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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 写了一个CHARMM力场氧气分子的top文件和par文件（NAMD）
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rainson1988

银虫 (初入文坛)

[交流] 写了一个CHARMM力场氧气分子的top文件和par文件（NAMD） 已有1人参与

今天写了一个氧气分子的par文件和top文件，如下：

par_O2.inp


* This is a reduced version of the CHARMM22 parameter file for O2

BONDS
!V(bond) = Kb(b - b0)**2
!
!Kb: kcal/mole/A**2
!b0: A
!
!atom type Kb          b0
!
!Oxygen
O   O    305.000     1.1600

NONBONDED nbxmod  5 atom cdiel shift vatom vdistance vswitch -
cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5
!V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6]
!
!atom  ignored    epsilon      Rmin/2
O           0.000000  -0.152100     1.768200

HBOND CUTHB 0.5

END


top_O2.inp

MASS    1 O     15.99900 O ! oxygen
RESI OGN          0.00
GROUP   
ATOM O1   O      -0.000 !   
ATOM O2   O       0.000 !  
BOND O1   O2  
PATCHING FIRS NONE LAST NONE

大家帮忙看看有没有问题。

关于par文件中Kb项不能确定，哪位大侠知道该值的帮忙回复下，谢谢啦！
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1楼 2012-12-04 22:05:57
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toxicLi

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
怎么写的?那些公式都是什么意思呀？我不明白

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2楼2018-01-09 09:51:23
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toxicLi

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，那你能告诉我这些是怎么写的吗

发自小木虫Android客户端
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3楼2018-07-11 15:42:08
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