-09
2018-09-09 10:37:55
by
小周的小*
[
Gromacs
]
[已完结]
钛辉石晶体结构
(0/784)
爱学习98
2018-08-30
2018-08-30 21:04:47
by
爱学习98
[
Gromacs
]
[已完结]
使用Amber官网的tutorial出错,悬赏求助~
(4/971)
烫凶ha
2017-05-03
2018-08-29 06:14:51
by
李雨婉
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber 跑动力学,运行7分钟左右就停止
(2/724)
菊子0909
2018-06-23
2018-08-29 06:02:15
by
李雨婉
[
Gromacs
]
求助acpype将amber文件转换为gromacs输入文件
(0/1207)
艾august
2018-08-28
2018-08-28 17:01:31
by
艾august
[
Gromacs
]
[已完结]
请问怎么得到碳纳米管的top文件和力场呢?
(3/1266)
wshzxcc
2012-03-15
2018-08-27 06:45:12
by
liuyang1993
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs运行nvt时出错
(评阅+1)
(1/1578)
水儿CoCo
2014-04-21
2018-08-21 19:12:24
by
罗艺青
[
Gromacs
]
[已完结]
GCMC去水分子
(2/844)
飘零字
2018-01-19
2018-08-16 07:18:52
by
wl296021
[
Gromacs
]
搭体系出现了一些问题希望有人能解答
(0/704)
罗艺青
2018-08-14
2018-08-14 16:02:40
by
罗艺青
[
Gromacs
]
Gromacs为什么小体系能跑通,放大体系之后就跑死了?
(36/1642)
yiran870804
2012-11-07
2018-08-14 09:18:19
by
罗艺青
[
Gromacs
]
[已完结]
pdb2gmx找不到rtp力场文件
(7/2590)
小_书_虫_
2015-08-20
2018-08-08 06:38:55
by
wangyue-yue
[
Gromacs
]
[已完结]
关于体系中加入离子的问题
(0/518)
萨拉玛戈
2018-08-07
2018-08-07 16:08:34
by
萨拉玛戈
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD2停止工作
(3/932)
南宫氏
2017-09-29
2018-08-04 04:54:11
by
东南小青年
[
Gromacs
]
[已完结]
固定原子后,原子还会移动吗?
(3/2069)
xingyanfei
2012-08-23
2018-08-04 04:52:47
by
东南小青年
[
Gromacs
]
charmm力场怎么做不同长和宽的膜?
(16/417)
大笨笨熊
2018-07-30
2018-07-30 19:29:18
by
BiotageAB
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs做拉伸动力学
(2/1809)
TANXIAOHUI
2018-07-20
2018-07-22 11:22:43
by
TANXIAOHUI
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs做拉伸动力学
(2/586)
TANXIAOHUI
2018-07-18
2018-07-20 10:08:58
by
TANXIAOHUI
[
Gromacs
]
[已完结]
关于GROMACS官网教程KALP15 in DPPC学习问题求助
(评阅+1)
(5/1783)
jolly1987
2014-11-20
2018-07-19 12:44:48
by
琼茕孑立
[
Gromacs
]
求玉米醇溶蛋白(zein)的三级蛋白结构文件
(8/1689)
学海无涯2016
2018-06-22
2018-07-19 09:42:49
by
学海无涯2016
[
Gromacs
]
求TIP3.gro
(18/372)
大笨笨熊
2018-07-14
2018-07-14 18:02:31
by
15802906716
[
Gromacs
]
求CHARMM力场的TIP3.gro
(0/299)
大笨笨熊
2018-07-13
2018-07-13 22:59:01
by
大笨笨熊
[
Gromacs
]
[已完结]
求助分子动力学模拟
(3/882)
wh-joseph
2018-07-11
2018-07-12 12:52:40
by
蛋白质111
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD生成psf文件总出错
(6/1401)
franktang
2016-02-29
2018-07-11 16:45:54
by
xzh1966
[
Gromacs
]
写了一个CHARMM力场氧气分子的top文件和par文件(NAMD)
(2/1593)
rainson1988
2012-12-04
2018-07-11 12:42:08
by
toxicLi
[
Gromacs
]
OPLS力场一个分子的总电荷是有小数点的?
(0/404)
大笨笨熊
2018-07-09
2018-07-09 16:39:16
by
大笨笨熊
[
Gromacs
]
OPLS力场怎么做脂质双层膜
(0/395)
大笨笨熊
2018-07-08
2018-07-08 16:06:32
by
大笨笨熊
[
Gromacs
]
[已完结]
AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
(6/2769)
顽灵
2012-09-04
2018-07-06 06:48:00
by
大姚
[
Gromacs
]
[已完结]
如何利用gromacs计算单一残基的rmsd值
(1/2419)
JICK159
2018-06-11
2018-07-04 15:28:26
by
cjl123321
[
Gromacs
]
[已完结]
请问分子极性表面图示怎么做的
(评阅+1)
(4/988)
花无刺
2014-07-28
2018-07-03 08:11:06
by
Yfeel
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs pdb中氨基酸缺失补loop chimera
(1/883)
艾august
2018-06-28
2018-06-29 10:00:09
by
astrozheng
[
Gromacs
]
电荷有0.05怎么中和
(0/417)
大笨笨熊
2018-06-26
2018-06-26 10:32:24
by
大笨笨熊
[
Gromacs
]
请问gromacs怎么选取完整的分子?
