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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于GROMACS官网教程KALP15 in DPPC学习问题求助
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jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 关于GROMACS官网教程KALP15 in DPPC学习问题求助

教程地址：
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ein/03_solvate.html
此教程做到Step Three: Defining the Unit Cell & Adding Solvent
要先生成一个dppc128.gro文件，然后用grompp生成em.tpr文件

gmx editconf -f dppc128.pdb -pbc -o dppc128.gro
gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr

提示：
Fetal error:
Atomtype CA not found
For more information an tips for troubleshooting, please check the CROMACS website......

但是根据提示检查了ffnonbonded.itp, CA原子是有定义的，而且输入的dppc128.gro文件中没有CA原子，请问这是怎么回事？
新手学习，望大家多多指教！谢谢
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1楼 2014-11-20 13:50:23
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好好学习444

银虫 (小有名气)
力场可能出错了，重新按人家要求做，小心点

[ 发自小木虫客户端 ]
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说好努力的
2楼2014-11-20 23:09:24
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 好好学习444 at 2014-11-20 23:09:24
力场可能出错了，重新按人家要求做，小心点

果然是力场的问题。删了重做，好了，谢谢！
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3楼2014-11-21 14:22:38
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1049064702

铁虫 (初入文坛)
你是在哪里出先错误了啊。我和你是一样的错误，求告知！！
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4楼2016-03-05 21:31:02
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琼茕孑立

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2014-11-21 14:22:38
果然是力场的问题。删了重做，好了，谢谢！...

您好 新人一枚，请问您这是哪出了问题，具体在哪一步
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5楼2018-07-19 14:32:23
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琼茕孑立

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1049064702 at 2016-03-05 21:31:02
你是在哪里出先错误了啊。我和你是一样的错误，求告知！！

是替换还是直接复制到相应部分
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6楼2018-07-19 15:44:48
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