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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD生成psf文件总出错
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franktang

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD生成psf文件总出错 已有1人参与

刚刚开始接触NAMD，正在跟着中文教程学，在生成psf文件时遇到一个问题，每次在控制台输入source ubq.pgn之后，都显示invalid command name,弄了好久一直这样，求指导，多谢了！

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1楼 2016-02-29 16:19:19
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franktang

新虫 (小有名气)


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2楼2016-02-29 20:11:50
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by franktang at 2016-02-29 20:11:50

目录切换对了么
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gromacs
3楼2016-02-29 22:00:32
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franktang

新虫 (小有名气)
目录一直是在 1-1-build，就是教程里的那个文件夹，但是还是这样，不知道什么原因

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4楼2016-02-29 22:44:55
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franktang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2016-02-29 22:00:32
目录切换对了么

你好，不好意思还想请教一下，namd怎样自己定义力场，使用指南里只是介绍了要加几个参数和参数的意义，但是如何加在什么地方加它没有说明，想问一下自己定义力该如何定义，多谢了！

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5楼2016-03-05 18:45:30
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franktang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2016-02-29 22:00:32
目录切换对了么

是在配置文件里加入自己定义的力吗

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6楼2016-03-05 19:40:25
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xzh1966

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你应该把文件psfgen.exe移动到NAMD路径下，因为你按照教程说明从
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 下载的有关教程文件是存储在NAMD_2.12_Win64-multicore文件夹中的，你在VMD TK Console中调用psfgen命令，由于在该路径中找不到执行文件，就会提示你是无效命令。
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7楼2018-07-11 19:45:54
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