(5/411)
gentleman_on
2018-06-25
2018-06-25 17:03:50
by
润色论文
[
Gromacs
]
[已完结]
傅立叶格子
(0/503)
hua_fage
2018-06-23
2018-06-23 23:41:48
by
hua_fage
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber 跑动力学,运行7分钟左右就停止
(0/879)
菊子0909
2018-06-23
2018-06-23 20:38:08
by
菊子0909
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,1QSU.pdb蛋白文件,使用pdb2gmx出错
(1/945)
学员Xc9iyU
2017-01-09
2018-06-22 08:39:38
by
三都赋
[
Gromacs
]
[已完结]
dssp 不能执行
(3/1583)
saabx
2012-03-22
2018-06-21 13:13:27
by
sunrider
[
Gromacs
]
甲烷水合物的拓扑文件
(
1
2
)
(53/778)
青大柯尔斯滕
2017-11-23
2018-06-14 13:16:30
by
yuyisong
[
Gromacs
]
如何计算离子的脱溶剂化能力
(0/779)
prince147
2018-06-13
2018-06-13 00:24:51
by
prince147
[
Gromacs
]
求助ambertools的安装及使用问题。
(0/572)
斯芬克斯喵
2018-06-12
2018-06-12 09:53:02
by
斯芬克斯喵
[
Gromacs
]
g_mmpbsa 计算过程中的问题
(2/1436)
zhuimeng08
2014-09-11
2018-06-12 06:58:47
by
huyanqiu
[
Gromacs
]
RMSD
(3/841)
飞天ssp
2018-04-05
2018-06-11 07:05:34
by
JICK159
[
Gromacs
]
[已完结]
用VMD如何将三个相同的蛋白质叠合在一起(它们的坐标不同)
(0/1257)
笑@累
2018-06-08
2018-06-08 16:36:54
by
笑@累
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD dynamic network analysis 在windows下出现问题怎么解决?
(4/1205)
stevenchem
2013-09-06
2018-06-05 11:25:50
by
一山
[
Gromacs
]
[已完结]
求助CentOS安装Gromacs出错
(3/1246)
逗逼1号
2018-02-16
2018-06-05 07:02:01
by
faylovesnow
[
Gromacs
]
[已完结]
请问gromacs中如何在盒子里的双层磷脂膜两侧设置不同的压力?
(0/501)
6542
2018-06-01
2018-06-01 15:06:08
by
6542
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs软件做逐渐升温的时候出现这个问题,求如何解决
(评阅+1)
(6/2146)
wyangdao
2015-06-27
2018-05-30 08:15:31
by
不会飞的青鸟
[
Gromacs
]
centos上安装cuda求助
(44/573)
hdx1991
2018-05-20
2018-05-20 16:57:29
by
鹅毛大雨
[
Gromacs
]
【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程!
(17/3285)
gxsulong
2010-08-05
2018-05-12 14:13:21
by
czj12345
[
Gromacs
]
[已完结]
求助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出(z轴方向跑出)
(0/731)
轻剑飞扬
2018-05-11
2018-05-11 10:48:55
by
轻剑飞扬
[
Gromacs
]
[已完结]
将糖链的PDB生成PSF文件
(
1
2
)
(11/2106)
YAYA_Z
2014-10-24
2018-05-11 10:12:15
by
余余余小钊呀
[
Gromacs
]
OPLS
(
1
2
)
(70/498)
大笨笨熊
2018-05-10
2018-05-11 08:43:07
by
油仓鼠哇
[
Gromacs
]
[已完结]
伞形抽样 PMF处理 g_wham错误
(0/1101)
youngfi
2018-05-03
2018-05-03 14:09:57
by
youngfi
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD跑动力学出现Low global exclusion count!
(1/2428)
一时花开11
2018-04-24
2018-04-28 11:30:16
by
jack150
[
Gromacs
]
[已完结]
体系粗粒化后需要提取一帧出来进行反粗粒化从而进行全原子
(3/899)
小清新王虫虫
2017-03-25
2018-04-24 19:18:22
by
亮瞎了
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD求助
(2/657)
fanhuifang
2017-01-15
2018-04-24 07:58:54
by
一时花开11
[
Gromacs
]
VMD能导入多个分子吗?
