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franktang

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD生成psf文件总出错 已有1人参与

刚刚开始接触NAMD,正在跟着中文教程学,在生成psf文件时遇到一个问题,每次在控制台输入source ubq.pgn之后,都显示invalid command name,弄了好久一直这样,求指导,多谢了!

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franktang

新虫 (小有名气)

2楼2016-02-29 20:11:50
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by franktang at 2016-02-29 20:11:50

目录切换对了么
gromacs
3楼2016-02-29 22:00:32
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franktang

新虫 (小有名气)

目录一直是在 1-1-build,就是教程里的那个文件夹,但是还是这样,不知道什么原因

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4楼2016-02-29 22:44:55
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franktang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2016-02-29 22:00:32
目录切换对了么

你好,不好意思还想请教一下,namd怎样自己定义力场,使用指南里只是介绍了要加几个参数和参数的意义,但是如何加在什么地方加它没有说明,想问一下自己定义力该如何定义,多谢了!

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5楼2016-03-05 18:45:30
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franktang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2016-02-29 22:00:32
目录切换对了么

是在配置文件里加入自己定义的力吗

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6楼2016-03-05 19:40:25
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xzh1966

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你应该把文件psfgen.exe移动到NAMD路径下,因为你按照教程说明从
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 下载的有关教程文件是存储在NAMD_2.12_Win64-multicore文件夹中的,你在VMD TK Console中调用psfgen命令,由于在该路径中找不到执行文件,就会提示你是无效命令。
7楼2018-07-11 19:45:54
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