| 查看: 1568 | 回复: 2 | |||||
[交流]
写了一个CHARMM力场氧气分子的top文件和par文件（NAMD） 已有1人参与
|
|
今天写了一个氧气分子的par文件和top文件，如下： par_O2.inp * This is a reduced version of the CHARMM22 parameter file for O2 BONDS !V(bond) = Kb(b - b0)**2 ! !Kb: kcal/mole/A**2 !b0: A ! !atom type Kb b0 ! !Oxygen O O 305.000 1.1600 NONBONDED nbxmod 5 atom cdiel shift vatom vdistance vswitch - cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5 !V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6] ! !atom ignored epsilon Rmin/2 O 0.000000 -0.152100 1.768200 HBOND CUTHB 0.5 END top_O2.inp MASS 1 O 15.99900 O ! oxygen RESI OGN 0.00 GROUP ATOM O1 O -0.000 ! ATOM O2 O 0.000 ! BOND O1 O2 PATCHING FIRS NONE LAST NONE 大家帮忙看看有没有问题。 关于par文件中Kb项不能确定，哪位大侠知道该值的帮忙回复下，谢谢啦！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 物理前沿 | NAMD |
» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有8人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
2楼2018-01-09 09:51:23
3楼2018-07-11 15:42:08