(1/462)
大笨笨熊
2018-04-23
2018-04-23 22:26:56
by
gengxin60
[
Gromacs
]
amber建模loadpdb
(0/412)
王婷婷小白兔
2018-04-23
2018-04-23 18:56:30
by
王婷婷小白兔
[
Gromacs
]
[已完结]
液体表面模拟 charmm/namd 盒子无限变长或真空层消失
(3/742)
liuvu
2018-04-20
2018-04-23 15:50:47
by
liuvu
[
Gromacs
]
[已完结]
MM-PBSA
(6/1120)
小清新王虫虫
2017-06-22
2018-04-21 14:20:44
by
Anzai
[
Gromacs
]
[已完结]
contact areas
(7/696)
小清新王虫虫
2017-07-05
2018-04-21 14:19:17
by
Anzai
[
Gromacs
]
[已完结]
关于NAMD处理蛋白配体复合物的结果的疑问
(7/1917)
crispsoft
2011-04-25
2018-04-21 05:45:09
by
hclwonder
[
Gromacs
]
NAMD做模拟,请问在能量最小化阶段怎样分两步做啊?
(0/404)
77qa
2018-04-19
2018-04-19 17:01:45
by
77qa
[
Gromacs
]
OPLS力场
(10/1761)
大笨笨熊
2018-04-19
2018-04-19 11:39:55
by
润色论文
[
Gromacs
]
[已完结]
【楼主分享了解决方案】:gromacs中坐标文件与top文件不匹配
(5/3123)
liangjun44
2013-01-14
2018-04-19 07:55:09
by
Wineze
[
Gromacs
]
用Gromacs做两条多肽旋转,如何计算PMF?
(
1
2
)
(11/816)
V_Galbraith
2017-11-19
2018-04-18 12:03:32
by
gentleman_on
[
Gromacs
]
[已完结]
gaff 力场的参数文件
(3/1364)
苏格拉没有地
2018-04-12
2018-04-13 13:48:12
by
苏格拉没有地
[
Gromacs
]
[已完结]
如何根据RMSD来判断稳定性
(6/2329)
雪野千树
2017-11-01
2018-04-13 13:13:55
by
Pangs
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Gromacs
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求助啊!!为什么amber最小化的时候没有rst输出文件,out文件也只有几行?
(3/2475)
lingogo
2012-12-29
2018-04-13 05:59:41
by
Hejunmei
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Gromacs
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[已完结]
NAMD并行计算求助
(4/1412)
martinique
2017-01-11
2018-04-11 06:40:52
by
fangshaq
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Gromacs
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[已完结]
Gromacs计算氢键的寿命
(评阅+1)
(1/2593)
little_lion
2014-03-08
2018-04-10 18:57:51
by
zhangqianrui
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Gromacs
]
gromacs的正十二面体盒子模拟轨迹如何用amber计算自由能
(1/717)
lcxw1224
2018-04-10
2018-04-10 13:06:53
by
hua_fage
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Gromacs
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投稿
(0/356)
112233ssg
2018-04-10
2018-04-10 08:34:02
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112233ssg
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Gromacs
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访学
(5/317)
大笨笨熊
2018-04-09
2018-04-09 11:39:47
by
zhaoshan137
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Gromacs
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mmgbsa求助,ELE项为0
(1/991)
lingogo
2015-06-01
2018-04-09 08:26:00
by
叮叮咣当
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Gromacs
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出国-去还是不去?
(0/357)
大笨笨熊
2018-04-08
2018-04-08 22:55:05
by
大笨笨熊
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Gromacs
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[已完结]
求助如何分析gromacs 轨迹中,小分子配基质心与蛋白表面最近的重原子的距离随时间变化
(评阅+1)
(6/1786)
sqfn
2014-05-16
2018-04-08 06:33:26
by
青青白白123
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Gromacs
]
[已完结]
AMBER加热时出现问题
(5/1918)
duyuesheng
2014-11-04
2018-04-07 18:22:31
by
chuxiao9299
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Gromacs
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[已完结]
如何计算蛋白不同链上的螺旋角度
(0/308)
Van_vega
2018-04-07
2018-04-07 11:59:13
by
Van_vega
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Gromacs
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[已完结]
蛋白同源模建之后能量最小化问题
(9/2235)
xxjjtt
2012-12-30
2018-04-06 13:46:36
by
lilywee
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Gromacs
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出国访学
(0/347)
大笨笨熊
2018-04-06
2018-04-06 09:41:04
by
大笨笨熊
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Gromacs
]
implicit bilayer
(3/568)
大笨笨熊
2018-04-05
2018-04-05 20:40:31
by
hclwonder
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Gromacs
]
[已完结]
请教大神,如何计算一个蛋白的RMSF
(4/2216)
无敌炉石
2016-03-07
2018-04-05 18:52:24
by
飞天ssp
[
Gromacs
]
谁有做过金颗粒和配体链接的模拟吗
(0/205)
大笨笨熊
2018-04-03
2018-04-03 21:25:34
by
大笨笨熊
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