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液体表面模拟 charmm/namd 盒子无限变长或真空层消失
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建了一个乙腈溶液的模型： ————————PBC box像这样 | vaccum | | solution | | vaccum | 现在用纯乙腈测试，发现在charmm中做NPAT时溶液层比较稳定，真空层却不是持续增长就是减小到消失。NAMD也差不多 所以怀疑是压力控制的问题 用NAMD的时候总是出现 Periodic cell has become too small for original patch grid! charmm的input 就不全贴了，只写几个关键的 set tk 298. crys defi tetr 30. 30. 116.7 90. 90. 90. crys buil nope 0 imag byre sele all end scalar mass stat !calc pmass = int ( ?stot / 50.0 ) set pmass 100 calc tmass = int( ?stot / 50.0 ) * 5 dyna leap cpt restart - ! timestep 0.001 nstep 8000000 nprint 2500 iprfq 2000 - ! iunrea 51 iunwri 41 iuncrd 31 nsavcc 2500 - ! hoover reft @tk tmass @tmass tbat @tk firs @tk tstr @tk - ! pcons pmzz @pmass pmxx 0.0 pmyy 0.0 pref 1.0 - ! pint pref 1.0 pgamma 20.0 - ! ihtfrq 0 ieqfrq 0 ntrfrq 50 - ! iasors 1 iasvel 1 iscvel 0 ichecw 0 - ! ixtf 1000 echeck 100. NAMD 我测试的不多，就先不放了 希望有小伙伴能告知下有什么比较好的做这种体系的参数（1000左右或者几百个分子，体系在30*30*60 anstrong以内），或者能看出我参数里的问题 万分感谢！ |
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